لیکن در خصوص طرح پیشنهادی مجلس در خصوص مالیات بر عایدی سرمایه ابهامات و اشکالاتی به شرح ذیل وجود دارد؛ اولا اشخاص حقیقی مالیات دارایی‌های خود را بعضا از طریق مالیات بر اجاره املاک (موضوع ماده ۵۳ قانون مالیات‌های مستقیم)، مالیات بر عملکرد اشخاص حقیقی نظیر مشاغلی که مالک محل اشتغال خود هستند (موضوع ماده ۱۳۱ قانون مذکور) و ... قبلا پرداخت کرده‌اند و همچنین در طرح پیشنهادی نیز در حالت فروش دارایی به زیان، اعتبار مالیاتی برای اشخاص حقیقی لحاظ نشده ‌است. لذا مباحثی از این قبیل باعث اخذ مالیات مضاعف از مردم می‌شود. ثانیا سود ناشی از مابه‌التفاوت خرید و فروش دارایی همان سود حسابداری بوده و با مفهوم سود اقتصادی (افزایش رفاه و ارزش افزوده اقتصادی) همخوانی نداشته و واقعی نیست و سود حسابداری شناسایی شده صرفا به دلیل تورم ساختاری و همیشگی در نظام اقتصادی ناکارآمد ایران است. لذا لازم است مفاهیمی از قبیل بهای جایگزینی دارایی مشابه، تعدیل از بابت سطح عمومی قیمت‌ها از زمان تحصیل تا فروش، مفاهیم ارزش فعلی و ... در شناسایی عایدی صحیح سرمایه (سود عایدی مازاد بر تورم دوران نگهداری) لحاظ شود و صرفا استناد به وجود این قانون در کشورهای پیشرو بدون توجه به نرخ تورم آن کشور، جلوگیری از دلال بازی در سطح بازار، هدایت نقدینگی به سمت بازار سرمایه، گسترش پایه‌های مالیاتی و ... باعث گمراه کردن قانون‌گذار در این زمینه نشود.

از جمله تبعات منفی اجرای این قانون، هدایت سرمایه‌های ملی به سمت بازارهای مشابه از قبیل بازار مسکن کشورهای همسایه، گسترش بازارهای زیرزمینی طلا و ارزهای فیزیکی و دیجیتال، هدایت منابع به سمت دارایی‌های معاف از این قانون و... است. لذا لازم است قانون‌گذار با تاکید بر لزوم امتناع از اخذ مالیات مضاعف و همچنین تعدیل نرخ عایدی بر سرمایه براساس نرخ تورم سالانه، اصلاحات لازم را برای جلوگیری از تبعات احتمالی این قانون به عمل آورد.