محمدباقر قالیباف، رئیس مجلس شورای اسلامی، در تمام این مدت اظهارنظر خاصی در این رابطه نداشته است. تنها در پاسخ به ایراد یکی از نمایندگان مجلس تاکید کرد این آیین‌نامه نیز مانند سایر مصوبات در کمیته تطبیق بررسی شده و اگر با اشکال قانونی داشته باشد اصلاح می‌شود. با این حال اکنون و با گذشت حدود ۴۵ روز از ابلاغ آیین‌نامه واردات خودرو، قالیباف نامه‌ای به ابراهیم رئیسی نوشته و سه ایراد اساسی گرفته است. به نظر می‌رسد با توجه به گذشت این مدت زمان و شروع فرآیندهای قانونی واردات، کمی برای این نامه قالیباف دیر شده است.

ایراد ابتدایی که رئیس مجلس در این نامه به آن اشاره کرده، مربوط به ارزش گمرکی خودروهای وارداتی است. وی در این رابطه نوشته است: «براساس ماده ۱۴ قانون امور گمرکی ـ مصوب ۱۳۹۰ ـ که مقرر می‌دارد: ارزش گمرکی کالای ورودی در همه موارد عبارت است از ارزش بهای خرید کالا در مبدا به‌اضافه هزینه بیمه و حمل‌ونقل (سیف) به‌اضافه سایر هزینه‌هایی که به آن کالا تا ورود به اولین دفتر گمرکی تعلق می‌گیرد، بنابراین تبصره ۲ بند یک مصوبه از این حیث که ارزش گمرکی خودرو را منحصر به هزینه‌های حمل‌ونقل (سیف) دانسته، مغایر قانون است.» بنابراین رئیس مجلس بندی از واردات را که به موضوع تعرفه گمرکی شناور پرداخته مغایر با قانون می‌داند.

وی همچنین در بخش دیگری از این نامه به واگذاری تصمیم‌گیری پیرامون حقوق گمرکی به کارگروهی متشکل از وزارت صمت، وزارت اقتصاد و دارایی و همچنین سازمان برنامه و بودجه پرداخته و آن را نیز در مغایرت با قانون دانسته و نوشته است:‌ «مطابق بند د ماده ۱ قانون امور گمرکی ـ مصوب ۱۳۹۰ ـ سود بازرگانی واردات کالاها بایستی توسط هیات وزیران تعیین شود، لذا بند ۲ مصوبه چون اختیار تعیین سود بازرگانی را به کارگروه موضوع همین بند واگذار کرده است از حیث تغییر مرجع تعیین، مغایر قانون است.»

وی همچنین ایرادی را نیز به تدوین آیین‌نامه اجرایی توسط وزارت صمت وارد کرده و می‌گوید طبق  قانون ساماندهی صنعت خودرو، تدوین آیین‌نامه اجرایی باید توسط کمیسیون‌هایی متشکل از چند وزیر انجام شود. قالیباف همچنین این امر را در مغایرت با قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز نیز می‌داند. وی در این رابطه در نامه خود به رئیس‌جمهور نوشته است: «ماده ۴ قانون ساماندهی صنعت خودرو ـ مصوب ۱۴۰۱ ـ تاکید دارد: «واردات خودرو برابر آیین‌نامه‌ای که توسط وزارت صنعت، معدن و تجارت با رعایت شرایط ... پیشنهاد می‌شود و به تصویب هیات وزیران می‌رسد مجاز است...»، بنابراین، بند ۸ مصوبه که تدوین و ابلاغ دستورالعمل اجرایی این تصویب‌نامه را به‌جای کمیسیون‌های متشکل از چند وزیر، صرفا به وزارت صنعت، معدن و تجارت محول نموده از حیث تغییر مرجع تعیین، مغایر قانون است.

همچنین نظر به تبصره ۲ ماده ۷ قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز ـ مصوب ۱۳۹۲ ـ که مقرر می‌دارد: «دولت حدود و مقررات استفاده از ارز را تعیین می‌کند» بنابراین بند ۸ مصوبه ناظر به تفویض این امر به وزارت صنعت، معدن و تجارت از حیث تغییر مرجع تعیین، مغایر قانون است.»