گروهی معتقدند که هدف اصلی سازمان‌های نظام مهندسی حمایت و دفاع از حقوق و منافع صنفی و حرفه‌ای اعضا خود به مثابه انجمن‌ها و سندیکاهای صنفی است. این گروه که طرفداران زیادی دارند مخالف دخالت‌های دولت در اداره امور داخلی سازمان‌های نظام مهندسی بوده و برخی نیز تا جایی پیش رفته‌اند که با مقایسه سازمان‌های نظام مهندسی با تشکل‌های مردم نهاد، این دخالت را مغایر با اهداف این سازمان‌ها تلقی می‌کنند. در مقابل هم گروهی که عمدتا از بدنه دولت و به‌خصوص وزارت راه و شهرسازی است، با استناد به قانون نظام مهندسی و کنترل ساختمان، گاهی خود را چنان محق به دخالت در امور سازمان‌های نظام مهندسی می‌دانند که بدون مشارکت آنها نسبت به امور صنفی و حرفه‌ای آنها، هر روز تصمیمات جدیدی اتخاذ کرده و برای اجرای آن به سازمان‌های نظام مهندسی ابلاغ می‌کنند. و البته گاهی نیز نسبت به مسائل و سرنوشت آنها بر خلاف وظایف مصرح در قانون بی‌تفاوتند.

مطابق ماده ۳ قانون نظام مهندسی و کنترل ساختمان «سازمان‌های نظام مهندسی غیر انتفاعی بوده و تابع قوانین و مقررات عمومی حاکم بر موسسات غیر انتفاعی هستند.»

در ماده ۵۸۴ قانون تجارت این تشکیلات و موسسات را متشکل از گروهی افراد برای مقاصد غیر تجاری، اعم از انتفاعی و غیر انتفاعی تعریف کرده است.

ماده یک آیین‌نامه اصلاحی ثبت تشکیلات و موسسات غیرتجاری مصوب سال ۱۳۳۷، بیان می‌دارد: «مقصود از تشکیلات و موسسات غیر تجاری مذکور در ماده ۵۸۴ ق.ت کلیه تشکیلات و موسساتی است که برای مقاصد غیرتجاری از قبیل امور علمی یا ادبی یا امور خیریه و امثال آن تشکیل می‌شود. اعم از آنکه تشکیل‌دهندگان قصد انتفاع داشته باشند یا نداشته باشند.»

بنابراین ویژگی بارز این گروه از اشخاص حقوقی را می‌توان در مقاصد غیر تجارتی آنها دانست. خواه جنبه انتفاعی داشته یا فاقد این جنبه باشند. به عبارت دیگر این اشخاص حقوقی برای اهداف و مقاصدی جز تحصیل سود و منفعت و تقسیم آنها بین شرکا تشکیل می‌شوند و هدف اصلی آنها تشریک مساعی شرکا در این گروه ها، ترویج و تشویق امور علمی، فرهنگی، ورزشی و نیز تامین منافع صنفی است.

بنابراین با استناد به قانون نظام مهندسی و کنترل ساختمان و توضیحات فوق، سازمان‌های نظام مهندسی دارای شخصیت حقوق خصوصی بوده و به‌نظر می‌رسد که هدف اصلی آنها تامین منافع صنفی مهندسین است. لیکن این برداشت چندان درست نبوده و هرچند دارای شخصیت حقوق خصوصی هستند ولی نمی‌توان سازمان‌های نظام مهندسی را به‌عنوان یک صنف و با اهداف صنفی تلقی کرد. زیرا با استناد به تبصره ماده ۲ قانون نظام صنفی کشور مصوب ۱۲/ ۰۶/ ۱۳۹۲ مجلس شورای اسلامی، «صنوفی که قانون خاص دارند، از شمول این قانون مستثنی می‌باشند. قانون خاص قانونی است که بر اساس آن نحوه صدور مجوز فعالیت، تنظیم و تنسیق امور واحدهای ذی‌ربط، نظارت، بازرسی و رسیدگی به تخلفات افراد واحدهای تحت پوشش آن به صراحت در متن قانون مربوطه معین می‌شود.»

از طرف دیگر سازمان‌های نظام مهندسی دارای برخی ویژگی‌های حقوق عمومی نیز هستند. اولین و مهم‌ترین آن «نحوه تاسیس و انحلال» آنهاست. ریشه تشکیل همه اشخاص حقوقی وابسته به حقوق عمومی، بدون استثنا در قانون است. در حالی که شخصیت حقوقی حقوق خصوصی با ابتکار و تصمیم اشخاص حقیقی یا اشخاص حقوقی حقوق خصوصی، تامین و ایجاد می‌شوند.  در‌حالی‌که سازمان‌های نظام مهندسی نه به ابتکار و تصمیم اشخاص حقوقی خصوصی بلکه با اراده حاکمیت و با تقدیم لایحه مورخ ۲۰/ ۰۴/ ۱۳۷۴ دولت و تصویب آن در تاریخ ۲۲/ ۱۲/ ۱۳۷۴ در مجلس شورای اسلامی تشکیل شد. دومین ویژگی از ناحیه «فعالیت و صدور صلاحیت» آنهاست. اشخاص حقوق عمومی، غالبا به فعالیت‌های عمومی اشتغال دارند و در اکثر موارد عهده‌دار امور عمومی بوده و دارای صلاحیت عام و گسترده هستند.

در حالی که اشخاص حقوق خصوصی به فعالیت‌هایی که صرفا جنبه خصوصی دارد، مشغول هستند. البته دولت دارای دو نوع فعالیت است که عبارتند از: اعمال حاکمیت و اعمال تصدی. هر چند اعمال تصدی دولت هم جنبه عمومی داشته و برای رفع نیازها و حوائج عمومی است. با استناد به مواد ۱ و ۲ و ۳ قانون نظام مهندسی و کنترل ساختمان هدف از تدوین این قانون و تشکیل سازمان‌های نظام مهندسی بسیار فراتر از اهداف خصوصی و صنفی مهندسین بوده است.

همچنین سازمان‌های نظام مهندسی از برخی مزایای اشخاص حقوق عمومی نیز بهره مند هستند. مانند صدور پروانه فعالیت به اشخاص و تعقیب و محاکمه آنها، قدرت تحمیل تصمیمات به مالکان و ذی‌نفع پروژه‌ها توسط مهندسین طراح، ناظر و مجری و قدرت اجرایی آنها مطابق قانون نظام مهندسی و کنترل ساختمان.

به‌عنوان مثال حتی اگر رابطه حقوقی بین مالکین و مهندسین در چارچوب حقوق خصوصی و تراضی طرفین تشکیل شود، ابتکار عمل در رعایت مقررات ملی ساختمان و سایر قوانین مرتبط با آن درخصوص طراحی، نظارت و اجرا با مهندسین بوده و بدون رضایت مهندس ناظر و مجری مالکین حق تعویض آنها را نداشته و تغییر در مشخصات فنی پروژه صرفا در صلاحیت مهندسین است و مالکین نمی‌توانند این حق را از مهندسین حتی با تراضی آنها ضمن شرایط خصوصی سلب کنند. چرا که رعایت مقررات ملی ساختمان جزو قوانین آمره بوده و نمی‌توان خلاف آن را توافق کرد و صلاحیت اجرای آن صرفا با مهندسان است.

این قدرت در تحمیل تصمیمات ناشی از حمایت حاکمیت از سازمان نظام مهندسی و اعضای آن و با هدف اجرای مقررات و قوانین و استانداردها و در جهت حقوق و منافع عمومی است.

با ملاحظات مطروحه به‌طور خلاصه می‌توان گفت:

۱- هرچند سازمان‌های نظام مهندسی ماهیتا جزو حقوق خصوصی بوده و تشکل‌های مهندسی، حرفه‌ای و صنفی جزو قانون نظام مهندسی و کنترل ساختمان است، لیکن قانون مذکور با اراده حاکمیت و برای تامین منافع عمومی از جمله وضع مقررات ملی ساختمان و استانداردهای مربوطه، الزام به رعایت آنها، بالا بردن کیفیت خدمات مهندسی به منظور اطمینان از ایمنی، بهداشت، آسایش و صرفه اقتصادی در جهت حمایت از مردم و حفظ و افزایش بهره‌وری منابع و سرمایه‌های ملی است و نمی‌توان «اهداف اصلی سازمان‌های نظام مهندسی را تا سطح تامین منافع صنفی تنزل داد.»

۲- منافع صنفی مهندسان در این قانون به خوبی دیده شده و هدف از تشکیل سازمان‌های نظام مهندسی علاوه بر تامین منافع عمومی، تنسیق امور مربوط به مشاغل و حرفه‌های فنی و مهندسی و جلب مشارکت حرفه‌ای مهندسان و صاحبان حرفه‌ها و صنوف ساختمانی است اما در چارچوب تهیه و اجرای طرح‌های توسعه و آبادانی کشور. بنابراین طبق این قانون منافع عمومی بر منافع اشخاص و مهندسان مقدم و دارای اولویت است.

۳- قانون نظام مهندسی و کنترل ساختمان و تشکیل سازمان‌های نظام مهندسی با هدف حفظ منافع عمومی و سرمایه‌های ملی و اراده حاکمیت، تهیه، تدوین و تصویب شده است. بنابراین وظایفی که در آن برای بخش‌های مختلف حقوق عمومی به‌خصوص وزارت راه و شهرسازی احصا شده جزو تکالیف و وظایف آنها بوده و نمی‌توان به بهانه‌های مختلف از آن غفلت کرد. ساخت مسکن ملی، کارمندان دولت یا گسترش راه‌های کشور و... دلایل کافی و موجهی برای کم توجهی به این قانون و عملکرد سازمان‌های نظام مهندسی نبوده چرا که این وظایف جزو تکالیف اصلی مصرح وزارت راه و شهرسازی است.

۴- هر چند به نظر می‌رسد سازمان‌های نظام مهندسی بخشی از وظایف حقوق عمومی و دولت را در جهت حفظ منافع عمومی و منابع ملی به عهده دارد، لیکن قانون گذار به‌خوبی اهمیت نقش مهندسان را در اجرای آن احصا کرده و با تهیه این قانون سعی در مشارکت بیشتر و موثرتر این قشر فرهیخته کرده است. بنابراین توجه به امور صنفی از جمله اشتغال، درآمد پایدار، بیمه‌های خدمات درمانی و سایر نیازهای اجتماعی از جمله حفظ شئونات حرفه‌ای آنها که با حدود نیم میلیون نفر بزرگ‌ترین تشکل حرفه‌ای کشور را تشکیل داده‌اند، باید مد نظر دولتمردان قرار گیرد. چیزی که سال هاست با بی‌مهری آنها روبه‌رو شده است.

بنابراین هرچند معتقدیم که هدف از تهیه و تصویب قانون نظام مهندسی و تشکیل سازمان‌های نظام مهندسی حفظ منافع عمومی جامعه بوده است و نباید منافع صنفی مهندسان بر آن ترجیح داده شود، لیکن باید زمینه مشارکت هر چه بیشتر مهندسان را فراهم و با حفظ حقوق و جایگاه آنها، دستیابی به اهداف مورد نظر قانون نظام مهندسی را امکان‌پذیر کرد. بنابراین شایسته است مدیران دولتی با مشارکت افراد دارای صلاحیت‌های علمی، حرفه‌ای و با تجربه در حوزه‌های سازمان‌های نظام مهندسی تصمیمات مناسب را اتخاذ کرده و ضمن حفظ منافع عمومی با کاهش مشکلات این حرفه زمینه رفع بی‌اعتمادی بین آنها با دولتمردان را فراهم کنند.