بیکن در ۱۸۹۷ از مک‌کیم، مید و وایت جدا شد و با مشارکت آرشیتکت دیگری به نام جیمز برایت، گروه معماری بیکن و برایت را تاسیس کرد. پس از آن کار معماری کتابخانه عمومی جرسی و تالار تاریخ دانشگاه آمریکایی واشنگتن به آنها سپرده شد. آنها چندین طرح دیگر را نیز با همکاری یکدیگر به پایان رساندند؛ ولی با این حال مشارکت آن دو نفر در ۱۹۰۲ به پایان رسید و بیکن و برایت از یکدیگر جدا شدند. آخرین پروژه معماری هنری بیکن که بیشترین شهرت را برای او به ارمغان آورد، طرح بنای یادبود لینکلن در واشنگتن‌دی‌سی بود. بیکن این بنای یادبود را به سبک معماری دوره یونان باستان طراحی کرد که کار ساخت آن در ۱۹۲۲ به پایان رسید.هنری بیکن ۱۶ فوریه ۱۹۲۴ در نیویورک درگذشت.