هرچند که در قانون تشکیل و اداره مناطق ویژه اقتصادی مصوب سال ۱۳۸۴، موضوع معافیت مالیاتی فعالان اقتصادی در محدوده مناطق ویژه اقتصادی پیش‌بینی نشد، اما در سال ۱۳۹۴ و ضمن تصویب قانون رفع موانع تولید، فعالان اقتصادی این مناطق نیز از معافیت مالیاتی بهره‌مند شدند. معافیت‌های مالیات‌های پیش‌گفته، مرتبط با مقوله مالیات‌های مستقیم هستند اما مالیات دیگری که مورد نظر نگارنده در این یادداشت است، مالیات بر ارزش افزوده است که در سال ۱۳۸۷ قانون آن به تصویب رسید. با توجه به ماده ۵۲ آن، قانون مناطق آزاد و ویژه اقتصادی از پرداخت مالیات بر ارزش افزوده مستثنی شده‌اند.

با توجه به مطالب پیش‌گفته، پیمانکارانی که شرکت آنها در منطقه آزاد یا ویژه اقتصادی به ثبت نرسیده و در این مناطق فعالیت می‌کنند آیا در ازای فعالیت در این مناطق، موظف به پرداخت مالیات بر ارزش افزوده هستند یا خیر. این موضوع در بند یک بخشنامه شماره ۵۴۴۰۹ سازمان امور مالیاتی در سال ۱۳۸۸ مورد توجه قرار گرفت و عنوان شد که مبادلات کالا فی‌مابین اشخاص مقیم در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی، خارج از شمول پرداخت مالیات بر ارزش افزوده است. اما سوال و ابهامی که به‌وجود می‌آید این است که چه کسی مقیم محسوب می‌شود؟ براساس ماده ۵۹۰ قانون تجارت در تعریف اقامتگاه آمده است که اقامتگاه شخص حقوقی محلی است که اداره شخص حقوقی در آنجا است. با توجه به اینکه عموما مرکز اصلی اداره شرکت‌های مشغول به امور پیمانکاری خارج از محدوده مناطق آزاد و ویژه است، آیا نهایتا این نوع از شرکت‌ها باید مالیات بر ارزش افزوده فعالیت خود را پرداخت کنند یا خیر؟ این موضوع همچنین در قالب یک پرونده حقوقی در دیوان عدالت اداری مطرح شد که در نهایت در سال ۱۳۹۲ مطابق با رای هیات‌عمومی دیوان عدالت اداری در این‌خصوص، اقامت و مقیم بودن، منصرف از ماده ۵۹۰ قانون تجارت دانسته شد لهذا با عنایت به این تصریح قضایی، شرط خارج از شمول بودن از مالیات بر ارزش افزوده برای شرکت‌های پیمانکاری، مقیم بودن آنها براساس قانون تجارت نیست.

با توجه به این رای قضایی و تفسیر اقامتگاه، شرط پرداخت‌نکردن مالیات بر ارزش افزوده این دسته از پیمانکاران چیست؟ آیا به صرف فعالیت در مناطق آزاد و ویژه، مالیات بر ارزش افزوده پرداخت نمی‌شود؟ پاسخ منفی است. در بخشنامه‌های بعدی سازمان امور مالیاتی، برخورداری از معافیت مالیاتی منوط به دریافت مجوز فعالیت از سازمان منطقه آزاد یا ویژه مربوطه اعلام شده است. با این توصیف هر شرکت قبل از آغاز به فعالیت پیمانکاری در محدوده مناطق آزاد و ویژه اقتصادی، نیازی به ثبت شرکت در منطقه آزاد یا ویژه ندارد، اما جهت ایجاد انضباط مالیاتی و تحکیم حاکمیت سازمان منطقه آزاد یا سازمان مسوول منطقه ویژه اقتصادی در صدور مجوز فعالیت برای شرکت‌های مختلف قبل از شروع فعالیت آنها، موضوع لزوم دریافت مجوز فعالیت از این سازمان‌ها جهت بهره‌مندی از معافیت مالیاتی مورد تاکید بخشنامه‌های صادره از سازمان امور مالیاتی قرار گرفته است.

انضباط مالیاتی و حاکمیت سازمان‌های مناطق آزاد و ویژه اقتصادی در محدوده مناطق آزاد و ویژه اقتصادی و تعامل مالیاتی با سازمان امور مالیاتی، محدود به حکم دیوان عدالت اداری و بخشنامه‌های سازمان امور مالیاتی نشده و موضوع لزوم صدور مجوز فعالیت توسط این سازمان‌ها برای فعالان اقتصادی، مورد توجه هیات‌دولت نیز قرار گرفت. در سال ۱۳۹۵ هیات دولت ضمن تصویب یک مصوبه مقرر کرد که شرایط شکلی و محتوایی مجوز فعالیت (بهره‌برداری) در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی به ترتیبی است که حسب مورد توسط سازمان منطقه آزاد یا سازمان مسوول منطقه ویژه تعیین و ابلاغ می‌شود و مبنای استفاده از معافیت‌های مالیاتی زمان شروع فعالیت (بهره‌برداری) مندرج در مجوز است که از سوی سازمان‌های یادشده (حسب مورد) اعلام می‌شود. بنابراین پیمانکاران فعال در محدوده مناطق آزاد و ویژه با دریافت مجوز فعالیت که شرایط شکلی آن مشخص شده، می‌توانند مالیات بر ارزش افزوده را طبق ضوابط و مقررات پرداخت نکنند. این موضوع موجب تشویق فعالیت فعالان اقتصادی در محدوده مناطق آزاد و ویژه اقتصادی خواهد بود.