شاناهان تاکید کرد: تمامی اقدامات اتخاذ شده درخصوص جنگنده‌های اف‌۳۵ بر مبنای خطرات حضور سامانه‌های دفاع موشکی اس‌۴۰۰ بوده و هیچ ارتباطی به تحریم‌های آمریکا علیه روسیه ندارند. با این حال وی همچنین هشدار داد که دموکرات‌ها و جمهوری‌خواهان در کنگره از درخواست‌ها برای اعمال تحریم‌های ثانویه بر ترکیه به‌خاطر خرید سامانه‌های دفاع موشکی اس‌۴۰۰ بر مبنای قانون مبارزه با دشمنان آمریکا از طریق تحریم‌ها حمایت می‌کنند. رئیس پنتاگون به همتای ترکیه‌ای خود هشدار داد: خرید سامانه‌های دفاع موشکی اس‌۴۰۰ به توانایی ترکیه برای تقویت و حفظ همکاری با آمریکا و ناتو خدشه وارد خواهد کرد و منجر به وابستگی بیش از حد اقتصادی و استراتژیک ترکیه به روسیه می‌شود. در دسامبر سال ۲۰۱۷ میلادی مسکو و آنکارا توافقی را برای فروش سامانه‌های دفاع موشکی اس‌۴۰۰ به ترکیه امضا کردند. انتظار می‌رود نخستین محموله از این سامانه‌های دفاع موشکی در ماه ژوئن به‌دست آنکارا برسد. مقامات ترکیه در واکنش به تهدیدات آمریکا برای اعمال تحریم علیه آنکارا اعلام کردند که خرید تجهیزات نظامی یک حق مسلم و بی‌چون و چرا است و هرگونه احتمال برای دست کشیدن از برنامه خرید سامانه‌های اس‌۴۰۰ را رد کرده‌اند.

براساس گزارش‌ها، واشنگتن به آنکارا این فرصت را داده یا توافق خرید اس‌۴۰۰ با روسیه را تا پایان هفته نخست ماه ژوئن رها کند یا با مجازات‌هایی روبه‌رو می‌شود که شامل تحریم، حذف شدن از برنامه جنگنده‌های اف‌۳۵ لاکهید مارتین و لغو ارسال ۱۰۰ جنگنده اف‌۳۵ است.

ترکیه یکی از شرکای اصلی برنامه اف ۳۵ است و خرید تعداد ۱۰۰ جنگنده اف ۳۵ به مقدار ۹ میلیارد دلار برای این شرکت آمریکایی آورده خواهد داشت. پنتاگون می‌گوید که ترکیه برخی از ۹۳۷ قطعه این جنگنده را خود تولید می‌کند. آمریکا برای سال بعد قصد دارد تا تولید این قطعات را در ترکیه به نقطه‌ای دیگر منتقل کند. پنتاگون اما اعتقاد دارد که اگر ترکیه به برنامه زمانی آمریکا پایبند بماند و از خیر موشک‌های اس۴۰۰ بگذرد، تولید این قطعات در ترکیه به صرفه‌تر خواهد بود. کارشناسان می‌گویند اگر ترکیه از برنامه اف۳۵ کنار گذاشته شود، تاثیر بسیار بدی را روی نیروی هوایی‌اش شاهد خواهد بود. این می‌تواند به یکی از بزرگ‌ترین شکاف‌های موجود میان دو کشور عضو ناتو تلقی شود. ترکیه و آمریکا از پیش بر سر برخی مسائل همچون تحریم ایران، سوریه و دستگیری یکی از کارکنان سفارت آمریکا، دچار اختلاف شده‌اند و حالا عدم فروش اف ۳۵ می‌تواند آن را تعمیق کند. در این شرایط هم به‌نظر می‌رسد که ترکیه همچنان فرآیند خرید سیستم دفاع موشکی اس۴۰۰ را دنبال می‌کند. روز بیست و دوم ماه مه، خلوصی آکار تاکید کرد که نیروهای ارتش ترکیه در روسیه به سر می‌برند تا نحوه استفاده از سیستم موشکی اس۴۰۰ را فرا بگیرند.  ترکیه بر این باور است که خرید اس۴۰۰ برایش سود بیشتری دارد. اردوغان گفته است که آمریکا پیشنهادی بهتر از خرید اس۴۰۰ را به ترکیه‌ای‌ها نداده است. الجزیره هم به نقل از مقام‌های روسی گزارش داده است که فرآیند تحویل موشک‌های اس۴۰۰ به ترکیه روی روال است و مانعی برای آن وجود ندارد.