اسکندر که در جوانی با فتوحات غیرمنتظره‌اش جهان را به لرزه درآورده بود در ۳۲ سالگی به‌طور ناگهانی در شهر بابل در بین‌النهرین جان خود را از دست داد. علت مرگ مرموز او هرگز آشکار نشده است. چند سال پیش دکتر چارلز کلیشر از دانشگاه دولتی کلرادو و همکارش جان مر، نتایج تحقیق خود را در این زمینه در مجله علمی بیماری‌های عفونی درحال گسترش به چاپ رساندند. این گزارش نشان می‌دهد که اسکندر مقدونی به‌دلیل ابتلا به ویروس «نیل باختری» از پای درآمد. ویروس نیل باختری در آفریقا و خاورمیانه یافت می‌شود. این ویروس از طریق نیش حشرات به پرندگان، به‌خصوص کلاغ، منتقل می‌شود. مرگ ناگهانی تعداد زیادی پرنده در یک منطقه به‌طور عمومی به‌عنوان اخطاری در مورد امکان ظهور ویروس نیل باختری ارزیابی می‌شود.