ظرفیت کلی پالایشگاه اصفهان، روزانه ۳۷۰ تا ۳۸۶ هزار بشکه است که واحد تقطیر سوم باعث می‌شود ظرفیت در سه واحد توزیع شود و بار ترافیکی خوراک در دو برج تقطیر کنونی کاهش پیدا کند.  مرتضی ابراهیمی، مدیرعامل شرکت پالایش نفت اصفهان، درباره این طرح گفت: طراحی و تامین بخش عمده تجهیزات این واحد توسط سازندگان توانمند داخلی و تحت نظارت شرکت ملی مهندسی و ساختمان نفت ایران صورت گرفته است و این واحد ‌اکنون در مرحله راه‌اندازی بوده و تا پایان سال وارد مدار بهره‌برداری خواهد شد. ابراهیمی با اشاره به اینکه یکی از مهم‌ترین مشکلات واحدهای صنعتی در اصفهان، آب است گفت: تحقیقات این طرح از ۸ سال گذشته آغاز شده و می‌توان گفت پالایشگاه نفت اصفهان یک پیشرو در استفاده از آب خاکستری در بخش صنعت به شمار می‌رود. ظرفیت این طرح ۷۰۰ مترمکعب در روز است که تا پایان بهمن به بهره‌برداری می‌رسد. هدف از راه‌اندازی این واحد، کاهش (حذف) گوگرد از گازوئیل برای دستیابی به سوخت پاک است. ابراهیمی درباره این واحد گفت: به‌طور میانگین روزانه ۱۸ تا ۲۰ میلیون لیتر گازوئیل در این پالایشگاه تولید می‌شود که ۲ تا ۳ میلیون لیتر آن یورو ۴ بوده و برای تامین سوخت اتوبوسرانی در شهر اصفهان و استان‌های همجوار به مصرف می‌رسد که با راه‌اندازی این واحد، کیفیت گازوئیل تولیدی در پالایشگاه به یورو ۵ ارتقا خواهد یافت.