شرکت‌های آبفا به‌مثابه بنگاه‌های اقتصادی-اجتماعی هستند که به‌طور مستقیم با مصرف‌کننده نهایی (مردم) در ارتباط هستند و عمده محصول تولیدی آنها برای فروش، آب شرب و بخش اندکی نیز پساب حاصل از تصفیه فاضلاب است که قیمت فروش این دو محصول تحت کنترل تصمیم‌گیران شرکت‌ها نیست و به‌صورت تکلیفی توسط دولت تحت عنوان تعرفه تعیین می‌شود. بر اساس ماده ۱۳۳ قانون برنامه توسعه سوم کشور، تعرفه‌های آب در چارچوب ضوابط و سقف مصوب شورای اقتصاد و با پیشنهاد شرکت آب و فاضلاب کشور و تصویب شورای اسلامی شهرها تعیین شده و پس‌ از آن به مرحله اجرا می‌رسد. بر اساس گزارش‌های سالانه ارزیابی عملکرد صنعت آب و فاضلاب بین تعرفه پرداختی توسط مصرف‌کننده و قیمت تمام‌شده آب شرب، فاصله زیادی وجود دارد. قیمت تمام‌شده هر متر مکعب آب شرب شهری در سال ۱۳۸۵معادل ۱۱۶ تومان و تعرفه پرداختی توسط مردم در آن سال ۶۵ تومان بوده است، درحالی‌که در سال ۱۳۹۶، قیمت تمام‌شده آب شرب ۹۷۶ تومان و تعرفه پرداختی توسط مردم ۴۶۵ تومان بوده است. علاوه بر اینکه قیمت تمام‌شده آب شرب همواره از تعرفه پرداختی توسط مردم بیشتر است، سرعت افزایش قیمت تمام‌شده آب هم از سرعت افزایش تعرفه پرداختی مردم بیشتر است، به‌طوری که در سال ۱۳۸۵، مردم ۶۵ درصد قیمت تمام‌شده را پرداخت می‌کردند اما در سال ۱۳۹۶، تنها ۴۷ درصد قیمت تمام‌شده آب شرب را می‌پردازند. باید به این نکته اشاره کرد که میزان تولید آب شرب همواره از میزان مصرف آن در کشور بیشتر بوده اما این به آن معنی نیست که در کشور مازاد تولید آب شرب وجود دارد. تفاوت میان آب شرب تولیدشده و آب شرب مصرف‌شده مفهومی به نام «آب به‌حساب نیامده» است.

طبق تعریف، «آب به‌حساب نیامده» تفاوت بین حجم آبی است که به شبکه وارد می‌شود (تولید آب) و حجم آبی که به مصارف مجاز (مصرف آب) می‌رسد. حجم آب مصرفی مجاز، میزان اندازه‌گیری شده توسط کنتورهای مشترکان و کنتورهای خروجی منطقه، صرف‌نظر از پرداخت یا عدم پرداخت قیمت آب مصرف‌ شده است. به بیان اقتصادی، «آب به‌حساب نیامده» آبی است که برای تولید آن هزینه‌های لازم انجام می‌شود، اما در قبال آن به‌طور ناخواسته درآمدی دریافت نمی‌شود.

آب به‌حساب نیامده همواره بخش قابل‌توجهی از آب شرب تولیدی کشور را شامل می‌شود، به‌طوری که مقدار آن در سال ۱۳۸۵ معادل ۵/ ۱ میلیارد مترمکعب بوده که معادل ۳۱ درصد کل آب شرب تولیدشده توسط شرکت‌های آبفا است و هزینه‌ای معادل ۱۹۰ میلیارد تومان برای استحصال آن انجام می‌شود، درحالی‌که در قبال آن مبلغی دریافت نمی‌شود. این مقدار در سال ۱۳۹۶ به ۶/ ۱ میلیارد مترمکعب رسیده است که معادل ۲۵درصد کل آب شرب تولیدشده توسط شرکت‌های آبفا است. هرچند که درصد آب حساب نیامده کاهش‌یافته، اما هزینه‌ای سرسام‌آور معادل ۱۵۰۰ میلیارد تومان برای آن صرف ‌شده است. درحالی‌که در قبال آن درآمدی وجود ندارد. بنابراین از مجموع کل آب شرب تولیدشده در کشور توسط شرکت‌های آب و فاضلاب و شهری تنها ۳۸ درصد از هزینه‌های انجام‌شده برای تولید این آب توسط مصرف‌کنندگان بازگشت داده می‌شود.

از این رو، شرکت‌های آبفا به دو دلیل عمده، همواره زیان‌ده هستند و این زیان‌دهی به‌طور فزاینده‌ای در حال افزایش است و با ادامه روند موجود افق روشنی نیز برای کاهش میزان زیان‌دهی در مقابل خود نمی‌بینند و در نهایت سیاست استفاده حداکثری از ظرفیت بخش خصوصی در صنعت آبفا به ثمر نخواهد نشست. این دو دلیل شامل ۱- شکاف فزاینده بین قیمت تمام‌شده و تعرفه پرداختی آب شرب و ۲- میزان قابل‌توجه آب به‌حساب نیامده است.  به همین منظور اصلاح تعرفه‌ها و کاهش آب به‌حساب نیامده دو اولویت مهمی است که اگر سیاست‌گذار خواهان موفقیت در خصوصی‌سازی شرکت آبفا است باید در دستور کار خود قرار دهد. اصلاح تعرفه لزوما به معنای اجرای سیاست آزادسازی قیمت‌ها نیست، بلکه به این معناست که مطابق ماهیت هر بنگاه اقتصادی-اجتماعی امکان مدیریت هزینه‌ها و قیمت‌های آب و پساب تولیدی در یک چارچوب مشخص و مورد حمایت بخش دولتی به تصمیم‌گیران دارای صلاحیت شرکت‌ها واگذار شود تا آنها ضمن اعمال روش‌های افزایش بهره‌وری تولید و مصرف و بهینه‌یابی هزینه‌ها و قیمت‌ها امکان انجام نوآوری و خلاقیت را نیز داشته باشند. آب به‌حساب نیامده نیز با اقداماتی چون مدیریت انشعابات غیرمجاز، کنتورهای خراب، اصلاح شبکه‌های فرسوده و جداسازی آب شرب از مبحث آبیاری فضای سبز تا حدود قابل‌توجهی کاهش می‌یابد.