مرحله اول، وضع موجود یا E-File: شرکت‌ها فرم الکترونیکی استانداردی برای اظهار مالیات ارائه می‌کنند، داده‌های سایر درآمدها به‌صورت پرونده‌های الکترونیکی ثبت شده و سالانه ممیزی می‌شود.

 مرحله دوم، حسابداری الکترونیکی یاE- accounting: شرکت‌ها باید گزارش حسابداری و سایر داده‌های منبع مالی مانند فاکتورها وتراز آزمایشی را برای تکمیل پرونده در فرمت الکترونیکی تعریف شده و زمان‌بندی مشخص اظهار کنند.

مرحله سوم، تطبیق الکترونیک یا E-match: شرکت‌ها نیازمند ارائه گزارش‌های حسابداری بیشتر و دقیق‌تر و منابع داده (مانند ریز حساب‌های بانکی) هستند و سازمان مالیاتی اطلاعات واصله را بر مبنای مؤدی، نوع منبع و قوانین مربوطه به‌صورت آنی مطابقت می‌دهد.

 مرحله چهارم، حسابرسی الکترونیکی E-audit: اطلاعات جزئی مالی شرکت‌ها به‌صورت آنی توسط سازمان تجزیه و تحلیل شده و همزمان پیشگیری از تقلب و خطاهای ناخواسته مورد بررسی قرار می‌گیرند. سازمان مالیاتی ارزیابی‌های ممیزی شده مودیان را به‌صورت الکترونیکی و با زمان محدود برای اعتراض به آنها ارجاع می‌دهد.

مرحله پنجم، ارزیابی الکترونیکی E-assess: سازمان مالیاتی، داده‌های ارسال شده از شرکت‌ها برای ارزیابی مالیات را بدون نیاز به فرم‌های مالی مورد بهره‌برداری و ارزیابی قرار می‌دهد. مالیات دهندگان زمان محدودی برای اعتراض به مالیات حساب شده توسط دولت دارند. با بررسی‌های به عمل آمده سازمان مالیاتی کشور ما در مرحله دوم (حسابرسی الکترونیک) قرار دارد.

بر اساس تجربیات و درس آموخته‌های جهانی، هر چه سازمان‌ها از عمر طولانی‌‌تری برخوردار باشند، مقاومت در برابر تغییرات در آنها بیشتر بوده و ‌نهادینه‌سازی این‌گونه سامانه‌ها در آنها زمان بیشتری می‌برد. سامانه جامع مالیاتی یکی از چندین پروژه طرح تحول نظام مالیاتی کشور است که به ثمر نشستن آن وابستگی زیادی به نتایج سایر پروژه‌های طرح دارد. این سامانه در سازمان‌مالیاتی مراحل پیاده‌سازی و اختصاصی‌سازی و‌ بهره‌برداری آزمایشی خود را طی کرده و ‌هم‌‌اکنون در سرتاسر ادارات کل مالیاتی کشور نصب و‌ آماده بهره‌برداری است. تغییر فرآیندهای کسب‌و‌کار، تغییر قوانین و ‌دستورالعمل‌های سازمان مالیاتی که بخشی از ویژگی‌های سازمان بوده در طول دوره اختصاصی‌سازی و پیاده‌سازی سامانه یکی از مهم‌ترین دلایل طولانی بودن زمان اجرای سامانه مالیاتی است.

اجرای این‌گونه پروژه‌ها در سایر کشورها نیز مانند آفریقای‌جنوبی حداقل ۶ سال زمان برده است.در هر صورت استقرار طرح جامع مالیاتی در سازمان مالیاتی کشور، نتایجی چون افزایش درآمد مالیاتی، کاهش هزینه‌های سازمان، جلوگیری از فرارهای مالیاتی و افزایش رضایتمندی مودیان را به همراه داشته است، اما با استقرار طرح جامع مالیاتی و افزایش بلوغ دیجیتالی و ارتقای آمادگی سازمانی، هم‌اکنون این سازمان آمادگی لازم را برای برداشتن گامی بزرگ و رو به جلو برای تحول دیجیتالی و ایجاد سازمانی دیجیتال دارد. از اصلی ترین عواملی که سازمان‌های مالیاتی را به اتخاذ راهبردهای دیجیتال سوق می‌دهد می‌توان به مواردی چون، اهمیت نوآوری در محصولات و خدمات، ضرورت ارائه خدمات دیجیتال، پیشرفت‌های سریع محیط دیجیتالی، بهینه‌سازی ریسک، افزایش کنترل سازمان و مدیریت تجربه مودیان اشاره کرد.

اقدامی که هم اکنون در بسیاری از سازمان‌های مالیاتی سایر کشورها در حال برنامه‌ریزی و اجرا است. نظام دیجیتالی سازمان مالیاتی مبتنی بر مدل‌های جدید کسب و کاری و با رویکرد تغییر پارادایم، اکوسیستم جدید و تحول‌گرایی در نظام مالیاتی را دنبال می‌کند. در این اکوسیستم، نظام مالیاتی با به‌کارگیری همکاران راهبردی که از شرکت‌های فناوری هستند، درصدد تحولی عظیم و اثرگذار در نظام مالیاتی ایران خواهد بود.