البته به گفته مدیرکل اداره میراث فرهنگی یزد، موزه قصر آیینه از ابتدای انقلاب تاکنون در اختیار اداره کل میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری استان بوده است. از سوی دیگر براساس برخی گزارش‌ها، از سه ماه قبل دو طرف بر سر این موضوع مذاکراتی داشته‌اند که به نظر می‌رسد بی‌نتیجه مانده است.در همین حال، به گفته مدیرکل امور موزه‌ها و اموال منقول فرهنگی و تاریخی، ساختمان موزه آیینه یزد از بناهای ثبت شده این استان است که مالکیت آن را بنیاد مستضعفان استان بر عهده دارد اما طی تفاهم‌نامه‌ای این ساختمان برای کاربری موزه در اختیار سازمان میراث فرهنگی قرار گرفته و مقرر شده بود اجاره‌ای به بنیاد پرداخت شود. این روند سال‌ها ادامه داشت تا حدود دو سال قبل که بنیاد مستضعفان یزد اعلام کرد قصد پس گرفتن ساختمان را دارد.

 محمدرضا کارگر در گفت‌وگو با «میراث آریا» خاطرنشان کرده است: «در قبال این درخواست، سازمان میراث‌فرهنگی چند پیشنهاد به بنیاد ارائه داد؛ پیشنهاد اول این بود که طی یک تفاهم‌نامه آثار موزه‌ای به‌صورت امانت به همراه ساختمان در اختیار بنیاد قرار بگیرد و مدیریت موزه را هم این نهاد عمومی عهده‌دار شود. پیشنهاد بعدی نیز این بود که ساختمان دیگری به جای ساختمان موزه آیینه به بنیاد مستضعفان داده شود.»

ابراهیم شقاقی، مدیرکل حقوقی و املاک سازمان میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری نیز در این خصوص گفته است: «هفته گذشته جلسه‌ای با حضور معاون میراث فرهنگی و معاون توسعه مدیریت سازمان میراث فرهنگی درخصوص تعیین تکلیف این موضوع برگزار و در این جلسه درباره راهکارهای رفع این مشکل رایزنی شد.در خلال این جلسه پیشنهاد داده شد با توجه به تمایل شهرداری برای فعالیت در این اثر تاریخی، موزه قصر آیینه به شهرداری واگذار شود که متاسفانه این موضوع بنا به دلایلی تحقق نیافت.» حال گویا بنیاد هیچ یک از این پیشنهادها را نپذیرفته و اگرچه کارشناسان بر این باورند که بهترین کاربری برای این ساختمان، موزه است، مشخص نیست بنیاد برای این بنا چه نقشه‌ای دارد.

در این خصوص مدیرکل میراث‌فرهنگی، صنایع‌دستی و گردشگری نیز ابراز کرده که اصراری به اداره موزه توسط میراث فرهنگی وجود ندارد و این آمادگی وجود دارد که مسوولیت این کار به بنیاد مستضعفان واگذار شود. اما به گفته سید مصطفی فاطمی، به‌‌رغم درخواست بنیاد مبنی بر درخواست اجاره، موزه درآمدی نداشته و در بودجه‌بندی‌هایی که برای این اداره کل در سطح کشور صورت می‌گرفت چنین بودجه‌ای دیده نمی‌شده. از این رو، موضوع پرداخت اجاره هیچ موقع تحقق نیافت.حالا کارشناسان و مسوولان، هم نگران آثار ارزشمند داخل موزه هستند و هم نگران حفاظت از بنای موزه. به گفته مسوولان، این موزه تنها موزه رسمی یزد است که در محور گردشگری این شهر جهانی قرار دارد و تعطیلی آن می‌تواند برای تورهای ورودی به این شهر، مشکلاتی ایجاد کند.این موضوع، نخستین مناقشه بنیاد مستضعفان و سازمان میراث فرهنگی بر سر مالکیت و اداره بناهای تاریخی نیست. سال‌ها است بنیاد مستضعفان ادعای مالکیت دو کاخ مهم سعدآباد و نیاوران را نیز دارد؛ موضوعی که نگرانی‌های بسیاری را درباره نگهداری و محافظت از آنها ایجاد می‌کند.

حالا اگر چه شقاقی نیز خبر از پیگیری موضوع از طریق معاونت توسعه مدیریت داده و ابراز امیدواری کرده‌ که با تأمین اعتبار مورد نیاز و پرداخت آن به بنیاد مستضعفان، این مشکل هرچه سریع‌تر رفع شود، اما افکار عمومی معطوف به وضعیت دیگر بناهای تاریخی است که تحت تملک بنیاد مستضعفان قرار دارد.نبود دادگاه ویژه میراث فرهنگی و عدم تعیین تکلیف بناهایی که در تصرف نهادهای دیگری به غیر از سازمان میراث فرهنگی، صنایع‌دستی و گردشگری است به چالش‌هایی اینچنینی دامن زده است.