دانشگاه‌های تحولی از لحاظ نهادی و ساختاری وجود داشتند و در تحولی مفهومی به پرداختن علوم جدید یک کشور پرداختند. اما دانشگاه‌های تاسیسی بنا بر اراده ملی و میهنی پدید آمدند. درست شبیه به دانشگاه‌های ایران که شأنی تاسیسی دارند. در قرن هجدهم و نیمه اول قرن نوزدهم کشور آلمان مجموعه‌ای بود متشکل از پادشاهی‌های کوچک و بزرگ که بزرگ‌ترین آنها پادشاهی پروس بود. در نبود دولت‌ملتی یکپارچه، آلمانی‌ها خود را ملت فرهنگی تعریف می‌کردند. به همین منظور این دول درون آلمان اقدام به نهادینه کردن آموزش اجباری کردند؛ درسال ۱۷۱۷ فردریک ویلهلم اول پادشاه پروس دستور داد که هر جا مدرسه‌ای هست، تعلیمات اجباری در آنجا اعمال شود و در حدود ۵۰سال پس از آن فریدریک کبیر دستور ساختن مدارس ابتدایی توسط دولت را صادر کرد.

در ۱۷۹۴ دولت پروس سکاندار آموزش در پروس شد. وانگهی در این دوران دولت پروس دارای سیستم دولتی آموزش شد. با توجه به نبود نظام آموزشی که عاری از سوابق تاریخی چون ایتالیا و بریتانیا بود ما شاهد ظهور فیلسوفان دانشگاه هستیم. قرن نوزدهم در آلمان را می‌توان قرن فیلسوفان دانشگاه نامید؛ کسانی چون: کانت، شیلر، گوته، شلینگ یانگ، آرمز و حتی در دوران متاخر‌تر نیچه، درخصوص ایده دانشگاه بحث کردند. وانگهی در باب دانشگاه، ۳ نفر از بقیه بحثی بسیط‌تر را دارند؛ یوهانگ گوتلوب فیشته (فیلسوف آلمانی)، فریدریش شلایر ماخر و ویلهلم فونت هومبولت. فلسفه قرن ۱۹ آلمانی ثمره عصر تامل بر انقلاب فرانسه و فتح آلمان توسط ناپلئون بود و بی‌تردید این سه فیلسوف آن‌گاه که به دانشگاه اندیشیده‌اند از این رویداد دور نمانده‌اند.

یکی از برجسته‌ترین ایده‌های دانشگاه که در اروپا بسیار مورد توجه قرار گرفت، ایده هومبولتی دانشگاه است. این ایده در فرآیند تکوین دولت- ملت در آلمان و البته در راهی متفاوت در آنچه با عنوان دولت فرهنگی از آن یاد می‌شود، شکل گرفت. شالوده‌های نظری دانشگاه هومبولتی ریشه در ایده‌آلیسم آلمانی و نئوکلاسیک‌گرایی داشت و با توجه به تحولات سیاسی متعاقب انقلاب فرانسه در اروپا و چارچوب ایده لیبرال محافظه‌کار خاص پروس در برابر رادیکال انقلابی فرانسه عمدتا توسط فیشته- شلایر ماخر و هومبولت تئوریزه شد و در سال ۱۸۰۹ به صورت دانشگاه برلین اولین دانشگاه مدرن تحقق پیدا کرد. زمانی که آلمان از فرانسه و ارتش ناپلئون شکست خورد، فیشته فیلسوف خطابه‌ای به ملت در برلین منتشر کرد که دارای نظرهای عملی درباره شأن و افتخار ملی بود.

در آن خطابه تاکید بر احیای مدارس، آموزش همزمان دختران و پسران، تاکید بر آموزش کودکان و کارهای عملی کشاورزی و صنعتی را که باید آموزش داده شوند، می‌توان دید. نظرات فیشته در برنامه پیشنهادی هومبولت در سال۱۸۰۷ نیز پذیرفته شد؛ پس از آن شلایر ماخر هم با ارائه تحلیلی اجتماعی از آموزش، مفهومی جدید از آموزش را وارد بحث کرد. آموزش از نظر ماخر تلاشی بود که نسل جوان‌تر را وارد ۴ حوزه زندگی می‌کند: حوزه‌های کلیسا، دولت، حیات اجتماعی و علم. اما او بر این نکته نیز تاکید دارد آموزش تنها سازماندهی خود را در این ۴ حوزه سامان نمی‌دهد، بلکه به توسعه آنها نیز همت می‌گمارد.

این تفاسیر خلاصه از دغدغه فیلسوفان آلمانی آمد تا نشان داده شود که چگونه کشوری به نام آلمان با اتکا به ملتی فرهنگی در دانشگاه تئوریزه شد تا گامی به سوی آلمان واحد در کالبد یک دولت و ملت واحد باشد. پس در آلمان که دانشگاه تاسیسی است ایده دانشگاه بر محور آلمان و ایده آلمان متحد نوشته شد. وانگهی همین ایده توانست دانشگاه آلمانی را به یکی از مراکز تولید، صنعت، حمل‌ونقل، اقتصاد، فلسفه، تاریخ، علوم اجتماعی و بقیه موضوعات که امروزه نیز آلمان در آنها دارای جایگاه است، مبدل کند.

در ایران اما دانشگاه، فارغ از مدارس مختصر و نظامی موجود در دوران قاجار با اراده دولت تاسیس شد. آن زمان که ایران و دولتمردان ایرانی سودای تجدد را داشتند، دانشگاه محلی برای تولید کارگزارانی شد که بتوانند طرح‌ها و برنامه‌های دولتی اعم از طرح‌های مستشاری و طرح‌های ملی را پیش ببرند. با این روند دانشگاه محل پرورش کارمندان تحصیلکرده شد. در نبود ایده دانشگاه در ایران و عدم موضوع آن، وابستگی دانشگاه به دولت بیشتر و بیشتر می‌شد. چراکه دانشگاه محل پرورش کارگزار برای دولت شد. از همین رو، یعنی وابستگی مطلق دانشگاه به دولت و نبود ایده مبتنی بر فلسفه وجودی دانشگاه، نهاد علمی از معنا تهی و مبدل به یک دستگاه اجرایی در دولت شد. وانگهی بازوی دستگاه اجرایی بودن، دانشگاه را به محلی برای تردد احزاب تبدیل کرد.

این روند از زمان تاسیس دانشگاه در ایران بنا به روایت تاریخ آن قابل شهود است. بنا بر ارتباط و وابستگی دانشگاه به دولت حضور احزاب سیاسی در آن امری اجتناب‌ناپذیر است. همین حضور احزاب در دانشگاه آنجا را محلی برای تردد اعضا کرد. بنا بر این منطق است که نمی‌توان از استفاده اعضای احزاب مختلف از دانشگاه تعجب کرد. اگر هم تغییر در ساختار دانشگاه‌ها در ایران بلا موضوع می‌شود نباید این تغییر ساختاری را در تجاوز به نهاد علمی تلقی کرد. هر تغییری در دانشگاه ایران بنا به تصمیمات حزبی است. آنچه با تصمیم یک حزب آمده با تصمیم حزب دیگر باید برود؛ چراکه احزاب برنامه‌های اجرایی متفاوتی دارند.

از همین رو دفاع از دانشگاه در ایران را نمی‌توان دفاع از نهاد علم تلقی کرد. دفاع از دانشگاه مادامی معنا می‌دهد که دانشگاه موضوعیت مستقل داشته باشد و در پس این موضوعیت ماهیت خود را تعریف کند. دانشگاه در ایران از زمان تاسیس تاکنون در نبود مفاهیم نظری، همچون اداره‌ای اجرایی برای بسط نظرات دولت بوده است. اینکه اصطلاحاتی همچون تولید علم و اتکا به آمار در نتایج دانشگاهی در هر دولت مستقر در ایران دارای اهمیت است، به این سبب است که هر دولت می‌خواهد این دستگاه اجرایی خود را همچون سایر دستگاه‌های اجرایی به رخ احزاب رقیب بکشد. با این تفاسیر می‌توان فهمید که چرا اهل علم و تحقیق در ایران، نسبت به تغییر و تحولات در دانشگاه درون کشور ایران کمتر واکنش نشان می‌دهند. در نبود دانشگاه با موضوعیت ایران، نمی‌توان در جست‌وجوی ایده دانشگاه بود و در نبود ایده دانشگاه نمی‌توان از علم و استقلال دانشگاه دفاع کرد یا سخن گفت.