از نقاط ضعف این لایحه نیز کاهش ۵/ ۳ درصدی درآمدهای دولت، در کنار رشد ۹ درصدی هزینه‌های جاری است که بیش از ۲۹ درصد آن مربوط به رشد «جبران خدمات کارکنان» دولت است درحالی که هزینه‌های عمرانی دولت ثابت باقی‌مانده است. بنابراین انتظار می‌رود افزایش ۴۱ درصدی درآمدهای نفتی دولت در کنار افزایش ۱/ ۸ درصدی درآمدهای مالیاتی دولت به‌جای آنکه بیش‌تر در مسیر عمران و آبادانی هزینه شود، صرف پرداخت حقوق و دستمزد پرسنل دولت می‌شود که با ماهیت اصل ۴۴ قانون اساسی مبنی بر خصوصی‌سازی و کوچک‌سازی دولت منافات دارد. درحالی که انتظار می‌رفت در صورت تحقق واگذاری بنگاه‌های دولتی به بخش خصوصی از بار هزینه‌ای دولت در پرداخت حقوق و دستمزد پرسنل کاسته شود. با توجه به آنکه در حال‌حاضر ۷۰ هزار طرح نیمه‌تمام در کشور وجود دارد که حدودا ۱۰ هزار طرح امکان واگذاری به بخش خصوصی را دارد، بنابراین دولت می‌تواند با درآمد حاصل از واگذاری این واحد‌ها، از بخشی از درآمد مالیاتی در نظر گرفته شده در بودجه ۱۳۹۸ برای واحدهای تولیدی صرف‌نظر کند.

همچنین با توجه به ضرورت کوچک‌سازی دولت و جلوگیری از بزرگ‌شدن بدنه اجرایی دولت، لازم است که با ایجاد اصلاحات ساختاری و بهبود شاخص‌های کسب و کار، وظیفه ایجاد اشتغال و پرداخت حقوق و دستمزد کارکنان به بخش خصوصی واگذار شود. برای مثال در بخش معادن کشور، ۴ هزار معدن غیرفعال دارای پروانه بهره‌برداری در کشور وجود دارد که بخش خصوصی می‌تواند با حمایت دولت جهت راه‌اندازی نهضت‌فرآوری، با کمترین سرمایه‌گذاری، این معادن را به چرخه تولید بازگرداند و اشتغال‌زایی قابل‌توجهی را برای کشور به‌ارمغان آورد لذا با توجه به اینکه اکثر این معادن در مناطق محروم و کمتر توسعه‌یافته مثل استان‌های کردستان، سیستان و بلوچستان، خراسان جنوبی، جنوب کرمان، آذربایجان‌غربی و... قرار گرفته‌اند، فعال‌سازی این معادن می‌تواند در کنار تولید و ایجاد ارزش افزوده برای کشور، آبادانی و امنیت را برای این مناطق به همراه آورد. بنابراین اگر دولت حمایت کند و مبلغی به میزان حداقل ۴۰۰ میلیون یورو در اختیار صندوق بیمه فعالیت‌های معدنی قرار دهد، می‌توان ۱۰۰ کارخانه با مقیاس کوچک و با سرمایه‌گذاری متوسط ۴ میلیون یورو برای هر کارخانه، حدود ۲۰۰ معدن غیرفعال را فعال کرد و ۲۰ هزار نفر به‌طور مستقیم و ۱۰۰ هزار نفر را به‌طور غیرمستقیم مشغول به‌کار کرد که استمرار آن، اشتغال‌زایی متوازن و پایداری را در حوزه معدن و صنایع معدنی رقم خواهد زد که این اشتغال‌زایی و ایجاد ارزش‌افزوده جز با بهبود فضای کسب‌و‌کار و حمایت دولت از بخش خصوصی محقق نخواهد شد.

همچنین با توجه به ثابت ماندن بودجه درنظر گرفته شده برای هزینه‌های عمرانی کشور، تخصیص طرح‌های عمرانی با توجه به آمایش سرزمین و توسعه زیرساخت‌های حمل و نقل اولویت بالایی دارد. در این راستا افزایش ۹/ ۱۹ درصدی بودجه شرکت مادرتخصصی ساخت و توسعه زیربناهای حمل و نقل کشور می‌توانست تا حدی از چالش‌های توسعه زیرساخت‌های کشور بکاهد درحالی که با توجه به اهداف افق ۱۴۰۴ نگرانی از عدم توسعه مناسب زیرساخت‌ها همچنان پابرجاست چراکه تاکنون طول خطوط اصلی ریلی کشور حدود ۱۳۰۰۰ کیلومتر است که در برنامه‌ریزی صورت گرفته برای افق ۱۴۰۴، طول خطوط ریلی ۲۵۰۰۰ کیلومتر هدف‌گذاری شده است لذا جهت دستیابی به اهداف افق ۱۴۰۴، تنها در سال ۱۳۹۸ سرمایه‌گذاری حدود ۸ هزار میلیارد تومانی کشور را در این حوزه می‌طلبد، این در حالی است که در لایحه بودجه سال ۱۳۹۸ مبلغ ۴ هزار میلیارد تومان برای ساخت و توسعه زیربناهای حمل و نقل کشور در نظر گرفته شده است. در نتیجه شاهد کسری بیش از ۱۰۰ درصدی بودجه در نظر گرفته شده در این بخش زیربنایی کشور هستیم.

از دیگر نکات چالش‌برانگیز در لایحه بودجه ۱۳۹۸ افزایش درآمدهای مالیات در سال آینده است، در حالیکه باید به این نکته توجه داشت که وابستگی درآمدهای دولت به مالیات نسبت به درآمد حاصل از فروش نفت، زمانی قابل توجه است که این افزایش ناشی از گسترش و شناسایی پایه مالیاتی تعریف شود، نه افزایش نرخ مالیات. در شرایط کنونی اقتصاد ایران، اگر نرخ مالیات افزایش پیدا کند رکود در اقتصاد تشدید خواهد شد. با این حال دولت برای سال آینده که سال بسیار دشواری است بدون گسترش پایه‌های مالیاتی، برای درآمد مالیاتی ۱۵۳ هزار میلیارد تومان درنظر گرفته است. بنابراین از دولت انتظار می‌رود حداقل با درک وضعیت کسب و کار و سایه تحریم‌ها بر سر فعالان اقتصادی، در نحوه اخذ مالیات به‌ویژه مالیات ارزش افزوده بازنگری کرده و تسهیلات و شرایطی را برای فعالان اقتصادی در نظر بگیرد. به‌طور مثال دولت از فعالان اقتصادی انتظار دارد تا مالیات ارزش افزوده خرید و فروش را هر سه ماه بدون در نظر گرفتن وصول وجه، پرداخت کنند، درحالی که بسیاری از خرید و فروش‌ها به‌صورت نقدی صورت نمی‌گیرد و فعالان اقتصادی به دلیل کمبود نقدینگی مجبور می‌شوند دارایی خود را بفروشند تا بتوانند ارزش افزوده خود را پرداخت کنند. در این راستا خوشبختانه با پیگیری‌هایی که از سوی اتاق بازرگانی ایران صورت گرفت، اگر طرف قرارداد دولت باشد، می‌توان مالیات ارزش افزوده را تا زمان دریافت وجه قرارداد، به تعویق انداخت؛ در حالی که این امر در قراردادهای فعالان با بخش خصوصی، مورد موافقت دولت قرار نگرفته است. در پروژه‌های سرمایه‌گذاری نیز سرمایه‌گذار در دوران احداث با انواع هزینه‌ها مواجه است مانند هزینه خدمات فنی مهندسی، خرید تجهیزات، ماشین‌آلات و... بنابراین در هر مرحله باید مالیات ارزش افزوده‌ای پرداخت کند که عملا به تولید نرسیده و ارزش افزوده‌ای ایجاد نکرده است. لذا بهتر است دولت اجازه دهد سرمایه‌گذار، هر زمان که به تولید و بهره‌برداری رسید از محل فروش محصول، مالیات ارزش افزوده را پرداخت کند.

بحث ارز نیز از دیگر نقاط ضعف لایحه بودجه ۱۳۹۸ است، به‌طوری که تعیین نرخ دلار معادل ۵۷۰۰ تومانی در شرایطی که بازار با نرخی بیش از این مبلغ روبه‌رو است، نشان‌دهنده تداوم سیاست چند نرخی بودن ارز و مداخله مستقیم دولت در بازار ارز است که همواره به‌صورت آزمون و خطا، مشکلات آن برای سیاست‌گذاران اثبات شده اما همچنان این روند ادامه دارد.

برخی اعداد و ارقام بودجه نیز سیاست‌های مستقیم با تک تک افراد جامعه را بازگو می‌کند که نه تنها برای خانوارها از اقشار ضعیف جامعه سودمند نبوده بلکه اقشار متوسط جامعه را نیز تحت فشار قرار خواهد داد. برای مثال بخش «عوارض جهت خروج از کشور» با رشد ۱/ ۷۴ درصدی مواجه بوده و پرواضح است که قشر ضعیف جامعه پیش‌تر نیز توانایی خروج ازکشور را نداشتند و با این سیاست قشر متوسط جامعه نیز تحت تاثیر قرار می‌گیرد و باعث می‌شود اقشار متوسط هم با انواع فشارها به زیر خط فقر سوق داده شوند. از طرف دیگر افزایش ۲۴ درصدی هزینه یارانه‌های دولت، به‌عنوان یک سیاست حمایتی در بودجه ۱۳۹۸ مطرح است.

در بخش سیاست‌های مرتبط با حوزه‌های تولیدی جامعه نیز گاه شاهد سیاست‌هایی هستیم که نه تنها جلوه حمایتگری ندارد، بلکه باعث تضعیف بخش‌های اقتصاد به‌خصوص بخش خصوصی و بنگاه‌های کوچک و متوسط کشور می‌شود. به‌طور مثال در بخش معدن کشور، شاهد رشد ۸/ ۴۲ درصدی درآمد حاصل از بهره مالکانه و حقوق دولتی معادن هستیم، این درحالی است ‌که با توجه به وضعیت کنونی اقتصاد کشور تحت تاثیر تحریم‌ها، امکان صادرات نسبت به سال‌های پیش با محدودیت‌هایی مواجه شده است و در صورت صادرات، امکان وصول وجه صادراتی با اگر و اما مواجه خواهد بود و حتی در صورت وصول وجه صادرات، با توجه به سیاست‌های ارزی دولت، صادرکننده مجبور به ارائه ارز صادراتی خود با نرخ دولتی در سامانه‌ ارزی کشور خواهد شد، همچنین افزایش هزینه‌های ارزی کشور مانند واردات ماشین‌آلات و مواد اولیه و افزایش ۴۰ درصدی هزینه حمل تا بنادر چین، در کنار رشد ۸/ ۴۲ درصدی بهره مالکانه و حقوق دولتی معادن، باعث کاهش مارجین سود صادرکننده و درنهایت ترک این صنعت خواهد شد.

از دیگر نقاط ضعف لایحه بودجه سال ۱۳۹۸ در حوزه معادن کشور، کاهش ۱۷ درصدی بودجه سازمان توسعه و نوسازی معادن و صنایع معدنی ایران (ایمیدرو) به‌عنوان متولی بخش توسعه معادن کشور است. با توجه به آنکه هدف‌گذاری‌های انجام شده دولت، کاهش وابستگی به درآمدهای نفتی و رشد صادرات غیرنفتی کشور بوده و بخش معدن به‌عنوان مستعدترین حوزه جهت جایگزینی نفت (در صورت تحقق چشم‌انداز ۱۴۰۴) مطرح است، بعید به نظر می‌رسد اتخاذ سیاست‌های انقباضی از جمله افزایش حقوق دولتی و کاهش بودجه سازمان متولی توسعه معادن کشور، سیاست‌هایی راهبردی باشد.  از نقاط قوت این لایحه در حوزه معادن کشور می‌توان به کاهش ۹۰ درصدی «درآمد حاصل از یک درصد فروش مواد و فرآورده‌های معادن و فعالیت‌های صنایع معدنی علاوه بر عوارض آلایندگی» اشاره کرد که تا حدودی باعث کاهش نگاه صرفا درآمدی دولت به بخش معدن می‌شود. همچنین افزایش ۷/ ۱۴ درصدی بودجه سازمان زمین‌شناسی و اکتشافات معدنی کشور می‌تواند دربردارنده اخبار خوش در حوزه اکتشافات کشور در سال آتی باشد اما با توجه به اکتشافات سطحی کشور این بودجه نیز برای رقابت با کشورهای معدنی دنیا کافی نیست. به‌طور مثال میزان بودجه اکتشافی در سال ۲۰۱۵ برای کشورهای آفریقای جنوبی، زامبیا، بورکینافاسو و کنگو به ترتیب برابر با ۱۲۰، ۷۲، ۱۰۸ و ۲۱۶ میلیون دلار بوده است، درحالی که بودجه سازمان زمین شناسی کشور در لایحه بودجه سال ۱۳۹۸ با احتساب دلار آزاد، تنها ۲/ ۹ میلیون دلار برآورد می‌شود. همچنن نباید این نکته را نادیده گرفت که نرخ بهره بالا در کنار تورم، قاچاق، عدم امکان تامین مالی و جهش‌های ارزی، توان بخش خصوصی را برای برنامه‌ریزی و رقابت با بنگاه‌های خارج از کشور گرفته است لذا اعمال هرگونه سیاست انقباضی مانند افزایش مالیات به خصوص در قبال بنگاه‌های تولیدی در لایحه بودجه موجبات نگرانی فعالان اقتصادی کشور را فراهم خواهد آورد. در عوض دولت می‌تواند با تخصیص وام‌های کم‌بهره، اعمال معافیت‌های مالیاتی، گسترش پایه مالیاتی و در عوض کاهش نرخ مالیات، توسعه زیرساخت‌ها، ایجاد ممنوعیت و بعضا محدودیت جهت جلوگیری از واردات کالاهای مشابه داخلی با وضع تعرفه بالا، جلوگیری جدی از قاچاق کالا که صنایع داخلی را تهدید می‌کند، واگذاری بنگاه‌ها و پروژه‌های دولتی با بخش خصوصی واقعی، عدم مداخله مستقیم و دستوری در بازارها به خصوص بازار ارز، فضای کسب‌و‌کار را جهت حمایت از بخش خصوصی مهیا سازد و با اتکا و اطمینان به تجربه و فعالیت‌های بخش خصوصی، از بار مسوولیت‌های بنگاه‌داری خود بکاهد و به سایر وظایف حاکمیتی خود که ارتقای رفاه اجتماعی است، بپردازد.