این چالش‌ها شامل «شفاف ساختن سامانه‌ها و پایگاه‌های بخش معدن»، «نحوه جمع‌آوری اطلاعات فعالیت‌های معدنکاری»، «تخصیص حقوق دولتی»، «نحوه محاسبه حقوق دولتی در شرایط فرآوری ماده معدنی»، «تعیین قیمت پایه ماده معدنی» و «لزوم تقویت سازمان نظام‌مهندسی از بعد فنی و تخصصی» است.

افزون بر این، «تقویت سیستم‌های نظارت بر فعالیت معادن» و «ضعف اکتشافات و نبود استانداردهای ملی برای اکتشافات عمومی و تفصیلی»، از دیگر سرفصل‌های موارد بررسی‌شده در گزارش مذکور است. در گزارش مذکور، متناسب با چالش‌های یاد شده، پیشنهادهایی ارائه شده است. از جمله این پیشنهادها، «برنامه‌ای جامع با مدت زمانی محدود برای رفع نقاط ضعف و تکمیل و تجمیع سامانه‌ها» و «بهره‌برداری از طریق روش‌های نوین نظیر نقشه‌های سه‌بعدی و به صورت برون‌سپاری یا روش توزین متحرک با هدف آمار دقیق بهره‌برداری» است. همچنین، «تدوین آیین‌نامه‌ای بــرای تعییــن درصــد حقــوق دولتی معادن (براساس مولفه‌هایی نظیر نوع معدن، موقعیت مکانــی، حجم تولید و زیرساخت‌ها) یا بر مبنای قیمت‌های اعلام شده از سوی دولت، قیمت‌های صادراتی، بازار آزاد یا کشف شده در بورس کالا» و «دریافت حقوق دولتی معادن در حساب‌های اختصاصی برای اطمینان از هزینه‌کرد آنها»، بخش دیگری از این پیشنهادهاست.

گزارش مجموعه چالش‌ها و پیشنهاد‌های کلان بخش معدن، پیشنهادهای دیگری شامل «در نظر گرفتن مشوق‌هایی نظیر تخفیف در حقوق دولتی برای افزایش انگیزه فرآوری و توسعه زنجیره ارزش در معادن کوچک‌مقیاس»، «تقویت سازمان نظام مهندسی با هدف به کارگیری توان آنها برای مشاوره، نظارت و راستی‌آزمایی فعالیت‌های معدنی» ارائه داده است. علاوه براین، «تدوین استانداردهای ملی برای مراحل مختلف عملیات اکتشاف توسط سازمان نظام مهندسی معدنی و مشارکت نهادهای مربوطه و نیز تدوین یــک برنامــه انگیزشــی بــرای مشــارکت بیشتر بخش‌خصوصی در بخش اکتشافات به ویژه اکتشافات عمیق» و نیز «بازدید اتفاقی کارشناسان وزارت صمت و سازمان نظام مهندسی معدن از معادن، نصب باسکول هوشمند در مناطــق معدنی برای کنترل میزان خروج مواد معدنی، ایجاد ارتبــاط بــا سازمان امور مالیاتی برای راستی‌آزمایی خوداظهاری میزان استخراج معادن و استفاده از فناوری‌هایی جدید نقشه‌برداری و تصویربرداری هوایی و ماهواره‌ای»، از دیگر پیشنهادهای مطرح شده است.