شایعات درباره تجزیه سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی به دو بخش اموراداری- استخدامی و برنامه و بودجه خیلی زود از سوی مشاور این سازمان تکذیب شد تا مهر پایانی بر فضاسازی برخی رسانه‌ها باشد. اگرچه به‌رغم تکذیب مشاور نوبخت، برخی منابع همچنان مدعی هستند که این موضوع در جلسه شورایعالی اداری به تصویب رسیده است. احمدی‏نژاد در سال ۸۶ اقدام به انحلال سازمان مدیریت و راه‏اندازی معاونت برنامه‏ریزی و نظارت راهبردی کرد اما در دولت یازدهم احیای سازمان مدیریت و برنامه‏ریزی یک‌بار دیگر کلید خورد.