از سه ایرادی که پیش‌تر شورای نگهبان به « طرح ساماندهی صنعت خودرو» وارد کرده بود، نمایندگان روز گذشته تنها به اصلاح ماده ۲ این قانون مطابق نظر شورای نگهبان رای دادند. نمایندگان در ماده ۲ طرح «ساماندهی صنعت خودرو» به دنبال این بودند که دولت را مکلف کنند ظرف مدت سه سال زمینه واگذاری الباقی سهام خود در ایران‌خودرو و سایپا، را فراهم و به دنبال آن تصدی‌گری در این صنعت را رها کند.شورای نگهبان با استناد به اصل ۴۴ قانون اساسی با این مصوبه مخالفت کرد و بر حضور دولت در صنعت خودرو اصرار داشت.

این ماده به این صورت در کمیسیون صنایع مجلس اصلاح شد «دولت موظف است طی مدت سه سال از لازم‌الاجرا شدن این قانون با اجرای صحیح سیاست‌های کلی اصل ۴۴ قانون اساسی و سیاست‌های کلی تولید ملی و حمایت از کار و سرمایه ایرانی با اقدامات سیاست‌گذاری، نظارتی و تنظیم‌گری (رگولاتوری) و رعایت قانون اجرای سیاست‌های کلی اصل ۴۴ زمینه رقابت‌پذیری در صنعت خودرو را فراهم کند.» اصلاح صورت گرفته در کمیسیون صنایع مجلس در صحن علنی به تصویب نمایندگان رسید.  اما نمایندگان با اصلاحات صورت گرفته روی ماده‌های ۴ و ۷ طرح «ساماندهی صنعت خودرو» توسط کمیسیون صنایع به منظور تامین نظر شورای نگهبان مخالفت کردند. آن طور که ماده ۴ این طرح می‌گوید دولت باید واردات خودروهای سواری تمام برقی و ترکیبی (هیبریدی) را تا زمان تولید آنها در داخل از پرداخت حقوق ورودی معاف کند. پیش از این شورای نگهبان با صفر شدن تعرفه هیبریدی‌ها مخالفت کرده بود. کمیسیون صنایع مجلس برای تامین نظر شورای نگهبان پیشنهاد معافیت ۵۰ درصدی را برای واردات خودروهای هیبریدی پیشنهاد کرد، اما این پیشنهاد با مخالفت نمایندگان مواجه شد. بنابراین ماده مذکور به منظور تعیین تکلیف به مجمع تشخیص مصلحت نظام ارجاع خواهد شد. حال به سراغ ماده 7 طرح «ساماندهی صنعت خودرو» برویم. در این ماده نمایندگان به دنبال این بودند که مسوولیت مدنی شرکت‌های خودروساز را در قبال تصادفات به شکل قانون در بیاورند. طبق این طرح، در صورت وقوع تصادف در دوره تضمین (گارانتی) و ارجاع به کارشناسی، کارشناسان رسمی موظفند میزان عیب و نقص ناشی از تولید خودرو در ایجاد تصادف و عامل حادثه را ذکر کنند. بنابراین، شرکت سازنده داخلی یا نماینده رسمی شرکت سازنده خارجی به میزان دخالت نقص خودرو در علت وقوع تصادف و نقش ایمنی خودرو در میزان خسارت و تلفات حادثه، دارای مسوولیت مدنی هستند. اما شورای نگهبان این ماده را مغایر با شرع تشخیص داد. اعضای کمیسیون صنایع برای رفع ایراد شورای نگهبان متن ماده ۷ راحذف کرده بود که حذف این ماده از طرح ساماندهی صنعت خودرو نیز با مخالفت نمایندگان در صحن علنی مجلس روبه‌رو شد. بعد از مخالفت نمایندگان حاضر در صحن مجلس این ماده را به‌صورت زیر اصلاح کردند: « در صورت وقوع تصادف در طول عمر مفید خودرو و ارجاع به کارشناس، کارشناسان رسمی موظفند میزان عیب و نقص ناشی از تولید خودرو در ایجاد تصادف و عامل حادثه را ذکر کنند. شرکت سازنده داخلی یا نماینده رسمی شرکت سازنده خارجی به میزان دخالت نقص خودرو در علت وقوع تصادف و نقش ایمنی خودرو در میزان خسارت و تلفات حادثه دارای مسوولیت مدنی است.»

همچنین در ادامه نمایندگان ماده ۱۰ طرح ساماندهی بازار خودرو را برای تامین نظر شورای نگهبان به شرح زیر اصلاح کردند:«با توجه به تصویب قانون ارتقای کیفی تولید خودرو که احکام دائمی آن در این قانون و قانون تقویت و توسعه نظام استاندارد و قانون حداکثر استفاده از توان تولید داخل نسخ می‌شود. وزارت صنعت موظف است گزارش اجرای این قانون را هر ۶ ماه یک بار به کمیسیون صنایع مجلس تقدیم کند.»