نمایندگان مجلس در طرح ساماندهی صنعت خودرو، دولت را مکلف کرده بودند که الباقی سهام خود را در دو شرکت بزرگ خودروساز واگذار کند. این مساله با مخالفت شورای نگهبان روبه‌رو شد.این شورا با توجه به اصل ۴۴ قانون اساسی معتقد است دولت باید سهام خود را در شرکت‌های خودروساز حفظ کند و همچنان در این صنعت حضور داشته باشد. نمایندگان این ماده را اصلاح کردند. در اصلاحیه نمایندگان آمده است:

دولت موظف است طی مدت سه سال از لازم‌الاجرا شدن این قانون با اجرای صحیح سیاست‌های کلی اصل ۴۴ قانون اساسی و قانون اجرای سیاست‌های کلی اصل ۴۴ قانون اساسی و اصلاحات بعدی آن و سیاست‌های کلی تولید ملی، کار و سرمایه ایرانی، زمینه رقابت‌پذیری در صنعت خودرو را به نحوی فراهم کند که دولت صرفا اقدامات نظارتی و سیاست‌گذاری و تنظیم‌گری را انجام دهد. اما این اصلاحیه باز هم مورد موافقت شورای نگهبان قرار نگرفت.

در ادامه تصویب طرح ساماندهی صنعت خودرو، نمایندگان مجلس به دنبال این بودند که شرکت‌های خودروساز را مکلف به پذیرش مسوولیت مدنی خود در قبال خسارات ناشی از تصادفات کنند.شورای نگهبان ابتدا به این ماده ایراد گرفت و اعلام کرد: در ماده ۷ با عنایت به اینکه مشخص نیست مبدأ دوره پنج‌ساله چه زمانی است، ابهام دارد؛ در ادامه شورای نگهبان تاکید کرده که همچنین اطلاق مسوولیت تولیدکننده در جایی که خریدار عالم به عیوب بوده است، خلاف موازین شرع شناخته می‌شود. در ادامه نمایندگان در اصلاحیه خود تلاش کردند ابهام مطرح‌شده و همچنین ایراد شرعی شورای نگهبان را برطرف کنند. تلاشی که از سوی نمایندگان ناکام ماند و شورای نگهبان این ماده را نیز تایید نکرد.

ایرادات شورای نگهبان این است که تعیین زمان ۵ ساله از اولین شماره‌گذاری، در صورتی که با گذشت این زمان نیز خسارت و تلفات حادثه، قابل انتساب به شرکت سازنده داخلی یا نماینده رسمی شرکت سازنده خارجی یا واردکننده خودرو باشد خلاف موازین شرع است.شورای نگهبان همچنین تاکید کرده از جهت اینکه مشخص نیست شناسایی مسوولیت مدنی برای شرکت سازنده داخلی یا نماینده رسمی شرکت سازنده خارجی یا واردکننده نافی مسوولیت کیفری است یا خیر، ابهام دارد.در ادامه شورای نگهبان اعلام کرد درخصوص میزان تاثیر هر کدام از اسباب در حادثه و مسوولیت آنها، نظر فقهای شورای نگهبان متعاقبا اعلام می‌شود.با توجه به ایرادات وارد شده ازسوی شورای نگهبان به اصلاحیه ارسال شده از سوی نمایندگان در ارتباط با طرح ساماندهی صنعت خودرو مشخص است که از مجموع چهار ایراد شورای نگهبان دو ایراد که ذکر آن رفت همچنان به قوت خود باقی است و دو ایراد دیگر که در ارتباط با استفاده از عناوین لاتین بوده توسط مجلس برطرف شده است.