این طرح که با همکاری موسسه مشاوره مدیریت دیلویت کانادا و شرکت نرم‌افزاری بول فرانسه و با مشارکت کارکنان خبره مالیاتی سازمان امور مالیاتی قوام یافته، قرار است نظام مالیاتی را بر مبنای خوداظهاری و راستی‌آزمایی متحول و درآمدهای پایدار مالیاتی را جایگزین درآمد غیر پایدار حاصل از فروش منابع زیرزمینی (نفت، گاز و مواد نفتی) کند. بر اساس اظهارات مقامات مالیاتی و شواهد فعلی خروجی‌های این طرح کلان بسیار متنوع است و از تسهیل و تسریع روند رسیدگی به پرونده مودیان مالیاتی، حذف ارتباط ممیزان و مودیان، مبارزه با فساد، ایجاد شفافیت و... گرفته تا تحقق عدالت مالیاتی، افزایش درآمدهای ملی و شناسایی فراریان مالیاتی و... را شامل می‌شود.

طراحی و ساخت این طرح کلان ملی ICT که اهمیت و اولویت استراتژیک دارد بیش از یک دهه پیش متشکل از ۳۲ پروژه خاص است. این طرح که به‌عنوان طرح تحول همه‌جانبه نظام مالیاتی کشور موسوم شده ابعاد متعددی دارد که یکی از مهم‌ترین محورهای آن توسعه خدمات مبتنی بر فناوری اطلاعات برپایه سیستم‌های اطلاعاتی کارآ و یکپارچه و با رویکرد توسعه عدالت مالیاتی و مودی محوری است. این طرح به‌عنوان یک طرح مهم ملی نقشی اساسی در تحقق اهداف اقتصاد مقاومتی و کاهش اتکای درآمد‌های دولت به فروش سرمایه‌های ملی دارد. طرح تحول مالیاتی بر پایه پایگاه اطلاعات مالیاتی بنا شده که کلیه اطلاعات مورد نیاز مالیاتی را از دستگاه‌ها و سایر اشخاص ثالث دریافت، نگهداری، پردازش و برای استفاده در اختیار فرآیندهای مالیاتی سامانه جامع یکپارچه مالیاتی قرار می‌دهد. پایگاه اطلاعات مودیان مالیاتی بر احکام مواد ۱۲۰ قانون برنامه پنجم توسعه و ۱۶۹ مکرر اصلاحیه سال ۹۴ قانون مالیات‌های مستقیم و بسته‌های تبادل اطلاعات پیش‌بینی شده و در احکام آن تولید شده که تاکنون حدود ۹۰۰ میلیون رکورد اطلاعات در این پایگاه ثبت و ضبط شده است. این پایگاه اهمیت زیادی در موفقیت طرح جامع مالیاتی دارد و مبنای شناسایی، ارزیابی ریسک و انجام عملیات حسابرسی مالیاتی توسط سامانه‌های طرح جامع مالیاتی محسوب می‌شود.

پورتال اینترنتی خدمات الکترونیکی مودیان مالیاتی که وظیفه دارد کلیه تعاملات دوسویه با مودیان را غیرحضوری و الکترونیکی کند و امکان انجام تکالیف قانونی مودیان را از طریق اینترنت یا مراکز خدمات الکترونیکی فراهم آورد. پورتال اینترنتی خدمات الکترونیکی مودیان مالیاتی که روی نشانی اینترنتی Tax.gov.ir در دسترس مودیان مالیاتی است و تماما متکی بر توان داخلی متخصصان مرکز فاوای سازمان امور مالیاتی کشور ایجاد شده است، تاکنون موارد بسیاری در آن عملیاتی شده‌اند که بعضی از مهم‌ترین موارد آن شامل ثبت نام الکترونیکی، اظهارنامه الکترونیکی اشخاص حقیقی، اظهارنامه الکترونیکی اشخاص حقوقی، اظهارنامه الکترونیکی اجاره املاک، اظهارنامه الکترونیکی مالیات ارزش افزوده، پرداخت الکترونیکی مالیات، خلاصه پرونده الکترونیکی، استعلام الکترونیکی عدم بدهی مالیاتی، استعلام الکترونیکی کد منحصربه‌فرد اتباع خارجی، عملیات الکترونیکی مالیات بر مشاغل خودرو، عملیات الکترونیکی مالیات بر نقل‌و‌انتقال ملک، دریافت الکترونیکی اعتراضات مودیان طرح، دریافت الکترونیکی شکایت مودیان طرح است.

براساس برنامه زمان‌بندی ‌شده، پروژه ابلاغ الکترونیکی انتظار می‌رفت تا پایان اردیبهشت ۱۳۹۷ به نتیجه رسیده و فرآیندهای مرتبط با ابلاغ اوراق الکترونیکی همچون برگ تشخیص مالیات عملکرد، برگ تشخیص مالیات حقوق، برگ مطالبات تکلیفی، برگ قطعی مالیات؛ دعوت به هیات حل اختلاف‌های مالیاتی و رای هیات‌های حل اختلاف به‌صورت الکترونیکی انجام شود که بخش عمده این فرآیند عملی شده مضافا تعمیم بهره‌برداری از سامانه نرم‌افزاری یکپارچه مالیاتی به کلیه مودیان منابع مشاغل، شرکت‌ها، ارزش افزوده و مستغلات اجاری مالیات بر نقل و انتقال املاک و مالیات بر ارث، رفع موانع توسعه بهره‌برداری از سامانه نرم‌افزار یکپارچه مالیاتی در سایر منابع مالیاتی بازنگری و اصلاح فرآیند‌های مالیاتی، ابلاغ الکترونیکی اوراق مالیاتی در سال آتی همگانی خواهد شد.

تشخیص مالیات بر اساس حسابرسی مالیاتی که متضمن شناخت درآمدها و هزینه‌های منطبق با قانون است، تعیین شده و برمبنای آن نسبت به محاسبه مالیات اقدام می‌شود. آنچه سامانه بر اساس پروژه‌های مرتبط با هم انجام می‌دهد آن است که بر اساس پردازش اطلاعات دریافت شده از ذی‌نفعان صحت و سقم ادعای مودی را بررسی و نسبت به اعلام مغایرت‌ها به ماموران مالیاتی اقدام می‌کند. بنابراین نمی‌توان ادعا کرد که روش محاسبه به‌طور کامل مکانیزه شده باشد؛ هر چند نقش سامانه‌ها در چنین سازمانی تامین خوراک اطلاعاتی ممیز است و تا حدودی می‌توان میزان مالیاتی را به قضات تشبیه کرد و نیازمند است در بسیاری از پرونده‌های مالیاتی نظر کارشناسی نیز لحاظ شود. اینکه امکان رسیدگی اظهارنامه‌ها در هر نقطه از کشور میسر باشد، در حال حاضر به‌صورت سیستماتیک و بدون دخالت دست، میسر نیست و البته سیاست سازمان و قوانین و مقررات مرتبط نیز محدودیت‌هایی را در تحقق این مهم ایجاد می‌کند که از آن جمله می‌توان به این موضوع اشاره کرد که در اغلب رسیدگی‌ها لازم می‌شود به‌صورت حضوری یا بازدید مکانی تصمیم‌گیری شود.

از جمله مشکلات نظام مالیاتی تا پیش از اجرای طرح جامع مالیاتی عبارتند از:

- نبود دید یکپارچه از مودی مالیاتی به دلیل عدم تخصیص یک شناسه منحصربه‌فرد به هر مودی که امکان شناسایی و ردیابی مودیان در واحدهای مختلف سازمان، فرآیندهای متفاوت، نرم‌افزارها و پایگاه‌های اطلاعاتی را سلب می‌کرد و این مشکل با پروژه شماره شناسایی مودیان و تکمیل پایگاه‌های اطلاعاتی تا حد قابل قبولی مرتفع شده است.

-عدم برقراری ارتباط سیستماتیک میان انواع مختلف مالیات (مانند مالیات بر درآمد شرکت‌ها و مالیات بر اجاره مستغلات) به‌دلیل تفاوت نگاه به مودی و نبود سیستم‌های یکپارچه مالیاتی است که سامانه نرم‌افزاری یکپارچه مالیاتی در جهت رفع این مشکل گام برمی‌دارد.

- استفاده از نرم‌افزارهای متفاوت به‌صورت محلی و جزیره‌ای که به دلیل نبود استانداردهای فراگیر و نبود سیاست مشخص در حوزه فناوری رخ می‌داد و این مهم نیز با تحقق کامل سامانه نرم‌افزاری یکپارچه مالیاتی مرتفع خواهد شد. ضعف در مدیریت فرآیندها، فرآیندهای ناکارآمد، دستی و نبود فرآیندهای مناسب برای برقراری ارتباط میان واحدهای مختلف مالیاتی و پروژه استانداردسازی فرآیندهای مالیاتی (PSD) مسیر نیل سازمان به مهندسی مجدد فرآیندها را هموار کرده است. نبود استراتژی فناوری فراگیر و نبود زیرساخت‌های مناسب برای شبکه‌های محلی و گسترده و نبود استاندارد در زمینه شبکه و سخت‌افزارها که با اجرای پروژه (LWT) به سطح مناسب و قابل قبولی ارتقا یافته است.

- نبود بخش‌های مستقل برای ارائه خدمات به مودیان مالیاتی در اسرع وقت به‌صورت مناسب و یکپارچه و در نتیجه پایین بودن سطح رضایت‌مندی مودیان در مراجعات سازمانی. این مشکل نیز با تفکیک وظایف و ایجاد بخش‌های خدمات مودیان و رسیدگی، رضایت کارکنان و مودیان سازمان را دربرداشت.

- نبود ارتباط آنلاین/ آفلاین میان دستگاه‌های مرتبط با سازمان امور مالیاتی و عدم تبادل مناسب اطلاعات مورد نیاز و نبود بانک اطلاعاتی از اقلام درون سازمانی و برون‌سازمانی مورد نیاز. همچنین نبود پرتال‌ها و درگاه‌های مناسب به منظور تسریع فرآیندها و فعالیت‌های مالیاتی میان سازمان امور مالیاتی با مودیان، سازمان‌های مرتبط یا سایر ذی‌نفعان که تک‌تک اینها در پروژه‌های طرح جامع مالیاتی دیده شد و در حال حاضر با ایجاد سامانه‌های مرتبط با این موارد این مشکلات نیز مرتفع شده است.

- خروجی‌های این طرح کلان بسیار متنوع است و از تسهیل و تسریع روند رسیدگی به پرونده مودیان مالیاتی، حذف ارتباط ممیزان و مودیان، مبارزه با فساد، ایجاد شفافیت و... گرفته تا تحقق عدالت مالیاتی، افزایش درآمدهای ملی و شناسایی فراریان مالیاتی و... را شامل می‌شود.