علی‌اصغر سمسار یزدی، مشاور ارشد مرکز بین‌المللی قنات و سازه‌‌‌های تاریخی آبی با اشاره به ثبت‌جهانی قنات زارچ، حفظ حیات این قنات را با توجه به ویژگی‌های کالبدی و ناملموس آن از سوی تمام مردم استان حائز اهمیت دانسته است. جواد دائمی، نماینده و کارشناس قنات زارچ نیز عمده‎‎ترین مشکل کنونی این قنات را عدم اختصاص اعتبار کافی برای حفاظت از آن عنوان کرده است. او با اشاره به اینکه این قنات‌، دارای حیات آبزیانی نیز بوده‌، گفته است: «به‌دلیل طولانی بودن قنات، حشرات‌زدایی آن کار راحتی نیست و این درحالی است که با ورود فاضلاب‌های شهری و خانگی به آن، مشکل هجوم جانوران موذی در آن دوچندان شده است.» ساشا ریاحی‌مقدم، معاون میراث‌فرهنگی اداره کل میراث‌فرهنگی، صنایع‌دستی و گردشگری استان هم از اجرای برنامه دوره‌ای مه‎‌پاشی‌پایاب‌‎‎ها و آسیاب‌‌‎‌های آبی در مسیر این قنات به‌منظور از بین بردن حشرات و آلودگی‌های آن خبر داده است: «طرح حفاظت و مرمت قنات زارچ از ابتدای سال ۹۴ در راستای اهداف ثبت جهانی قنوات ایرانی با احیا و مرمت سازه‌های وابسته به قنات آغاز شده است. فاز اول ساماندهی مسیر گردشگری این قنات نیز از محدوده مسجد جامع تا آسیاب وزیر در محله کوشک ‌ نو شهر یزد در حال انجام است.» این مقام مسوول از دیگر اقدامات صورت گرفته برای حفظ و مرمت قنات جهانی زارچ به انجام لایروبی قنات، تعریف محورهای گردشگری قنات، حفر مادر چاه و حفاری پیشکار‌کنی در دشت فهرج اشاره می‌‌‌کند.