او همچنین در حوزه علمیه قم و حوزه علمیه نجف زیرنظر سید حسین طباطبایی بروجردی و سید ابوالقاسم خویی تحصیل کرده بود و درجه اجتهاد داشت.  غلامرضا ستوده، معاون دکتر شهیدی در موسسه لغت‌‌‌نامه دهخدا درباره خصوصیات اخلاقی این پژوهشگر گفته است: «ایشان خیلی نسبت به دنیا بی‌‌‌اعتنا شده بودند. از امکانات دولتی که استفاده از آن حق ایشان بود جز یک دستگاه ماشین ژیان و این اواخر یک پیکان استفاده نکردند و البته به تبع ایشان کارکنان هم باید به این وضع عادت می‌کردند. ایشان مقرر کرده بودند که نماز جماعت برگزار شود و بنده را به عنوان امام جماعت معین فرمودند، گفتم چرا خودتان این فیض را به ما نمی‌رسانید؟ گفتند چه می‌گویی و سپس لطیفه‌ا‌ی گفتند که «بر سر امام جماعت بودن محل بین دو نفر کشمکش بود، آن که کوچک‌تر بود به بزرگ‌تر گفت چرا مشاجره می‌‌‌کنی وقتی مرا ضایع می‌‌‌سازی تو چه برتری بر من داری مگر نه این است که تو عربی خوانده‌‌‌ای من هم خوانده‌‌‌ام تو قرائت درست داری من هم دارم و در سایر صفات هم که یکسانیم، فقط می‌‌‌ماند عدالت که نه تو داری و نه من.»  ساده زیستی از زمان جوانی با علامه شهیدی همراه بود. او دوران تحصیل خود در نجف را این‌‌‌گونه تعریف کرده است: «درآن گرمای نجف که نمی‌دانم چند درجه بود، من که آن وقت درجه نداشتم، ولی همین قدر می‌دانم که آب لوله را که باز می‌کردیم، جوش بود وشب که می‌خوابیدم ویک طرف بدنم را زمین می‌گذاشتم، با حرارت آجرفرش گرم می‌شد وعرق می‌کرد. وقتی می‌غلتیدم نسیم خنکی پدید می‌آمد وبه خواب می‌رفتم تا طرف دیگرعرق کند. آن مدت دو یا سه دقیقه شاید بیشتر[طول] نمی‌کشید. چشم من به خواب می‌رفت، باز آن طرف هم داغ می‌شد...  با نهایت اشتیاق هم درس می‌خواندیم و من این را به صراحت می‌گویم که بهترین دوران زندگانی من همان سال‌هایی بود که سخت‌ترین دوران زندگی‌ام بوده است.»