سازمان ملی زمین و مسکن به نمایندگی از دولت، مدیریت و مالکیت زمین‌های موات، دولتی، اراضی و مراتع ملی، حریم و مستحدث و ساحلی، اراضی و باغات و مستغلات خالصه و عرصه و اعیان احداثی در زمین‌های خالصه، شهرک‌ها و مجتمع‌های نیمه تمام متوقف و دیگر اراضی و املاکی که اجرای امور آنها در محدوده و حریم شهرها و شهرک‌ها به سازمان مسکن، سازمان زمین شهری و سازمان ملی زمین و مسکن محول شده را برعهده دارد. طی همه سال‌های گذشته، عمده واگذاری زمین چه در سطح ملی و مقیاس بزرگ همچون «تامین زمین ۹۹ساله برای طرح مسکن مهر» و چه در سطوح خرد، توسط این سازمان انجام شده است. طبق آخرین اعلام مدیر عامل این سازمان، در حال حاضر حدود یک میلیون و ۵۰۰ هزار هکتار زمین در سراسر کشور تحت اختیار سازمان ملی زمین و مسکن قرار دارد.

هر چند وزارتخانه‌های مختلف و سایر دستگاه‌های دولتی هر کدام، مجموعه قطعاتی از اراضی با کاربری‌های مختلف را تحت مالکیت خود دارند، اما بخش اعظم زمین‌های فاقد کاربری و فاقد مالکیت خصوصی، تحت اختیار سازمان ملی زمین و مسکن است. سازمان ملی زمین و مسکن در طرح مسکن مهر، حدود ۱۵هزار هکتار زمین دولتی را به «زمین ۹۹ ساله» تبدیل و برای مسکن مهر اختصاص داد که با قیمت‌های سال‌های ۹۰تا ۹۲ برای زمین‌هایی که به ساخت مسکن مهر اختصاص پیدا کرد (مترمربعی حدود ۱۰۰ هزار تومان)، طبق اعلام رئیس وقت سازمان در آن زمان، «زمین‌های اختصاص داده شده به طرح مسکن مهر» در آن مقطع، حدود ۱۵ هزار میلیارد تومان ارزش داشت. اکنون قرار است برای طرح جدید خانه‌سازی دولت (طرح موسوم به ساخت ۴۰۰ هزار واحد مسکونی)، یک هزار و ۸۰ هکتار زمین توسط سازمان ملی زمین و مسکن اختصاص داده شود.