خیابانی در ۴۰ سالگی با توطئه مخبرالسلطنه هدایت کشته شد. جنازه‌اش را بر دوش اسبی انداخته در کوی و برزن شهر گرداندند تا دیگران عبرت گرفته دم از آزادی و مشروطه‌خواهی نزنند! 

چنین می‌نماید که تمامی قیام‌های دور از مرکز و رهبرانشان در تاریخ معاصر ایران،سرانجامی دردناک و خونبار پیدا کرده‌اند؛ محمدتقی خان پسیان را پس از کشتن، «در قوچان نسبت به سر و جسدش بى‌احترامى زیادى شده و سر را در تمام میدان‌هاى قوچان آویزان کردند»(اسناد موسسه تاریخ معاصر).میرزا کوچک خان را نیز پس از کشتن به مدت ۲۰ سال، سرش جدا از تنش ماند؛ سر بریده‌اش در سلیمان داراب رشت، دفن گردیده جسدش در قبرستان خانقاه واقع در گیلوان! و تنها پس از تبعید رضاشاه یعنی ۲۰ سال بعد با کوشش‌های خانواده‌اش آن سر به جسدش پیوست، البته به‌صورت مخفیانه! اما داستان خیابانی از اینها نیز بیشتر، داستانی است پر آب چشم! هنگامی‌که در پس‌کوچه‌های تبریز در حصار کفتاران گرفتار آمده بود پس از کشتن، قزاق‌ها پیکر خونینش را دور شهر گرداندند و انبوهی از تماشاگران بی‌تفاوت گرد جنازه را گرفته یا کف می‌زدند همان‌ها که تا دیروز در پایای نطق‌هایش کف می‌زده و زنده باد می‌گفتند (قیام شیخ محمد خیابانی در تبریز، کسروی،با مقدمه کاتوزیان... ص۱۶۸). همیشه منابع می‌نویسند که به جنازه‌اش بی‌حرمتی کردند اما نمی‌نویسند این بی‌حرمتی چه بوده است؟ و من هم از آن می‌گذرم که این بی‌حرمتی سینه به سینه نقل شده حتی منابع از درج آن نیز شرم داشته است!

هر سه آنها عاشق ایران و عظمت آن بودند و شیخ محمد خیابانی شعارش در تمامی میتینگ‌ها این بوده: «آذربایجان جزو لاینفک ایران و ایران جزو لایتجزای آذربایجان»(خاطرات عبدالله بهرامی، ص ۶۳۵ و دو مبارز جنبش مشروطه،‌ رئیس نیا، ص ۲۶۸) اما قاتلین بر آنها انگ تجزیه‌طلبی زدند تا کشتن‌شان آسان و خدمت به وطن تلقی شود! چنین می‌نماید که در نظر این قاتلین که در مکتب استبداد مرکزی تربیت یافته بودند هر فردی که در میان اقوام ایرانی و یا دور از مرکز متولد می‌شود اگر از آزادی و عدالت دم زند بالقوه یک تجزیه‌طلب است مگر اینکه خلاف آن ثابت شود!