۱- ورودی آن با مجسمه عارف و یکی دیگر از مشاهیر مزین شده بود.

۲- در این ورودی به فاصله یک‌‌‌قدم از تندیس عارف دو سنگ‌‌‌قبر دیده می‌‌‌شد: یکی متعلق به ابوسعید دخدوک است که این مشخصات بر روی تابلوی بالای سنگ نوشته‌‌‌شده است: این سنگ که به شکل یک مکعب مستطیل ساده به طول ۵۳/ ۱ متر و عرض ۹۸ سانتی‌متر و ارتفاع ۴۸ سانتی‌متر است. بر سطح فوقانی آن به خط نستعلیق و به‌‌‌طور برجسته این عبارت در ۱۵ سطر مرقوم شده است: «هوالحی الذی لایموت یا مدد علی جبرئیل میکائیل اسرافیل عزرائیل.»

دومی هم سنگ‌‌‌قبر قدیم بوعلی است. این سنگ‌‌‌قبر در قسمت پایین به‌‌‌صورت مکعب مستطیل به طول ۲۵/ ۱ و عرض ۵۲ سانتی‌متر و ارتفاع ۲۵ سانتی‌متر بود و قسمت بالای آن از هر قسمت ۱۰ سانتی‌متر کوچک‌تر به ارتفاع ۳۳ سانتی‌متر تقریبا به‌‌‌صورت منشور درآمده است. روی بدنه‌‌‌ها و حاشیه‌‌‌های چهار طرف این سنگ‌‌‌قبر به خط نسخ غیر‌مرغوب آیات و جملات قرآنی به‌‌‌طور برجسته مرقوم شده است. هر دو سنگ‌‌‌قبر در داخل محفظه‌‌‌ای شیشه‌‌‌ای قرارگرفته است.

۳- بعد از ورود در ساختمان، در سمت چپ اتاقی قرار داشت که بسیاری از ابزار و ادوات جراحی و پزشکی بوعلی و محفظه‌‌‌های داروییِ سنگی به نمایش گذاشته‌‌‌شده است. افزون بر این، در این اتاق برخی اشیای عتیقه (قوری، تصاویر، دو فرش بزرگ، پرچمی منقش به نام بوعلی) و بسیاری دیگر از ابزارآلات به نمایش درآمده است. در ورودی سمت راست هم آثار ابن‌‌‌سینا و برخی نسخه‌‌‌های خطی آثار او و کتابخانه‌‌‌ای بزرگ قرار دارد. در این اتاق یک تابلوی قدی تقریبا دو متری دیده می‌شد با دو بیت از بوعلی که شرح بازسازی این مزار را با توضیحی از علی اصغر حکمت شیرازی می‌داد.  سپس راهرو را مستقیم به‌‌‌سوی محل دفن بوعلی ادامه دادم. بر اطراف آرامگاه بوعلی ۱۰ ستون ایوان به نشانه‌‌ ده قرن پس از بوعلی تعبیه‌‌‌شده است (با توجه به اینکه ساخت این آرامگاه به مناسبت گرامیداشت هزاره‌‌ بوعلی بود) و ۱۲ ستون برج بیرونی نمادی از دوازده دانشی است که بوعلی در روزگار خود بر همه‌‌ آنها چیره بود.

بنای آرامگاه تلفیقی از دو سبک معماری ایران باستان و ایران بعد از اسلام است. طرح آرامگاه را مهندس هوشنگ سیحون به سبک معماری دوره و سده‌‌‌ای که بوعلی سینا در آن می‌‌‌زیسته از روی قدیمی‌‌‌ترین بنای تاریخ‌‌‌دار اسلامی یعنی برج گنبد قابوس در شهر گنبدکاووس اقتباس کرد. بر دیوارهای اطراف مزار بوعلی تصاویری از او همراه با توضیحاتی در مورد دانش‌‌‌هایی که او در آن مهارت داشته روی تابلوهایی کوچک و سفیدرنگ دیده می‌‌‌شد. در چهارگوشه‌‌ آرامگاه هم چهار محفظه‌‌ بزرگ چوبی- شیشه‌‌‌ای وجود داشت که داروهای گیاهی کشف‌‌‌شده از سوی بوعلی و خواص آنها در درمان بیماری‌‌‌ها را شرح داده بود. در این آرامگاه متن فارسی و عربی قصیده‌‌ عینیه‌‌ بوعلی هم نوشته‌‌‌شده بود.