حسین همدانیان پس از درگذشت برادرش مسوولیت اداره واحدهای صنعتی مذکور را بر عهده گرفت و در سال ۱۳۴۴ موسسه خیریه علی و حسین همدانیان را بنیان گذاشت و کلیه سهام و اموال منقول و غیرمنقول و کارخانه‌ها را به موسسه مزبور واگذار و به مدت چند سال امور جاری موسسه را همراه با دیگر اعضای هیات امنای خیریه اداره کرد. او در سال ۱۳۴۵ بخشی از سهام شرکت قند نقش جهان را خریداری و در سال ۱۳۵۴ سرمایه موسسه را به میزان ۸ میلیارد ریال به‌ثبت رساند. در سال ۱۳۵۳ پرونده قضایی کارخانه قند اصفهان بر سر اختلاف میان همدانیان و هژبر یزدانی تشکیل شد. به گفته حسین حسن قاجار، قاضی پرونده، رسیدگی به این پرونده زیر فشارهای سیاسی بود. حسن قاجار نقل می‌کند که وزیر دادگستری ماقبل او، صادق احمدی، به دلیل تاخیر در رسیدگی به این پرونده برکنار شده‌ بود. همچنین، به ادعای حسن قاجار، محمدرضا شاه در مصاحبه‌ای در مورد این پرونده گفته بود: «به زودی بزرگ‌ترین ثروتمند ایران را محاکمه خواهیم کرد.» سرانجام همدانیان در سال ۱۳۵۵ محاکمه شد، اما از ۹ فقره اتهام مطرح شده در پرونده، تنها به یکی (گران‌فروشی) محکوم و از دیگر اتهام‌ها تبرئه شد.