با توجه به ناکارآمدی و خطای راهبردی مدل مفهومی اولیه برای تولید این سامانه، تیم اجرایی تولید سامانه در دولت سیزدهم در اولین قدم نسبت به اصلاح مدل مفهومی اقدام نمود و تعداد پیمانه‌های زیرسامانه‌ها را از هفت پیمانه به سه پیمانه شامل پیمانه جمع‌آوری، پیمانه ثبت‌نام و عضویت و پیمانه کارپوشه مودیان (هسته محاسبات مالیات بر ارزش‌افزوده) کاهش داد.

در سامانه مودیان به هر مودی کارپوشه ویژه‌ای اختصاص داده می‌شود. این کارپوشه برای ثبت تمام مبادلات و معاملات مودیان با اشخاص ثالث در نظر گرفته می‌شود. تبادل اطلاعات بین مودی و سازمان نیز تنها از طریق این کارپوشه انجام می‌شود.

مودیان می‌توانند در این کارپوشه کلیه اطلاعات مالیاتی خود را مشاهده کنند و ضمن پیگیری فرآیندهای مالیاتی پرونده، درخواست‌های خود را نیز از طریق این کارپوشه به سازمان ارائه کنند. در واقع کارپوشه به‌عنوان تنها درگاه ارتباطی مودی با سازمان امور مالیاتی کشور شناخته می‌شود. بر اساس مفاد قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان، پس از راه‌اندازی این سامانه فقط صورت‌حساب‌های الکترونیکی که از طریق سامانه مودیان صادر شده باشد، از سوی سازمان معتبر شناخته شده و مبنای محاسبات مالیاتی قرار می‌گیرند.

به طور خلاصه، کار ویژه‌های اصلی سامانه مودیان را می‌توان به شرح زیر مورد اشاره قرار داد:

- جمع‌آوری اطلاعات مربوط به کلیه مبادلات کالا و خدمات میان فعالان اقتصادی

- تأمین بستر امن جریان تبادل داده و اطلاعات برای انتقال اطلاعات مالی و مبادلات تجاری مودیان

- صحت‌سنجی، ثبت و مستندسازی اطلاعات جمع‌آوری شده مربوط به معاملات و مبادلات تجاری مودیان

- ارتقای ارائه خدمات الکترونیکی و تسهیل تعامل مودیان با سازمان از طریق حذف مراجعه حضوری و پیاده‌سازی کارپوشه برای هر مودی به‌عنوان تنها درگاه ارتباطی و تبادل اطلاعات میان ایشان با سازمان

- افزایش سطح تمکین مالیاتی از طریق هوشمندسازی روش‌های تشخیص و محاسبه مالیات، محاسبه مالیات ­بر ارزش‌افزوده مودی بر اساس اطلاعات صورت‌حساب‌های الکترونیکی ثبت­شده در سامانه

- تهیه اظهارنامه برآوردی برای مالیات بر عملکرد مودیان با استناد به اطلاعات ثبت شده در سامانه

- ارتقای سطح و تامین منابع اطلاعاتی نظام مالیاتی کشور از طریق جمع‌آوری و پردازش کلیه اطلاعات معاملات و تراکنش‌های مالی قابل استناد برای برنامه‌ریزی‌های اقتصادی در سطح کلان

در اجرای قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان، فعالان اقتصادی به‌عنوان فروشنده کالا یا ارائه‌کننده خدمت مکلف‌اند پس از ثبت­­نام و عضویت در سامـانه­ مودیان، برای کلیه فروش‌های کالا و خدمات خود صورت‌حساب‌های الکترونیکی منطبق با استانداردهای سازمان امور مالیاتی را صادر و اطلاعات آن را به سامانه مودیان ارسال کنند. این اطلاعات پس از صحت‌سنجی و ثبت در پایگاه‌ اطلاعاتی سامانه مودیان، مبنای محاسبه مالیات بر ارزش‌افزوده مودیان قرار خواهد گرفت. مودیان از طریق امکانات این سامانه در کارپوشه خود می‌توانند نسبت به مشاهده و تایید صورت‌حساب‌های الکترونیکی صادره در جریان مبادلات تجاری خود، اقدام کنند.