یکی از مهم‌ترین آسیب‌ها، وجود نهادهای موازی در فرآیند اجرا است که به جای تسهیل امور، منجر به تداخل وظایف، اتلاف منابع و کاهش بهره‌وری شده‌اند. این در حالی است که دیوان‌سالاری گسترده و پیچیده، با فرآیندهای اداری دست‌وپاگیر و نبود شفافیت، نه تنها اجرای سیاست‌ها را کند کرده، بلکه انگیزه را در میان مجریان کاهش داده است. از سوی دیگر، شوراهایی که اساسا باید نقش مشاوره‌ای و سیاستگذاری داشته باشند، وارد میدان اجرا شده‌اند و با ورود بی‌رویه خود، ساختار اجرایی را با بی‌نظمی و عدم تمرکز مواجه کرده‌اند.

تمرکز بیش‌ از حد بر فعالیت‌های روزمره و حل مسائل کوتاه‌مدت، از دیگر مشکلات جدی است که باعث شده اقدامات زیربنایی و اساسی برای توسعه پایدار نادیده گرفته شوند. در همین راستا، غفلت از اهمیت اجراییات بخش بین‌الملل و عدم توجه به تعاملات جهانی، کشور را از بسیاری از فرصت‌های بین‌المللی محروم کرده و ظرفیت‌های بالقوه سیاست‌های کلان را کاهش داده است. این در حالی است که نقش دولت در مرحله اجرا نیز به‌دلیل تداوم تصدی‌گری به جای تنظیم‌گری، ناکارآمد باقی‌مانده و منابع دولتی به جای هدایت و نظارت، درگیر وظایفی شده‌اند که می‌توانستند به بخش خصوصی یا جامعه مدنی واگذار شوند. ساختار اجرایی کشور همچنان متکی بر بوروکراسی مکانیکی و سنتی است که در عصر دیجیتال کارآیی خود را از دست داده است. پروژه‌های دولت الکترونیک، اگرچه می‌توانند ابزار قدرتمندی برای بهبود فرآیندهای اجرایی باشند، به‌طور ناقص اجرا شده‌اند و نتوانسته‌اند به تحولی جدی در سیستم اجرایی منجر شوند. افزون بر این، حضور مدیران قدیمی با دانش و رویکردهای کهنه، مانع از انطباق ساختار اجرایی با نیازهای جدید شده است.

یکی از معضلات دیگر، گسترش حامی‌پروری و قوم‌وخویش‌گرایی در انتصابات اجرایی است که موجب شده افراد نالایق به مناصب مهم راه پیدا کنند و اعتماد عمومی به‌شدت تضعیف شود. علاوه بر آن، تغییرات مکرر مدیران اجرایی و انتصاب افرادی خارج از حوزه‌های تخصصی، ثبات و انسجام در اجرای سیاست‌ها را از بین برده است. غفلت از ظرفیت‌های حکمرانی محلی نیز یکی دیگر از دلایل ضعف اجرا به شمار می‌رود. عدم مشارکت نهادهای محلی در فرآیند اجرا، بسیاری از سیاست‌ها را از تاثیرگذاری مطلوب دور کرده است.

نظارت و ارزیابی، که بخش جدایی‌ناپذیر از اجرای سیاست‌هاست، به دلایل مختلف نادیده گرفته شده و این موضوع مشکلات اجرایی را دائمی و غیرقابل اصلاح کرده است. کمبود منابع مالی نیز بسیاری از طرح‌های توسعه‌ای را در نیمه راه متوقف کرده یا کیفیت اجرای آنها را کاهش داده است. از همه مهم‌تر، فساد در اجرای سیاست‌ها از جمله رشوه، اختلاس و سوءاستفاده از منابع عمومی، باعث شده است که نه‌تنها اهداف کلان سیاستگذاری محقق نشود، بلکه در نتیجه چنین فضایی، اجرای سیاست‌ها به فرآیندی ناقص و تکراری تبدیل و اغلب به ارائه کالاهای خصوصی محدود شده است. این شرایط، نه‌تنها از ارائه خدمات عمومی جلوگیری کرده، بلکه باعث شده است اجرا به جای آنکه بازویی قدرتمند برای تحقق اهداف سیاستی باشد، به مانعی در مسیر توسعه تبدیل شود.

برای اصلاح این وضعیت، لازم است نهادهای موازی در اجرا حذف شوند، دیوان‌سالاری تحول یابد و نظارت و ارزیابی تقویت شود. استفاده از فناوری‌های نوین، توجه به شفافیت در تخصیص منابع، مشارکت‌دادن حکمرانی محلی و ارتقای شایستگی مدیران می‌تواند راهگشای مشکلات کنونی باشد. تنها در این صورت است که اجرای سیاست‌ها به ابزاری کارآمد برای تحقق توسعه و تامین منافع عمومی تبدیل خواهد شد.