در ایران، اخذ مجوزهای معدنی از سازمان‌های مربوطه با مشکلاتی همراه است اعم از:

۱- فرآیند اخذ مجوزهای معدنی در ایران ممکن است بسیار طولانی باشد و گاهی اوقات تا چندین سال به طول می‌‌‌انجامد و این موضوع باعث تاخیر در شروع بهره‌برداری از معادن می‌شود.

۲- تضاد منافع شرکت‌‌‌های معدنی دولتی و حمایت ویژه آن‌ها توسط دولت و اختصاص پهنه‌‌‌های پرپتانسیل به آن‌ها بدون انجام مزایده یا مناقصات و تخصیص منابع مالی ارزان با بخش خصوصی یکی از اصلی‌‌‌ترین چالش‌‌‌های پیش‌رو در صنعت معدن و صنایع معدنی کشور است.

۳- عدم شفافیت در فرآیند اخذ مجوزهای معدنی در ایران به دلیل عدم شفافیت و عدم اطلاع‌رسانی مناسب به متقاضیان، منجر به بروز مشکلاتی برای آن‌ها می‌شود.

۴- عدم ارتباط موثر با سازمان‌های مرتبط که در برخی موارد متقاضیان به‌دلیل عدم آگاهی از قوانین و مقررات مربوطه برای اخذ مجوزهای معدنی با مشکلاتی مواجه هستند که برای مقابله و رفع این مشکلات نیازمند چهار عاملند .

نخست؛ ارتقای شفافیت در فرآیند اخذ مجوزهای معدنی و اطلاع‌رسانی مناسب به متقاضیان، دوم؛ تقویت ارتباط موثر با سازمان‌های مرتبط و افزایش آگاهی متقاضیان از مقررات و قوانین مربوط به اخذ مجوز، سوم؛ استفاده از فناوری‌های ارتباطی مانند پلتفرم‌های آنلاین برای سهولت در فرآیند اخذ مجوزهای معدنی و چهارم؛ تشکیل کارگروه‌های مشترک بین سازمان‌های مرتبط و متقاضیان در خصوص فرآیند اخذ مجوز معدنی.

از چالش‌های مهم پیش‌رو در صنعت معدن‌کاری و ماشین‌آلات معدنی در ایران می‌توان به اخذ تسهیلات لازم جهت تهیه و خرید ماشین‌آلات، فرآیند سخت و زمانبر تامین ماشین‌آلات مورد نیاز و استفاده درست و بهینه جهت جلوگیری از استهلاک بیش‌از حد ماشین‌‌‌آلات اشاره کرد.

 اکثر ماشین‌آلات معدنی در ایران قدیمی هستند و برخی از آن‌ها حتی پس از چند دهه استفاده، هنوز هم در مورد استفاده هستند که این موضوع باعث افزایش هزینه‌ها و کاهش بازدهی مطلوب در حوزه معادن است. از سویی تجهیزات جایگزین برای ماشین‌‌‌آلات قدیمی در دسترس نیست و این امر افزایش هزینه‌ها در تعمیر و نگهداری ماشین‌آلات معدنی را در پی دارد که گاها ممکن است باعث ایجاد توقف عملیات استخراج در برخی معادن شود، لذا کمبود دانش فنی و نیروهای متخصص در این حوزه از دیگر معضلات معادن بوده و عدم استفاده از فناوری‌های مدرن در بسیاری از معادن ایران مانند ربات‌های معدنی و سیستم‌های هوشمند باعث کاهش روند بازدهی و بهره‌وری معادن است.