شجونی از روحانیون مبارز و انقلابی بود که در کتاب‌ خاطرات مبارزان انقلابی، نام از خود به جای گذاشته است. از گروه‌های مبارز انقلابی همچون فدائیان اسلام گرفته تا حزب‌ موتلفه اسلامی.

امام خامنه‌ای در پیام تسلیت درگذشت مرحوم شیخ جعفر شجونی تصریح کرده بودند: جناب حجة‌الاسلام آقای حاج شیخ جعفر شجونی از مبارزان دیرین با رژیم طاغوت و از وفاداران به امام و انقلاب و نظام مقدس جمهوری اسلامی در سراسر عمر تبلیغی خود بود. منبرهای روشنگر و بیان صریح و شیرین او خاطره‌های ماندگاری در ذهن و دل آشنایان این روحانی شجاع بر جای گذاشته است.

شیخ جعفر شجونی که بارها در مبارزات انتخاباتی به زندان رفته بود می‌گفت، مبارزه و حضور در زندان به دلیل مبارزه با رژیم شاه را از افتخارات خود می‌دانست و همواره از اینکه به دلیل حمایت از امام خمینی(ره) و مبارزه با رژیم پهلوی در زندان شکنجه می‌شد، افتخار می‌کرد.

او درباره خاطرات خود از دوران مبارزه، می‌گوید: در سال ۱۳۵۲ چند وقتی بود که از طرف رژیم شاه به خاطر سخنرانی‌ها و مطالبی که در منبرهایم طرح می‌کردم ممنوع‌المنبر شده بودم. روزی آقایی از من برای سخنرانی در مسجد حجت واقع در خیابان اتابک خیابان خاوران، روبروی پارک فدائیان اسلام (مسکرآباد سابق) دعوت کرد. با خودم گفتم اینجا کسی من را نمی‌شناسد، دعوت آن‌ها را قبول می‌کنم. سر وقت در مسجد حجت حضور یافته و بالای منبر رفتم. حدود نیم ساعت صحبت کرده بودم که ناگهان سر و کلّه مأمورین شهربانی پیدا شد، فهمیدم که برای دستگیری من آمده‌اند و به ناچار سخنرانی را نیمه تمام گذاشته و از منبر پایین آمدم. مرا دستگیر کرده و به پاسگاه هاشم آباد بردند و تا پاسی از شب در آنجا بودم. سپس یک عینک لاستیکی به چشمم زدند و دیگر جایی را نمی‌دیدم و مرا به کمیته مشترک ضد خرابکاری رژیم شاه واقع در میدان توپخانه بردند.

وی همچنین در  بخشی از خاطرات خود درباره مبارزات سیاسی خود گفته بود: سال ۱۳۳۴ اولین زندان ما بود با شهید نواب صفوی و اولین عکس متعلق به ۵۹ سال قبل است و عکس دیگر نیز مربوط به سال ۱۳۵۲ در کمیته مشترک است.من ۲۵ بار زندان بودم اما مدت آن کم و زیاد بود...در سال ۱۳۵۲ چند وقتی بود که از طرف رژیم شاه به خاطر سخنرانی‌ها و مطالبی که در منبرهایم طرح می‌کردم ممنوع‌المنبر شده بودم. روزی آقایی از من برای سخنرانی در مسجد حجت واقع در خیابان اتابک خیابان خاوران، روبروی پارک فدائیان اسلام (مسکرآباد سابق) دعوت کرد. با خودم گفتم اینجا کسی من را نمی‌شناسد، دعوت آن‌ها را قبول می‌کنم. سر وقت در مسجد حجت حضور یافته و بالای منبر رفتم. حدود نیم ساعت صحبت کرده بودم که ناگهان سر و کلّه مأمورین شهربانی پیدا شد، فهمیدم که برای دستگیری من آمده‌اند و به ناچار سخنرانی را نیمه تمام گذاشته و از منبر پایین آمدم. مرا دستگیر کرده و به پاسگاه هاشم آباد بردند و تا پاسی از شب در آنجا بودم. سپس یک عینک لاستیکی به چشمم زدند و دیگر جایی را نمی‌دیدم و مرا به کمیته مشترک ضد خرابکاری رژیم شاه واقع در میدان توپخانه بردند...»

حجت‌الاسلام شجونی همچین از خاطرات خود در آن روز اینگونه روایت می‌کند: «رئیس ساواک بازار، آشکارا می‌گفت شجونی روزی بدنه بازار را با سخنرانی به آتش می‌کشد. بنده آن زمان روزی ۱۰ تا ۱۲ بار سخنرانی داشتم ساعت ۱۲ شب ۱۵ خرداد همسر سید غلامحسین شیرازی به من زنگ زد که همسرم را دستگیر کردند و مأموران ساواک در هنگام دستگیری به شما فحاشی می‌کردند. تا لباس‌هایم را گم و گور کنم صدای زنگ خانه من به صدا درآمد تا مأموران موفق شوند در خانه مرا بشکنند من از دیوار همسایه پریدم و فرار کردم. البته تیمسار ساواک به همسرم گفت: "محمدتقی فلسفی، حاج اشرف کاشانی، شمس گیلانی را دستگیر کردیم به شوهرت بگو بیاید و خودش را معرفی کند به ما خوش می‌گذرد." چند وقتی که از قم فرار کردم در باغ‌های کرمانشاه پنهان بودم تا اینکه دوستانی را که دستگیر کردند بعد از سه ماه آزاد کردند. بعد از آنکه به ملاقات دوستان آزادشده‌ام رفتم مرا دستگیر کردند و بعد از یک روز، آزادم کردند.»

مرحوم شجونی که سابقه یک دوره نمایندگی مجلس را نیز داشت درباره محور مواضع و اظهارات سیاسی خود گفته که " برای بنده تنها خط ولایت و نظر ولی‌فقیه ارجح است و بر همین اساس نیز عمل می‌کنم و معتقدم اگر بر اساس نظر ولی‌فقیه عمل کنیم خداوند اعمال سیاسی ما را به عنوان عبادت قبول خواهد کرد". فعالان سیاسی، شیخ جعفر شجونی را به مواضع صریح می‌شناختند.

شیخ جعفر شجونی در ۱۶ آبان ماه ۹۶ جان به جان آفرین تسلیم کرد.

بخش سایت‌خوان، صرفا بازتاب‌دهنده اخبار رسانه‌های رسمی کشور است.