پس از آنکه دیوان عدالت اداری در حکمی نظر فقهای شورای نگهبان درخصوص عضویت اقلیت‌ها در شوراهای اسلامی، مبنی برخلاف شرع بودن تبصره یک ماده ۲۶ قانون تشکیلات و وظایف انتخابات شورای‌اسلامی کشور را تایید کرد، دامنه اعتراض‌ها به مجلس کشیده شد. علی لاریجانی این چالش را برآمده از تفاوت نظر و برداشت شورای نگهبان و مجلس می‌داند. نقطه مورد چالش آن است که مجلسی‌ها زیر بار اعلام نظر شورای نگهبان درباره قوانین پس از موعد مقرر آن نمی‌روند. علی لاریجانی یکبار دیگر، با وجود آنکه تفسیر قانون اساسی را بر عهده شورای نگهبان دانسته اما اصل چالش را در تفاوت برداشت از اصل ۴ قانون اساسی می‌بیند. به تاکید او، در اصل ۴ و ۹۵ نحوه نظارت شورای نگهبان بر مصوبات مجلس مشخص شده و این شورا ۲۰ روز فرصت دارد تا مصوبات را بررسی کند. از سوی دیگر، غلامحسین الهام چهره اصولگرا و از حقوقدانان پیشین شورای نگهبان در اظهار نظری تاکید کرد که حاکمیت نظر فقهی و شرعی با تشخیص فقهای شورا، محدود به قوانین است و نظر به رفتار اجرائی ندارد؛ بنابراین ابطال تصمیمات هر مقام اجرائی، مثل ابطال انتخابات شوراهای شهر به‌دلیل خلاف‌شرع‌بودن، مشمول اختیارات اصل چهارم نیست. از‌این‌رو نظر فقهای شورا درخصوص انتخابات شورای شهر یزد، تاثیر بالفعلی ندارد.