این بازی نیز در دل خود جنجال‌هایی داشت که بخشی از آن دوباره متوجه داور بازی شد. مهم‌ترین آن شادی پس از گل اشکان دژاگه بود که به میان تماشاگران خودی رفت و سرمربی استقلال معتقد بود داور باید به این بازیکن که قبلا یک کارت زرد داشت کارت داده و او را اخراج می‌کرد! شفر همچنین ادعا کرد داور در پایان بازی از او عذرخواهی کرده است. ولی دیروز داور این بازی و رئیس دپارتمان داوری فدراسیون فوتبال قویا این موضوع را تکذیب کردند. اشکان خورشیدی داور دیدار استقلال و تراکتورسازی در این خصوص به «ایلنا» گفت: «به‌خدا دیوانه شدیم از بس که به این سوال جواب دادیم. این را می‌دانید که ما حق مصاحبه نداریم اما چون این سوال درباره نحوه قضاوت نیست پاسخ می‌دهم. بنده به زبان انگلیسی بابت همه چیز تشکر کردم و گفتم: Thank you for everything(بابت همه چیز متشکرم) یک تعارف بوده و تنها تشکر کردم؛ من معذرت خواهی نکردم. از این جهت تشکر کردم که کنار زمین آرام بودند و همکاری کردند.

این یک مکالمه عامیانه بود و در جواب خسته نباشید ایشان، تشکر کردم. هیچ اتفاق خاصی هم نیفتاد. برای چندمین بار تکرار کنم که عذرخواهی نکردم.» داوود رفعتی رئیس دپارتمان داوری فدراسیون فوتبال نیز عذرخواهی داور از شفر را تکذیب کرد و گفت: «در این مسابقه برخی مدعی بودند که باید کارت زرد دوم به اشکان دژاگه داده می‌شد اما این مساله به هیچ‌وجه صحت ندارد. گفته شده که داور مسابقه تبریز در این خصوص یا هر موضوع دیگری عذرخواهی کرده اما این مساله هم صحت ندارد چراکه اولا در این بازی هیچ اشتباه تاثیرگذاری دیده نشده که داور بخواهد از کسی عذرخواهی کند و البته حتی اگر در یک بازی داور مرتکب اشتباهی شود از عوامل تیم‌ها عذرخواهی نمی‌کند.»  رفعتی در ادامه به باشگاه‌هایی که با صدور بیانیه‌ها قصد دارند داوران را تحت فشار قرار دهند هشدار داده و می‌گوید: «داوران ما همواره تلاش کرده‌اند بهترین قضاوتشان را انجام بدهند، اما جوی که ایجاد شده به هیچ عنوان مناسب نیست و از این پس هر باشگاهی چه پیش از مسابقه و چه بعد از مسابقه در مورد داوری بیانیه‌ای صادر کند، آن باشگاه را به کمیته انضباطی فدراسیون فوتبال ارجاع خواهیم داد تا برخورد قانونی و قاطع با آن باشگاه صورت گیرد.»

محمد فنایی کارشناس داوری فوتبال ایران نیز در گفت‌وگو با خبرگزاری فارس تاکید کرده بیانیه‌ها برای کم‌کردن مسوولیت باشگا‌ه‌ها صادر می‌شود. او گفت: «ما هنوز فوتبال را معنی نکرده‌ایم،‌ فوتبال ورزشی است که برای لذت بردن و شادی‌ کردن مردم است. این را هنوز درک نکرده‌ایم. برعکس همه جای دنیا فوتبال را به‌عنوان ابزاری می‌بینیم که به وسیله آن به جان هم بیفتیم و معترض باشیم. این بیانیه‌ها را باید از طریق مدیریت فوتبال قطع کنیم. ما کمیته اخلاق و انضباطی داریم، باید بخشنامه کنند که هر کسی می‌خواهد بیانیه دهد با او برخورد شود. به نظرم بعضی باشگاه‌ها می‌خواهند با دادن بیانیه منفعتی پیدا کنند. این بیانیه‌ها بین طرفداران نیز جو مسمومی ایجاد می‌کند. اینها گاهی منظور دارند و از این بیانیه‌ها سوءاستفاده می‌شود.»