کارشناسان و فعالان اقتصادی به‌طور مداوم نسبت به قاچاق زعفران از مرزهای کشور هشدار می‌دهند، چرا‌که موضوع پیمان‌سپاری ارزی به تازگی چالش جدیدی در این حوزه ایجاد کرده است. چندی قبل وزیر جهاد کشاورزی اعلام کرده بود که مساله قاچاق زعفران موضوع جدی است که مسوولان مرتبط با این حوزه باید‌ حساسیت بیشتری به آن داشته باشند، چرا‌که سالانه ۱۵۰ تا ۱۶۰ تن زعفران به افغانستان قاچاق می‌شود و از آنجا تحت بسته‌بندی‌های جدید به بازارهای هدف صادر می‌شود که این امر فاجعه‌ای بیش نیست. فعالان اقتصادی بر این باورند که بخشی از قاچاق زعفران به دلیل بخشنامه بانک مرکزی درخصوص پیمان‌سپاری ارزی است و معتقدند بعد از این مصوبه، قاچاقچیان تمایل بیشتری برای خروج غیر قانونی زعفران از مرزهای کشور دارند. علی حسینی عضو شورای ملی زعفران در گفت‌وگو با خبرنگاران جوان، با اشاره به مشکلات بازگشت ارز حاصل از صادرات به سامانه نیما اظهار کرد: ابلاغ بخشنامه جدید تعهد ارزی صادرکنندگان و بازگشت ارز حاصل از صادرات به سامانه نیما موجب شده است تا بسیاری از صادرکنندگان قدیمی عقب‌نشینی کنند و قاچاقچیان وارد معرکه شوند. وی با اشاره به اینکه بازگشت ارز حاصل از صادرات به خروج غیر‌رسمی کالا دامن می‌زند، افزود: در شرایط کنونی هر صادرکننده ملزم‌ می‌شود به ازای صادرات هر هزار دلار، ۹۵۰ دلار ارز به سامانه نیما بازگرداند که این امر موازی با رشد صادرات غیر‌رسمی و قاچاق محصول است. حسینی ادامه داد: آمار صادرات زعفران در ۸ ماه اخیر نشان می‌دهد که کار شرکت‌های صادر‌کننده هیچ ارتباطی با زعفران نداشته و حال جای این سوال مطرح است که چه اتفاقی افتاده که سرمایه کشور باید خارج شود. وی با انتقاد از صادرات زعفران به افغانستان گفت: بنابر آمار گمرگ در ۶ ماه امسال، ۱۱ تن زعفران به‌صورت رسمی و احتمالا ۲ برابر این میزان به افغانستان قاچاق شده است. عضو شورای ملی زعفران با اشاره به اینکه تعرفه صادرات زعفران‌ به کشورهای هند و چین برای افغان‌ها صفر است، بیان کرد: این درحالی است که برای صادرات زعفران ایران به هند ۳۰ درصد و چین ۱۶ درصد تعرفه اعمال شده است. وی با اشاره به اینکه صادرات طلای سرخ به آمریکا ممنوع است، افزود: البته صادرات زعفران ایرانی با گواهی مبدا افغانستان امکان‌پذیر است. حسینی با اشاره به اینکه تولید زعفران افغانستان رقمی بیش از ۴ تا ۵ تن نیست، بیان کرد: با توجه به آنکه چند برابر این میزان با گواهی مبدا افغانستان به دیگر کشورها صادر می‌شود، این امر زنگ خطر جدی برای زعفران ایران به شمار می‌رود، چرا که افغان‌ها با زعفران ایرانی در بازارهای هدف بازار‌سازی می‌کنند.