یکی از مهم‌ترین دلایل عدم‌استقبال صاحبان بار از حمل‌‌‌ونقل ریلی، سهولت دسترسی به جاده‌‌‌ها و هزینه‌‌‌های بالای اولیه برای راه‌‌‌اندازی زیرساخت‌‌‌های ریلی است. از سوی دیگر، مشکلاتی نظیر کمبود بودجه و عدم‌تخصیص منابع مالی کافی به بخش ریلی، از جمله چالش‌‌‌های اصلی توسعه این صنعت است. سالانه حدود ۲۰میلیارد دلار به یارانه‌‌‌های سوخت اختصاص می‌‌‌یابد؛ رقمی که می‌توانست به توسعه زیرساخت‌‌‌های ریلی اختصاص یابد.

همچنین عدم‌‌‌هماهنگی بین سرمایه‌‌‌گذاران و متولیان این بخش دیده می‌شود. ضعف در جذب سرمایه‌‌‌گذاران و قوانین سختگیرانه نیز باعث تضعیف این حوزه شده است. در همین راستا، استفاده از قوانین حمایتی همچون ماده ۱۲ و تبصره ۱۸ که به منظور ترغیب سرمایه‌‌‌گذاران به توسعه صنعت ریلی تصویب شده‌‌‌اند، می‌تواند نقش موثری در جذب سرمایه‌‌‌گذاری و بهبود وضعیت ریلی کشور داشته باشد.

یکی دیگر از موانع توسعه حمل‌‌‌ونقل ریلی، کمبود پایانه‌‌‌های مکانیزه و تجهیزات مدرن است. با وجود پایانه‌‌‌های مناسب و مکانیزه، می‌توان تا ۷۰‌درصد بهره‌‌‌وری در این بخش را افزایش داد. این مساله به‌‌‌ویژه در حمل مواد معدنی از اهمیت زیادی برخوردار است.

مدیریت واحد و برنامه‌‌‌ریزی دقیق در صنعت ریلی ضرورت دارد. به جای توسعه بدون برنامه خطوط ریلی در مناطق بدون بار، بهتر است از ظرفیت‌‌‌های موجود بهینه استفاده شود و سیاستگذاری صحیحی برای افزایش بهره‌‌‌وری در این بخش صورت گیرد.

برای رسیدن به اهداف تعیین‌‌‌شده در چشم‌‌‌انداز ۱۴۰۴ و توسعه شبکه حمل‌‌‌ونقل ریلی کشور، باید علاوه بر تخصیص منابع مالی مناسب، به استفاده از قوانین حمایتی و تقویت زیرساخت‌‌‌های مکانیزه توجه شود. همچنین مدیریت یکپارچه و برنامه‌‌‌ریزی کارآمد می‌تواند گامی مهم در بهبود عملکرد این صنعت باشد.