بنابر اعلام شورای نگهبان، «با توجه به اینکه مستفاد از ماده ۴ مصوبه، تجویز واردات خودرو‌های مذکور است، این ماده مغایر بند‌های ۸ و ۹ سیاست‌های کلی اقتصاد مقاومتی و در نتیجه مغایر بند (۱) اصل ۱۱۰ قانون اساسی شناخته شد.» در ادامه اطلاعیه شورای نگهبان آمده که «همچنین با توجه به برطرف نشدن مغایرت این ماده با سیاست‌های کلی نظام، مغایرت مصوبه با بند ۲ اصل ۱۱۰ قانون اساسی نیز کماکان به قوت خود باقی است.» شورای نگهبان در نهایت تاکید کرده که «در ماده ۴، با توجه به اصرار مجلس شورای اسلامی بر مصوبه خود، ایراد سابق این شورا کماکان به قوت خود باقی است.»

با توجه به اطلاعیه شورای نگهبان، به نظر می‌رسد اصل حرف این شورا این است که تسهیل واردات خودرو (به هر شکل) در تضاد با سیاست‌های کلی نظام است، بنابراین ماده ۴ طرح ساماندهی خودرو قابل پذیرش نیست.بند ۴ این طرح بر تسهیل واردات خودروهای پاک (برقی و هیبریدی) تاکید دارد و از همان ابتدا با مخالفت شورای نگهبان مواجه شد. دلیل مخالفت این شورا اما سیاست‌های کلی نظام به ویژه اقتصاد مقاومتی درباره محدودیت واردات و کنترل خروج ارز از کشور است. اواخر بهمن ۹۲ بود که رهبری سیاست‌های کلی اقتصاد مقاومتی را اعلام و در بندهای ۸ و ۹ آن، بر ضرورت ترویج مصرف کالای داخلی و اصلاح و تقویت بنیه مالی کشور تاکید کردند.  طبق بند هشتم، «مدیریت مصرف با تاکید بر اجرای سیاست‌های کلی اصلاح الگوی مصرف و ترویج مصرف کالاهای داخلی همراه با برنامه‌ریزی برای ارتقای کیفیت و رقابت‌پذیری در تولید» باید به اجرا در بیاید که طبعا یکی از معانی آن، محدودیت واردات کالاهای به اصطلاح غیر ضرور و دارای مشابه داخلی از جمله خودرو است. همچنین در بند ۹ نیز «اصلاح و تقویت همه‌جانبه‌‌ نظام مالی کشور با هدف پاسخگویی به نیازهای اقتصاد ملی، ایجاد ثبات در اقتصاد ملی و پیشگامی در تقویت بخش واقعی» مورد توجه قرار گرفته که آن نیز بر محدودیت واردات تاکید دارد.

از همان ابتدا که طرح ساماندهی به شورای نگهبان رفت، این شورا روی ماده ۴ نظر منفی داشت، چه آنکه آن را در تضاد با سیاست‌های کلی نظام به ویژه اقتصاد مقاومتی می‌دانست. در نهایت نمایندگان مجلس شورای اسلامی در دوره قبل، اواسط اردیبهشت امسال ایرادات چندباره شورای نگهبان با طرح ساماندهی خودرو را رفع و آن را برای تایید به شورا فرستادند. بر این اساس، ماده ۴ به این شرح اصلاح شد که «واردات خودروهای سواری تمام برقی و تمام ترکیبی (تمام هیبریدی) در راستای کاهش آلودگی‌های محیط زیستی و کاهش مصرف سوخت‌های فسیلی، تا زمان تولید آنها در داخل، از دریافت و ارائه گواهی اسقاط خودرو معاف هستند.» به توجه به این اصلاحیه، مجلسی‌ها در واقع خودروهای هیبریدی را از ارائه گواهی اسقاط معاف کرده‌اند تا راه ورود آنها به کشور هموارتر شود. این اصلاحیه در واقع تسهیل روند واردات خودروهای به اصطلاح پاک بود، به نحوی که نمایندگان قصد داشتند آن را به‌عنوان قانون تصویب کنند تا پس از لغو ممنوعیت واردات خودرو (و تغییر احتمالی سیاست‌های کلی نظام در بحث واردات در صورت بهبود شرایط اقتصادی کشور)، ورود این خودروها هموار شود.

با این حال شورای نگهبان اصل «تسهیل واردات خودرو» را به هر شکل در تضاد سیاست‌های کلی نظام دانسته و به آن ایراد گرفته است. طبق نظر شورای نگهبان، اصلاحیه مجلس بر ماده ۴ طرح ساماندهی خودرو، در تضاد با بند (۱) اصل ۱۱۰ قانون اساس است، بندی که طبق آن، رهبری می‌توانند با مشورت مجمع تشخیص مصلحت نظام، سیاست‌های کلی نظام را تبیین کنند. یکی از این سیاست‌ها، اقتصاد مقاومتی است و بنابراین شورای نگهبان می‌گوید تسهیل واردات خودرو با این موضوع همخوانی ندارد. از نظر شورای نگهبان، تسهیل واردات خودرو، با بند ۲ اصل ۱۱۰ قانون اساسی (نظارت بر حسن اجرای سیاست‌های کلی نظام) نیز در تضاد است، زیرا اگر راه واردات هموار شود، عملا اقتصاد مقاومتی نادیده گرفته شده است.

هرچه هست، طرح ساماندهی خودرو به‌عنوان میراث مجلس قبلی همچنان معلق مانده و تایید نمی‌شود، آن هم در حالی که حذف و اضافه‌های زیادی را به خود دید و طبق آخرین اصلاحیه، عملا چیزی جز همین تسهیل واردات خودروهای پاک از آن باقی نماند. باید منتظر ماند و دید آیا مجلس جدید اقدامی در راستای رفع ایراد شورای نگهبان به طرح ساماندهی خودرو انجام خواهد داد یا با توجه به ایراد اساسی آن (مغایرت با سیاست‌های کلی نظام) این طرح در نهایت ره به جایی نخواهد برد.