شهرداری مشهد ۸۱/ ۸ درصد، شهرداری اصفهان ۴۷/ ۷ درصد و شهرداری‌های کرج، تبریز، شیراز و قم هم هر کدام ۷ درصد سهام این بانک را در اختیار دارند. سهام بانک پرحاشیه سرمایه که این روزها دادگاه پر سر و صدای متهمان سوء‌استفاده از منابع آن در حال برگزاری است، به چند شرکت سرمایه‌گذاری و لیزینگ و ساختمانی تعلق دارد. این بانک که متعلق به آموزش و پرورش است به‌عنوان ششمین بانک خصوصی کشور در دی‌ماه سال ۱۳۸۴ به ثبت رسید. شرکت‌های لیزینگ و رفاه فرهنگیان و سرمایه‌گذاری فرهنگیان هر کدام ۱۰ درصد سهام این بانک را در اختیار دارند. شرکت‌های ساختمانی معلم، سرمایه‌گذاری فرآیند و سرمایه‌گذاری اقتصاد و رفاه فرهنگیان هم به ترتیب ۶۴/ ۷، ۲۵/ ۶ و ۱۴/ ۵ درصد از سهام بانک سرمایه را در اختیار دارند. بانک سینا از جمله بانک‌های نهادی دیگر است که بیشترین سهام آن با رقم ۰۹/ ۶۳ درصد به بنیاد مستضعفان تعلق دارد. ۸/ ۷ درصد سهام این بانک هم در اختیار موسسه بنیاد علوی است. بانک سینا در سال ۱۳۸۷ با سرمایه موسسه مالی و اعتباری بنیاد تاسیس شد. این بانک برای دریافت مجوز فعالیت خود باید با تغییر ماهیت حقوقی، بخشی از سهام خود را در بورس تهران به‌صورت عمومی عرضه می‌کرد. این سهام در سال ۱۳۸۷ واگذار شد اما همچنان سهامدار عمده آن بنیاد مستضعفان است. بانک دی هم به‌عنوان یک بانک متعلق به نهاد‌های عمومی از زیرمجموعه‌های بنیاد شهید و امور ایثارگران است که در سال ۱۳۸۹ تاسیس شد. هدف از تاسیس این بانک ارائه خدمات به خانواده شهدا و جانبازان اعلام شده است. از سهامداران عمده این بانک می‌توان به شرکت آتیه‌سازان دی با ۴/ ۴ درصد، سازمان اقتصادی کوثر با ۷/ ۲ درصد و شرکت سرمایه‌گذاری کشتیرانی جمهوری اسلامی ایران با ۲۸/ ۱ درصد اشاره کرد.