نگاه صحیح نسبت به مسایل مرتبط با منابع خدادادی هر کشور باید به شکلی باشد که از نظر اقتصادی توجیه لازم را داشته باشد.

فلذا مشکلات و چالش‌هایی که منجر به افزایش قیمت تولید یعنی هزینه استخراج می‌شود می‌بایست مورد بررسی و توجه قرار‌گیرند. هر آنچه که باعث هدر رفت زمان و منجر به هزینه اضافی می‌شود، مشکل و چالش معدنکاری و استخراج خواهد بود.

از این‌رو مشکلات و چالش‌ها به سه دسته غیر‌فنی‌، فنی و تخصصی  تفکیک می‌گردد دسته اول که بیشترین نقش را در هدر رفتن زمان و منابع دارد عوامل غیر‌فنی است. این مشکلات شامل سه مورد است: مشکلاتی نظیر معارض محلی و افراد سودجو منطقه‌ای که مانع عملیات استخراج و بهره‌برداری می‌شوند.

مشکلات و چالش‌های مرتبط با بروکراسی اداری، تضاد قوانین با یکدیگر، همچنین ممانعت ارگان‌ها و سازمان‌های دولتی گوناگون مانند اداره منابع طبیعی و محیط‌زیست، آب‌و‌هوای منطقه‌ای‌، راهداری، ارگان‌های نظامی  وکیفیت پایین و عدم دسترسی آسان به سوخت از این دسته هستند.

دسته دوم نیز عمدتا ریشه در عوامل خارج از دسترس معدنکار و غیر‌فنی دارد اما به جهت مشمولیت عام، عوامل فنی می‌نامیم. این عوامل شامل شش مورد زیر است.

۱-  فرسودگی ناوگان ماشین‌آلات و دشواری دسترسی به ماشین‌آلات با قیمت مناسب

۲- دشواری تامین قطعات یدکی و تعمیر و نگه‌داری ماشین‌آلات

۳- دشواری تهیه مواد ناریه و عدم مرغوبیت مواد ناریه

۴- نبود نیروی انسانی متخصص  در زمینه استخراج مواد معدنی

۵- عدم اکتشاف تکمیلی و اطلاعات کامل نسبت به عیار و شکل ذخیره  

۶- مشکلات جغرافیایی، آب‌و‌هوا و توپوگرافی و مناطق مختلف که عملیات را به صورت فصلی محدود می‌کند.

دسته آخر که همان چالش های تخصصی هستند. استخراج مواد معدنی بنابر نوع ماده معدنی بسیار متفاوت است. روش‌های استخراج سنگ‌های ساختمانی چالش‌های منحصر‌به‌فرد دارند؛ مانند مواد معدنی ساختمانی همچون شن و ماسه ،گچ و سنگ‌ریزه.  

مواد معدنی پلاسری نظیر سنگ‌آهن پلاسری، مشکلاتی همچون آلایندگی زیست‌محیطی را دارند. مواد معدنی فلزی با روش استخراج سطحی ، جمع شدن آب سطحی جاری مواجه است و نیازمند آبکشی و زهکشی و سد باطله است. مواد معدنی با روش استخراج زیر‌زمینی،  با مشکل برخورد با سفره‌های زیر‌زمینی رو‌به‌روست. همچنین نگهداری تونل‌ها، فرونشست سطحی، انفجار تونل، تهویه‌هوا و دمپینگ، مباحث تکتونیکی،گسل‌خوردگی، درزه‌ها و شکاف‌ها، شکستگی‌ها، یکی از چالش‌های اصلی استخراج مواد معدنی به صورت روباز و زیر‌زمینی است.