از طرف دیگر او به علم تکیه و تلاش می‌کند که علم را در دین قرار بدهد و این یکی از درخشان‌ترین تلاش‌های اوست. او برای دفاع علم به دین پناه می‌برد و برای دفاع دین به علم و این دوگانه همیشه در او می‌ماند و شاگردانش دو دسته می‌شوند. عده‌ای مثل عبده به مصر می‌روند و به اصلاحات دین بر مبنای عقل می‌پردازند و به عبارت دیگر نواندیش و روشنفکر دین می‌شوند، عده‌ای هم باعث به‌وجود آمدن جنبش سلفی می‌شوند. سیدجمال‌الدین اسدآبادی مشکل جهان اسلام را فهمیده و دانسته که انحطاط اخلاقی و فروپاشی داخلی مشکل جامعه امروز مسلمانان است. او می‌داند که در جوامع امروز، مذهب هم دچار انحطاط شده و درک مذهبی باید اصلاح شود ولی نمی‌داند باید به چه چیزی پناه برد. او گاهی به علم و گاهی به دین پناه می‌برد.

بخشی از سخنان دکتر داوود فیرحی، استاد گروه علوم سیاسی دانشگاه تهران در نشست آشنایی با جریان‌های اسلامی معاصر