برخی از مواد این قانون دارای زمان‌بندی‌های متفاوتی برای اجرا ‌هستند. به‌عنوان مثال، برای ایجاد سامانه چک الکترونیکی، قانون‌گذار دو سال مهلت داده‌است اما مواردی هم مانند ثبت کد رهگیری در گواهینامه‌های عدم پرداخت از لحظه ابلاغ قانون، لازم‌الاجرا هستند. با وجود این، برخی از این موارد تاکنون اجرایی نشده‌اند. در همین راستا، معصومه آقاپورعلیشاهی دبیر کمیسیون اقتصادی مجلس شورای اسلامی گفت: به تبع قانون جدید صدور چک، ما فضایی بابت شفافیت حساب‌های بانکی ایجاد کردیم و همچنین تلاش کردیم تا قوانینی را که موجب بوروکراسی‌‌های شدید سیستم بانکی می‌شود به حداقل برسانیم. وی با انتقاد از نحوه اجرای برخی از قوانین مجلس ادامه داد: در خیلی از موارد قوانین خوبی در مجلس تصویب می‌شود اما در تدوین آیین‌نامه‌ها یا اجرا، امتناعاتی رخ می‌دهد. آقاپور در پاسخ به این سوال که چرا با گذشت بیش از دوماه از تاریخ ابلاغ قانون جدید چک، هنوز کد رهگیری در گواهینامه‌های عدم پرداخت ثبت نمی‌شود، اظهار کرد: به دلیل شرایط بحرانی کشور، توان بانک مرکزی در ماه‌های اخیر بر کنترل ارز متمرکز شده‌ است اما ما به بانک مرکزی یادآوری خواهیم کرد که تا پیش از پایان امسال، اجرای این قانون را سرعت ببخشد. دبیر کمیسیون اقتصادی مجلس ادامه داد: متاسفانه هنوز سیستم متمرکز حساب‌های دولتی و بانک مرکزی به‌صورت کامل انجام نشده و این کار، نیازمند آمایش اطلاعاتی است. وی درباره مشکل اصلی تاخیر در اجرای قانون جدید چک گفت: اگرچه در این زمینه همه در حال تلاش هستند اما زیرساخت اصلی را باید بانک مرکزی فراهم کند.