وزارت امور اقتصادی و دارایی در اجرای تکلیف مقرر در ماده قانونی مذکور مبنی بر تهیه و تصویب آیین‌نامه اجرایی این ماده در خصوص مناطق آزاد تجاری- صنعتی و مناطق ویژه اقتصادی ظرف سه ماه پس از ابلاغ قانون یاد شده، پیش‌نویس آیین‌نامه اجرایی مربوطه را جهت سیر مراحل بررسی و تصویب، به دولت ارائه کرده است. به موجب پیش‌نویس آیین‌نامه اجرایی فوق، اشخاص مشمول این آیین‌نامه مکلفند پس از راه‌اندازی سامانه  مودیان، به ترتیبی که سازمان امور مالیاتی کشور اعلام می‌کند، نسبت به ثبت‌نام و عضویت در سامانه مزبور اقدام کرده و معاملات خود را از طریق سامانه ثبت کنند.

عدم‌عضویت اشخاص مشمول در سامانه  مودیان، جریمه‌ای معادل ۱۰‌درصد مجموع مبلغ فروش انجام شده از آن طریق یا ۲۰‌میلیون ریال، هریک که بیشتر باشد و محرومیت از اعمال معافیت‌های مالیاتی، نرخ صفر و مشوق‌های موضوع قانون مالیات‌های مستقیم در همان سال مالی را برای آنها به همراه خواهد داشت. همچنین عدم‌ثبت معاملات توسط اشخاص مشمول پس از راه‌اندازی سامانه  مودیان، مشمول جریمه‌ای معادل ۹‌درصد ارزش معاملات ثبت نشده (اعم از کالاها و خدمات معاف یا مشمول) در سامانه مذکور است. پیشنهاد فوق هم‌اکنون در کمیسیون اقتصاد دولت مراحل بررسی و تصمیم‌گیری را سپری می‌کند.