براساس این طرح مقرر شده یارانه دارو به‌صورت مستقیم و از طریق پرداخت به سازمان‌های بیمه‌گر و ازجمله سازمان تامین‌ اجتماعی اختصاص یابد؛ به همین دلیل یارانه داروهای خارج از پوشش بیمه‌ای نیز توسط سازمان برنامه و بودجه و با همکاری سازمان تامین‌ اجتماعی پرداخت می‌شود. اسلامی بر آمادگی کامل و همراهی سازمان تامین‌ اجتماعی در اجرای طرح دارویار تاکید کرد و گفت: از نظر تامین زیرساخت‌ها و بستر فناوری هیچ مشکلی وجود ندارد و تنها موضوعی که در طرح دارویار باید همواره مورد توجه قرار گیرد، تامین منابع پایدار برای این طرح توسط سازمان برنامه و بودجه است که امیدواریم با تامین اعتبار لازم، شاهد اجرای موفق این طرح باشیم. اسلامی با اشاره به اینکه بخش عمده مطالبات داروخانه‌ها تسویه شده و تنها بخشی از مطالبات مربوط به نسخ کاغذی که تبدیل به نسخه الکترونیک نشده و باید در مسیر مشخص قانونی بررسی و تایید شود، باقی مانده است، افزود: درباره مطالبات مراکز دانشگاهی نیز با همکاری وزارت بهداشت و سازمان برنامه‌و‌بودجه در مسیر مشخصی در حال کار هستیم و امیدواریم به‌زودی این مطالبات نیز پرداخت ‌شود.

مطالبات حدود ۱۳هزار مرکز پاراکلینیک طرف قرارداد سازمان تامین‌ اجتماعی نیز مطابق روال مشخص خود در حال پرداخت است. معاون درمان سازمان تامین‌ اجتماعی همچنین گفت: اجرای طرح دارویار در سازمان تامین‌ اجتماعی در مرحله اول ماهانه حدود هزار میلیارد تومان و سالانه ۱۲هزار میلیارد تومان هزینه خواهد داشت. در صورت وارد شدن داروهای خارجی و سایر داروهای باقیمانده و مدنظر سازمان غذا و دارو به این طرح، پیش‌بینی می‌شود سالانه حدود ۱۰هزار میلیارد تومان دیگر به این هزینه‌ها اضافه شود و در مجموع برای اجرای این طرح بیش از ۲۰هزار میلیارد تومان منابع نیاز خواهیم داشت که باید توسط سازمان برنامه‌وبودجه تامین شود. اسلامی تصریح کرد: کل بودجه بخش درمان غیرمستقیم سازمان تامین‌ اجتماعی در حال حاضر حدود ۳۰هزار میلیارد تومان است و این سازمان در طرح دارویار تنها نقش همکاری و تسهیل‌گری دارد. تامین هزینه این طرح به طور کامل برعهده سازمان برنامه‌و‌بودجه کشور است.