مطابق ماده مذکور، مقرر بود با کاهش بهای تمام شده خدمات حمل بار ریلی، موجبات تشویق صاحبان کالا (به ویژه بخش‌های معدن، فولاد، پتروشیمی و کشاورزی) به استفاده از خدمات این حوزه و افزایش حاشیه سود اقتصادی برای فعالان بخش ریلی فراهم آید. اما متاسفانه بنا بر بخشنامه اردیبهشت ماه سال ۱۴۰۰ سازمان امور مالیاتی، مبالغی که سرمایه‌گذاران و ارائه‌کنندگان خدمات حمل‌ونقل ریلی بار بابت مالیات ارزش افزوده هنگام خرید کالا و نهاده‌های منتج به حمل بار ریلی پرداخت کرده‌اند، قابل استرداد نیست.

از ابتدای اجرای قانون برنامه ششم توسعه، عمده شرکت‌های حمل‌ونقل ریلی با امید به بهبود شرایط این حوزه و توسعه خدمات خود، سرمایه‌گذاری هنگفتی در خرید ناوگان شامل؛ بیش از ۸۶۰۰ دستگاه انواع واگن باری، لکوموتیو باری، انواع ماشین‌آلات تخلیه و بارگیری و... انجام داده‌اند. به همین دلیل و بر مبنای معافیت مذکور، مبالغ قابل‌توجهی را به عنوان اعتبار مالیاتی از سازمان امور مالیاتی بستانکار شده‌اند که به دلیل تفسیرشان از قانون معافیت حمل ریلی، بنا شده مبلغی بابت ارزش افزوده دریافت نکنند و به‌رغم درخواست‌هایی که تاکنون بابت استرداد به سازمان امور مالیاتی ارائه داشته‌اند، طبق گفته مسوولان سازمان مذکور امکان استرداد این مبالغ میسر نیست. این در شرایطی است که در ۵ سال گذشته بیش از ۱۱‌هزار میلیارد تومان هزینه، صرفا بابت خرید ناوگان نو از سوی شرکت‌های حمل‌ونقل ریلی پرداخت شده که معادل کل ۲۰ سال گذشته بوده است و با اعمال این تفسیر، زیان قابل ملاحظه‌ای در صورت‌های مالی این شرکت‌ها به ثبت خواهد رسید و این به منزله ورشکستگی تقریبی کلیت بخش حمل بار ریلی کشور است. جای تأسف است در سالی که با درایت مقام معظم رهبری به شعار«‌مهار تورم و رشد تولید‌» مزین شده است، نه‌تنها از سرمایه‌گذاری در بخش حمل‌ونقل ریلی، که از راهبرد‌های اصلی نظام در اسناد بالا‌دستی نیز پشتیبانی و مانع‌زدایی نشده، بلکه مانع تازه‌ای نیز بر سر راه توسعه این بخش زیر‌بنایی اقتصاد کشور ایجاد شده است. این در حالی است که هدف قانون‌گذار از وضع این قانون، افزایش جذابیت سرمایه‌گذاری در این صنعت است که بر اساس این تفسیر و به دلیل افزایش ۹ درصدی بهای تمام شده خدمات حمل بار ریلی بدون ما به ازای درآمد در یک دوران چند ساله، به ضد توسعه بخش ریلی بدل شده است.

از طرف دیگر؛ با عنایت به تصویب قانون دائمی مالیات ارزش افزوده در تیر سال ۱۴۰۰ به بند «۱۳» ردیف «ب» ماده ۹ قانون مذکور، خدمات حمل‌ونقل، اعم از بار و مسافر، درون شهری و برون شهری و بین‌المللی، جاده‌ای و ریلی از پرداخت مالیات ارزش افزوده معاف شده‌اند. سوابق موجود حاکی از آن است که از ابتدا و در طول برنامه ششم توسعه، شرکت راه‌آهن با تفسیر موسع عنوان خدمات از پرداخت مالیات ارزش افزوده قراردادهای اجاره لکوموتیو‌های بخش خصوصی خودداری کرده است. در این راستا به‌رغم مکاتبات متعدد شرکت‌های بخش خصوصی و پاسخ رئیس محترم سازمان امور مالیاتی و تاکید بر شمول معافیت صرفا بر روی خدمات حمل‌ونقل، پس از طرح تقاضای راه‌آهن و تایید اکثریت اعضای محترم شورای مالیاتی در شهریورماه سال گذشته، راه‌آهن با محاسبه و پذیرش ضمنی احتساب مالیات ارزش افزوده برای اجاره لکوموتیو از بخش خصوصی از ابتدای سال ۱۴۰۲ موافقت کرد تا بتواند زمینه را برای اخذ و سپس پرداخت مالیات مورد نظر آماده کند. از طرفی دیگر؛ با توجه به اقدامات سازمان امور مالیاتی در اخذ مالیات ارزش افزوده از شرکت‌های مالک لکوموتیو از ابتدای‌سال۱۳۹۶( از زمان اعمال قانون احکام برنامه ششم توسعه)، وفق بند (ب) ماده ۵۲، شرکت راه‌آهن اقدام به صدور صورت‌حساب برای وصول هزینه فوق از شرکت‌های حمل‌ونقل بار و مالکان واگن‌های باری کرده است که این امر با توجه به غیر‌قابل وصول بودن این هزینه از صاحبان کالاهای حمل شده در دوران ۶ سال گذشته (‌به دلیل اتمام قراردادهای سال‌های گذشته)، موجب وارد آمدن خسارات هنگفتی به این شرکت‌ها می‌شود و این شرکت‌ها نیز فعلا زیر بار پرداخت چنین هزینه‌ای نرفته‌اند.

از آنجا که سرمایه‌گذاری در بخش ریلی متضمن صرف هزینه‌های هنگفتی است و عملا دولت توانایی اجرای این‌گونه سرمایه‌گذاری‌ها را به دلیل محدودیت‌های بودجه‌ای ندارد و از طرفی سود‌آوری این بخش برای سرمایه‌گذاری از عوامل مهم تشویق بخش غیردولتی تلقی می‌شود و با عنایت به اینکه عمده هزینه‌های سرمایه‌گذاری در صنعت حمل‌ونقل ریلی ناشی از تامین ناوگان (شامل واگن و لکوموتیو) است و خرید یا تهیه این تجهیزات اعم از داخلی یا وارداتی، مشمول ۸‌درصد مالیات ارزش افزوده (علاوه بر حقوق و عوارض گمرکی) می‌شود و به دلایل فوق چون ارائه خدمات حمل‌ونقل ریلی مشمول معافیت مالیات و عوارض ارزش افزوده است، فلذا بهای تمام شده خدمات مذکور برای ارائه دهندگان این گونه خدمات (شرکت‌های حمل‌ونقل ریلی موضوع قانون دسترسی آزاد به شبکه حمل‌ونقل ریلی کشور) افزایش یافته و عملا موجب کاهش سوددهی سرمایه‌گذاری در این بخش و راندن صاحبان سرمایه از موضوع سرمایه‌گذاری توسعه ناوگان ریلی می‌شود.

با توجه به دلایل ذکر شده و به منظور تشویق و توسعه سرمایه‌گذاری بخش غیردولتی در صنعت حمل‌ونقل ریلی و افزایش کارآیی و صرفه‌جویی در انرژی و کاهش خطرات انسانی و افزایش ایمنی حمل‌ونقل، پیشنهاد‌های زیر برای درج در قانون برنامه هفتم توسعه اقتصادی، اجتماعی، فرهنگی جمهوری اسلامی ایران یا به عنوان لایحه یا طرح جداگانه تهیه و به مسوولان مرتبط تسلیم شده است.

پیشنهاد اول : معافیت خدمات حمل‌ونقل ریلی از مالیات و عوارض ارزش افزوده موضوع بند «۱۳» جزء «ب» ماده ۹ قانون مالیات ارزش افزوده، مصوب ۲/ ۳/ ۱۴۰۰ (قانون دائمی) مانند حمل‌ونقل هوایی حذف شود.

پیشنهاد دوم: در حکم تبصره «۴» ماده۸ قانون مالیات ارزش افزوده، مصوب ۲/ ۳/ ۱۴۰۰ (قانون دائمی) مالیات و عوارض تامین، تهیه و خرید تجهیزات ناوگان حمل ونقل ریلی به وسیله شرکت‌های حمل‌ونقل ریلی (اعم از واگن، لکوموتیو و سایر تجهیزات مورد استفاده) اضافه شود.

پیشنهاد سوم: حکم موضوع بند «الف» ماده۵۲ قانون برنامه ششم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران در لایحه برنامه هفتم تنفیذ شود.