در صدر این برنامه‌ها مشارکت و همکاری با سازمان ملی استاندارد در تدوین و بازنگری استاندارد محصولات مرتبط با صنایع تحت پوشش، پیگیری اصلاح رویه‌ها و قوانین و ضوابط تامین اجتماعی و مالیاتی،تعامل با سازمان گمرک جهت تسهیل امور واردات و صادرات واحد‌های تولیدی،پایش تولید واحدهای صنعتی و به‌روزآوری پروانه بهره‌برداری واحد‌ها متناسب با ظرفیت واقعی تولید، قرار دارد. مدیریت تقاضا برای خرید محصولات پتروشیمی عرضه شده در بورس کالا از طریق تعیین گرید‌های مورد مصرف واحد‌ها در سامانه بهین یاب،تدوین نقشه راه توسعه رقابت و ارتقای فناوری در صنعت خودرو به‌عنوان محورهای دیگر اعلام شده است.

پیگیری تصویب و اجرای سند راهبردی صنعت میکرو‌الکترونیک کشور، پیگیری تصویب و اجرای سند راهبردی صنایع هدف، مشارکت در اجلاس کمیسیون‌های مشترک صنعتی، تجاری و اقتصادی ایران با کشورهای مختلف و اعلام زمینه‌های همکاری مشترک در حوزه صنایع مرتبط، حمایت از اقلام ساخت داخل و تقویت در زمینه صادرات کالا و خدمات فنی و مهندسی در زمان اعطا یا اخذ ترجیحات تعرفه‌ای و در همکاری‌های اقتصادی و صنعتی دو جانبه یا چند جانبه، مدیریت تعرفه‌ای با رویکرد حمایت داخلی و اصلاح قیمت‌های پایه وارداتی و صادراتی نیز به‌عنوان رویکرد دیگر این معاونت معرفی شده است. به‌روزرسانی و تکمیل فهرست کالایی توانمندسازی داخل، تامین و توسعه زیرساخت‌های فیزیکی (شهرک‌ها و نواحی صنعتی) مطابق ضوابط ملی آمایش سرزمین از دیگر برنامه‌هاست که می‌توان به آنها اشاره کرد.