صادرکنندگان این دستورالعمل نبود کشتی ایرانی دیگری در خلیج‌فارس و ضعف نیروی دریایی ایران در این دوره را به نداشتن ثروت دولت نسبت می‌دهند و آرزو می‌کنند که در آینده‌ای نزدیک شاهد حضور فراوان «کشتی‌های جنگی زره‌پوش» ایران در خلیج‌فارس و دریای عمان باشند تا جایی که باعث رشک و غبطه اجانب بشود. وزیر امور خارجه تاکید می کند که چون «تمام تشریفات بحریه دولت به همین کشتی ایفا می‌شود و به نوعی آبروی ایران در خلیج‌فارس است، لذا کمال توجه و دقت را در حفظ و نگهداری و تزیینات این کشتی به عمل آورید و در این راه از هیچ هزینه‌ای مضایقه نکنید و تنها درصورت نیاز ماموران گمرک برای رفتن به سایر گمرک‌خانه‌های آنجا کشتی را در اختیار آنها قرار دهید. سدیدالسلطنه در سال۱۳۳۰ ق یعنی یازده‌سال پس از صدور این دستورالعمل، در توصیف قوای دولتی حکومت بوشهر، درباره نیروی دریایی و کشتی‌های ایران در خلیج فارس چنین می‌نویسد: دو سفاین حربیه‌ای از ورود به خلیج‌فارس در سنه ۱۳۱۸[ق] بدون ذخیره، دولت از فرنگستان وارد کرده بدون محفظه و محافظ جلو‌دار الحکومه افتاده‌اند. سفاین پرس‌پلیس و مظفری هم در لنگرگاه باشند و مامور نظم بنادر شوند. آنها را هم استعداد شایسته نیست.»

 سدید‌السلطنه ورود کشتی‌های کوچک برای دولت ایران در خلیج‌فارس از جمله، کشتی گیلان برای بوشهر، کشتی خراسان برای بندرلنگه، کشتی تهران برای عباسی، کشتی مازندران برای چاه بهار و کشتی آذربایجان برای محمره را از سال ۱۳۲۶ق ذکر کرده است.

واقعا جالب است که ایران در آغاز قرن بیستم (۱۳۱۹ ق/ ۱۹۰۱م) تنها یک کشتی بزرگ دولتی در خلیج‌فارس و دریای عمان در اختیار دارد که باید با این کشتی هم نظم و امنیت را در بنادر و سواحل خلیج‌فارس تامین کند، هم به تشریفات، بازرسی، گمرک و سایر امور بنادر رسیدگی کند. تازه همین کشتی پرسپولیس هم به قول سدیدالسلطنه نیروی ماهر و کافی در اختیار نداشته است. در همین زمان انگلستان بیش از صد کشتی بزرگ و ناو جنگی در خلیج فارس داشت و حتی اعراب حاشیه جنوبی خلیج‌فارس نیز که اغلب تحت‌الحمایه انگلستان یا دولت ایران قرار داشتند، بیشتر از دولت ایران کشتی در خلیج‌فارس داشتند.

 این در حالی بود که ایرانیان در ادوار گذشته و به‌ویژه در دوره باستان همچنان که مشیرالدوله نیز در این نوشته به آن اذعان کرده است، بیشترین فتوحات خود را از طریق دریا کسب کردند و از پیشتازان دریانوردی و کشتیرانی و اختراعات در این حوزه محسوب می‌شدند.

 از موضوعات مهم دیگری که مورد توجه و تاکید صادرکنندگان این دستور العمل قرار گرفته، مساله گمرک و امور تذکره بنادر است. در پی گسترش تجارت جهانی و افزایش رقابت برای ورود به حوزه‌های جدید اقتصادی، خلیج‌فارس در دوره قاجار به‌عنوان یکی از مهم‌ترین کانون‌های اقتصادی و تجاری مورد توجه قرار گرفت و گمرکات آن تبدیل به مهم‌ترین دروازه‌های ارتباطی ایران با کشورهای قدرتمند شد. یکی از مراکز گمرکی که در این دوره نقش بسزایی در گسترش تجارت خارجی ایران در خلیج فارس ایفا کرد، گمرک بوشهر بود. این گمرک به‌دلیل برخورداری از موقعیت مناسب و مزیت‌های مختلف اقتصادی، نقش مهمی در رونق تجارت خارجی ایران ایفا کرد. به این صورت که دولت ایران تا عصر ناصری نتوانسته بود روابط مستمر با دیگر کشورها برقرار کند و بیشتر روابط تجاری و دیپلماتیک یک‌طرفه یا یک‌جانبه داشت و تشکیلات گسترده و قدرتمندی نیز نداشت؛ ولی از دوره ناصرالدین‌شاه با توجه به اینکه معادلات بین‌المللی حالت دوجانبه پیدا کرد، حکومت ایران مجبور شد امور تجاری خود را انتظام ببخشد و نهادهای اقتصادی خاصی را برای سروسامان دادن به تجارت داخلی و خارجی دایر کند. تشکیل وزارت تجارت و فلاحت در سال۱۲۷۹ق و تشکیل وزارت گمرک در سال۱۲۹۲ ق از جمله این اقدامات بود. اما درواقع گام اساسی در سر و سامان دادن به وضع گمرکات ایران مخصوصا گمرک بوشهر در زمان آقا ابراهیم امین‌السلطان زمانی که وی در سال ۱۲۹۹ ق به سمت وزیر دربار اعظم و خزانه و گمرک» منصوب شد، برداشته شد که پس از مرگ وی توسط پسرش میرزا علی‌اصغر خان - امین السلطان بعدی - دنبال شد. امین‌السلطان پس از آگاهی از درآمد کم ایران از گمرکات جنوب و پس از مشورت با ناصرالدین‌شاه درصدد تغییر و اصلاح وضعیت اداره بنادر افتاد و با اعزام سعدالملک به‌عنوان مامور امور گمرکی فارس و بنادر که بعدها به حکمران بنادر و جزایر خلیج فارس منصوب شد، درصدد تغییر سیستم اجاره‌ای گمرکات و شیوه اداره بنادر و جزایر جنوب برآمد که اعتمادالسلطنه از این ساختار جدید تحت عنوان «حکومت بندرات فارس» نام برده است. لرد کرزن امین‌السلطان پسر را این‌چنین معرفی می‌کند: «امین‌السلطان در حال حاضر وزارت‌های داخله، دربار، گمرک و مالیه را هم عهده‌دار است به‌علاوه رئیس ضرابخانه دولتی و حاکم بنادر خلیج‌فارس است. وی درواقع وزیر امور خارجه نیز هست.»  وی طی وزارت خود در گمرک ایران نخستین «نظام‌نامه گمرکی» ایران را به‌وسیله یوسف‌خان گمرکچی، مامور گمرک فارس تدوین کرد و توانست ۲۰۰هزار تومان به درآمد گمرک بیفزاید، وجود مقام «شهبندر» در بوشهر نشانه قدرت تاریخی این گمرک محسوب می‌شود. ساختمان‌ها و تجهیزات و انبارها و امکانات گمرک بوشهر توسط معین‌التجار بوشهری که خود از تجار متنفذ و قدرتمند ایران در دوره قاجار بود، ساخته و تامین شد؛ از آنجا که در دوره قاجار گمرک بوشهر از گمرکات پردرآمد ایران به شمار می‌آمد و بر تمام گمرکات بنادر جنوب ایران نظارت داشت، بنابراین همواره افراد با نفوذ سیاسی، مدیریت آن را عهده‌دار بودند. بنابراین بی‌دلیل نیست که می‌بینیم در این دستورالعمل که به دستور امین‌السلطان تهیه شده است، اول به مساله تغییر تشکیلات اداره بنادر جنوب یعنی لغو سیستم اجاره‌داری و مقاطعه دادن بنادر به اعراب توسط ناصرالدین‌شاه اشاره شده و به خسارت و صدماتی که در گذشته از این راه به دولت و تجار ایرانی وارد می‌شده است و سوءاستفاده‌هایی که ماموران محلی از آن وضعیت می‌کرده‌اند، پرداخته است: «در اوایل امر که تجار از مزایای نیات عالیه همایون و منافع تنظیمات جدیده اطلاع نداشتند خیلی متوحش و نگران بودند، بعد که دانستند ایجاد این تنظیمات اساسا برای حفظ صرفه و منافع آنها بوده است، با کمال امتنان اجرای آن را استقبال کردند و به زحمت زیاد در بنادر فارس ترتیبات جدیده اجرا شد.»

بخشی از مقاله‌ای به قلم حشمت‌الله عزیزی، داریوش رحمانیان، هوشنگ خسروبیگی و محمد رستمی