این موضوع انتقاد برخی از فعالان این حوزه را برانگیخته است. این انتقاد چندان از نظر کارشناسان، دقیق نیست و به گفته آنها درخواست مجدد ایجاد انحصار در مجوزدهی برای داروخانه‌ها تنها به ایجاد رانت منتج می‌شود. رئیس انجمن داروسازان ایران در نامه‌ای به وزیر بهداشت، از ابلاغ آیین‌نامه جدید داروخانه‌ها و ضوابط تاسیس داروخانه بدون در نظر گرفتن حدنصاب‌های جمعیتی و فاصله‌ای انتقاد کرده است. این در حالی است که کارشناسان معتقدند چنین محدودیت‌هایی در صدور مجوز داروخانه رانت ایجاد می‌کند. آثار انحصار در مجوزدهی را می‌توان در گزارش اخیر مرکز پژوهش‌های مجلس دید که از خریدوفروش مجوز در بازار سیاه حکایت دارد. در این گزارش اعلام شده است که مجوز داروخانه در بازار سیاه با قیمت ۵/ ۳ تا ۱۰میلیارد تومان خریدوفروش می‌شود. انحصار در مجوزدهی، انرژی فعالان اقتصادی را به جای خلق ثروت به سمت کسب‌وکار سیاه منحرف کرده، به‌گونه‌ای که مجبورند مجوز مورد نیاز خود را از کسانی که قبلا مجوز گرفته‌اند یا می‌توانند مجوز بگیرند، خریداری کنند. به گزارش «ایسنا» در متن نامه محمدباقر ضیاء، رئیس انجمن داروسازان ایران درباره ابلاغ آیین‌نامه جدید تاسیس، ارائه خدمات و اداره داروخانه‌ها، خطاب به وزیر بهداشت آمده است: «ابلاغ آیین‌نامه جدید تاسیس، ارائه خدمات و اداره داروخانه‌ها که در تاریخ ۸/ ۳/ ۱۴۰۰ به امضای جنابعالی رسید، ناگوارترین اتفاقی بود که می‌توانست در ماه‌های پایانی این دولت رخ دهد.با ابلاغ آیین‌نامه موصوف که در آن عملا حدنصاب‌های جمعیتی و فاصله‌ای برای تاسیس داروخانه‌ها حذف شده و متقاضیان در هر زمان (با فراهم‌کردن چند شاخص ساختمانی در داروخانه) قادر به تاسیس در هر مکانی حتی دیوار به دیوار با داروخانه دائر هستند، تمام دفاعیات انجام‌شده در این چند سال با توجیه رعایت سطح‌بندی خدمات سلامت و دسترسی عادلانه مردم به دارو و خدمات دارویی به باد رفته است. در طول ۱۸ماه اخیر که روی متن نهایی آیین‌نامه داروخانه‌ها در سازمان غذاودارو کار می‌شد، ذی‌نفعان و نمایندگان رسمی صنف (انجمن داروسازان و سازمان نظام پزشکی) حتی به یکی از این جلسات برای نظر خواهی دعوت نشدند. استحضار دارید که نظرخواهی از ذی‌نفعان برای تدوین هر ضابطه و آیین‌نامه‌ای یک الزام قانونی است تا آن آیین‌نامه از ضمانت اجرایی کافی در جامعه برخوردار باشد. متاسفانه آیین‌نامه جدید داروخانه‌ها که در آن پارامتر‌های اقتصادی تاسیس داروخانه (مغازه بزرگ‌تر، انبار، پارکینگ و...) با قریب به ۲۰۰۰امتیاز عامل اصلی تعیین‌کننده برای تاسیس داروخانه در هر مکانی هستند، هموار‌کننده مسیر سرمایه‌داران برای تاسیس داروخانه‌های زنجیره‌ای و نابود‌کننده داروخانه‌های خصوصی مستقل در کشور است. با توجه به اینکه قاطبه داروسازان کشور با اجرای آیین‌نامه مورد اشاره مخالف هستند و آن را به نفع داروخانه‌های خصوصی حال و آینده نمی‌دانند، از جنابعالی تقاضا داریم دستور فرمایید اجرای این آیین‌نامه متوقف شود تا با تشکیل کمیته‌های تخصصی متشکل از کلیه ذی‌نفعان، آیین‌نامه‌ای جامع که دربردارنده منافع اکثریت داروسازان و مطابق با مصالح جامعه و به‌ویژه بیماران باشد، تدوین شود.»