با تأیید صلاحیت فرهاد رهبر از سوی کمیته انتخاب روسای دانشگاه‌ها در شورای عالی انقلاب فرهنگی، رئیس اسبق دانشگاه تهران به مدت ۴ سال سکاندار هدایت دانشگاه آزاد اسلامی شد. احمدی‌نژاد اواخر دولت دهم در نامه‌ای به وزیر علوم از او خواسته بود تا فرهاد رهبر را به دلیل رویکردی «سیاست‌زده، غیر علمی و احیانا امنیتی» در اداره دانشگاه تهران از کار برکنار کند. انتخاب رهبر به‌عنوان رئیس دانشگاه آزاد واکنش‌های زیادی در شبکه‌های اجتماعی داشت. وی عضو ارشد ستاد رئیسی در انتخابات ریاست جمهوری بود.