موسسه محک در سال 1385 اولین برنامه استراتژیکش را با اتکا به ظرفیت های درونی سازمان برای سال 86 تا 90 تدوین کرد. اهمیت انتخاب‌های استراتژیک آنقدر است که همان طور که می‌توانند یک سازمان را به سمت موفقیت ببرند، اگر اشتباه باشند ممکن است سازمان را به سوی شکست بکشند. محک به دنبال یک سیستم ارزیابی برای برنامه‌های استراتژیک، به استانداردی به نام NGO Benchmarking رسید که توسط شرکت بازرسی بین‌المللی SGS ارائه می‌شد. شرکتی که به عنوان یک شرکت بازرسی بین‌المللی معتبر، برای تمام کسانی که در حوزه‌های اقتصاد و صنعت و بازرگانی فعالیت می‌‌کنند آشنا است. این موسسه، عملکرد 25 سازمان غیردولتی دنیا را بررسی کرده و براساس آن صد و دو حوزه را تعیین کرده و هر سازمان را در آن حوزه‌ها بررسی می‌کند. این صد و یک حوزه در 9 محور اصلی جمع‌بندی شده که یکی از آنها چارچوب استراتژی (strategy framework) است. مسوولان موسسه محک از طریق نمایندگی این شرکت در ایران اقدام کردند و پس از مطالعه کامل استاندارد متوجه شدند موارد بسیار مهمی در مورد سازمان‌های غیردولتی و ارتباط‌شان با جامعه در این استاندارد مورد توجه قرار داده شده. محک به عنوان اولین سازمان غیردولتی در ایران از SGS درخواست ممیزی NGO Benchmarking کرد. یک گروه ممیزی از کشورهای ایران، سوئیس و مانیل، محک را طی چهل و هشت ساعت ارزیابی کردند. برای دستیابی به این استاندارد اخذ امتیاز بالای 70درصد نیاز بود که در اولین ممیزی، محک امتیاز 7/43درصد گرفت که منجر به صدور گواهینامه نشد. مشکل این بود که خیلی از کارهایی که انجام می‌شد مدون نبود. پس از آن با فاصله چهار ماه محک موفق شد با امتیاز 74درصد گواهینامه را اخذ کند. اعتبار این گواهینامه یک ساله بود. سال بعد از آن موسسه محک به امتیاز 8/75 درصد رسید، در ممیزی چهارم امتیاز 5/85درصد گرفت و در پنجمین ممیزی که ابتدای سال 2012 انجام شد امتیاز 1/91درصد را گرفت و به این ترتیب محک اولین سازمان غیردولتی در خاورمیانه است که موفق به اخذ این گواهینامه شده. شرکت SGS سیستمی به نام Benchmark Of Benchmarks دارد که به سازمان‌ها اجازه می‌دهد خود را بین تمام سازمان‌هایی که در دنیا ممیزی شده‌اند، مورد ممیزی قرار دهند. موسسه محک در چهارمین ممیزی خود، میان 110 سازمان در دنیا که توسط این شرکت ممیزی شده بودند، رتبه هفدهم را بدست آورد و در ممیزی پنجم، میان 219 موسسه غیردولتی در جهان، رتبه دهم را بدست آورد.