حزب اتحادیه سوسیال مسیحی فقط در باواریا وجود دارد و خواهرخوانده حزب مرکل، یعنی حزب دموکرات مسیحی‌ها به حساب می‌آید. ‌به‌عکس حزب زیهوفر، حزب دموکرات مسیحی‌ها یک حزب سراسری در آلمان است. برخی می‌گویند کناره‌گیری زیهوفر باعث تقویت ارتباط مرکل با سوسیالیست‌ها می‌شود. درحال‌حاضر ائتلاف مرکل به‌دلیل اختلافات بر سر مهاجرت دچار چالش شده است. این خبر درحالی منتشر می‌شود که زیهوفر چند روز گذشته اخبار منتشر شده مبنی بر هرگونه استعفا از ریاست حزب سوسیال مسیحی آلمان را رد کرده بود. به نظر می‌رسد این حزب درنشستی ویژه در ماه ژانویه رهبر جدید خود را انتخاب کند. زیهوفر در سال ۲۰۱۷ از سمتش به‌عنوان رئیس ایالت باواریا استعفا کرده بود اما به‌عنوان رئیس حزب اتحادیه سوسیال مسیحی باقی ماند و توانست با اجماع کامل در کابینه آنگلا مرکل ریاست وزارت کشور را به‌دست آورد.

در انتخابات ایالتی باواریا که چندی پیش برگزار شد، حمایت از این حزب ۱۰ درصد کاهش یافت و آنها اکثریت را در پارلمان ایالتی از دست دادند. پس از نتایج ضعیف اتحادیه سوسیال مسیحی در انتخابات ایالتی باواریا بسیاری منتظر استعفای زیهوفر از ریاست این  حزب بودند. چرا که بر این باورند مواضع زیهوفر درباره مهاجرت و پناهجویی باعث کاهش محبوبیت حزب در انتخابات شده است. حزب اتحادیه سوسیال مسیحی برای بیش از ۶۰ سال تقریبا تنها حزب حاکم در باواریا بود اما اختلاف در افکار عمومی پیرامون مسائلی مانند مهاجرت باعث شد بخشی از حامیان خود را از دست بدهد. با این حال زیهوفر گفته است همچنان وزیر کشور خواهد بود و به وظایفش رسیدگی خواهد کرد. او تاکید کرده است که استعفای او از ریاست حزب هیچ خللی در کارش به‌وجود نخواهد آورد. پیش‌تر چند نفر از اعضای برجسته حزب هم خواستار کناره‌گیری زیهوفر از ریاست این حزب شده بودند. به‌رغم اینکه حزب او یک حزب محافظه‌کار است اما اخیرا چند اقدام بی‌پروا کرده بود. در ماه ژوئن زیهوفر به مرکل گفته بود که پناهجویان را به مرز باواریا و اتریش برخواهد گرداند.

این سخنان زیهوفر با مخالفت مرکل روبه‌رو شد و کشور آلمان را در آستانه یک بحران سیاسی قرار داد. هر چند، این دو با یکدیگر توافق کردند اما تبعات این درگیری تا انتخابات پارلمانی در دو ایالت هسه و باواریا ادامه پیدا کرد و محافظه‌کاران در هر دو ایالت شکست سختی خوردند. سخنان زیهوفر مدام منجر به کاهش محبوبیت دولت ائتلافی می‌شد. او در یک کنفرانس خبری که همزمان با تولد ۶۹ سالگی‌اش شده بود، به شوخی گفت به میمنت این روز قصد دارد که ۶۹ افغان را به افغانستان بازگرداند. اما این شوخی به یک تراژدی تبدیل شد چراکه یکی از افغان‌ها با شنیدن این سخنان خود را به دار آویخت.  زیهوفر همچنین متهم شده که در برابر اقدامات راست افراطی‌ها در حمله به مهاجران بسیار نرم برخورد می‌کند. به‌ویژه اینکه او از اخراج هانس جورج ماسن، رئیس اداره اطلاعات محلی که متهم به برخورد نرم با راست‌افراطی‌ها بود، سر باز می‌زد و این شائبه را به‌وجود آورده بود که او با سکوت خود در برابر این‌گونه رفتارها با راست افراطی‌ها همراهی و همدلی دارد. زیهوفر در نهایت مجبور شد که ماسن را پس از انتشار یک ویدئو که در آن وی دولت را یک مشت چپ رادیکال خوانده بود، اخراج کند.

رالف استیگنر، یکی از رهبران پارلمانی سوسیال دموکرات‌ها که جزو دولت ائتلافی به حساب می‌آید، گفت: نمی‌توان منکر این قضیه شد که او برای دولت ائتلافی یک دردسر بزرگ بود. این درسرها در نهایت موجب شد تا دولت ائتلافی در شکننده‌ترین حالت خود قرار گیرد. دولتی که پس از چند ماه معطلی شکل گرفته بود حالا با دو شکست پیاپی در انتخابات محلی ضعیف‌‌تر از پیش شده است. تبعات این دو شکست یکی نامزد نشدن آنگلا مرکل برای دور بعد صدراعظمی بوده و دیگری نیز کناره‌گیری زیهوفر (در ماه ژانویه) از سمت خود به‌عنوان رئیس حزب اتحادیه سوسیال مسیحی است.

همچنین با ضعیف‌تر شدن دولت ائتلافی، حزب آلترناتیو برای آلمان که دارای گرایش‌های فاشیستی است توانسته است، پس از انتخابات پارلمانی سراسری، در پارلمان‌های محلی نیز موقعیت خود را بهبود ببخشد. همچنین این احتمال داده شده است که با شکننده‌تر شدن دولت، یک انتخابات زودهنگام در پیش خواهد بود.

منتقدان می‌گویند که با کناره‌گیری زیهوفر از ریاست حزب، وی باید از وزارت کشوری هم استعفا دهد. کاترین گورین اکارت، یکی از رهبران حزب سبز در بوندستاگ (پارلمان آلمان) درخصوص عدم استعفای زیهوفر می‌گوید: هریک روزی که او در این پست باشد، به اندازه چندین سال برای آلمانی‌ها به حساب خواهد آمد. زیهوفر پیش‌تر نیز در برابر کناره‌گیری از ریاست حزب مقاومت به خرج داده بود، اما با شکست غیرقابل باور در ایالت باواریا ناچار به این کار شده است. این حزب تقریبا ۶۰ سال حاکم بلامنازعه این ایالت بود.

حزب سبزها توانستند در انتخابات پارلمانی محلی در باواریا رشد قابل توجهی داشته باشند و تعداد کرسی‌های خود را افزایش دهند. حزب سبزها توانستند در انتخابات باواریا جایگاه دوم را با ۸/ ۱۷درصد به‌دست آورند. هر چند حزب اتحاد سوسیال مسیحی با ۳/ ۳۷ درصد جایگاه اول را به‌دست آورد اما اکثریت خود را در این پارلمان از دست داد. این امر از سال ۱۹۶۲ به این‌سو بی‌سابقه بود. حزب آلترناتیو برای آلمان که یک حزب ضدمهاجرتی و فاشیستی است هم توانست با ۷/ ۱۰ درصد آرا برای اولین بار وارد پارلمان محلی باواریا شود. حزب اتحادیه سوسیال مسیحی از سال ۱۹۴۹ میلادی تاکنون به استثنای یک دوره سه ساله در دهه ۵۰ میلادی، همواره هدایت امور اجرایی در این منطقه را در دست داشت.