هواداران آبی چندین بار مقابل وزارت ورزش و باشگاه محبوب خود اتهام پرسپولیسی بودن را به مسعود سلطانی‌فر وارد کردند. البته در مقابل هواداران سرخ هم معتقد هستند وزیر ورزش با کمک‌های بیشتری که به استقلال می‌کند گرایش خود به این تیم را نشان داده است. شدت این بحث‌ها به‌خصوص در شبکه‌های اجتماعی بسیار بالاتر بوده و هواداران به‌دنبال اثبات این موضوع هستند. این تقابلی جدید است که فشارهای زیادی را به وزیر وارد کرده است. البته شروع گرایش وزیر به رنگ خاص،  در زمان وزارت محمود گودرزی رخ داد، جایی که هواداران استقلال با بنرهایی به وزارت ورزش رفتند و به عملکرد وزیر وقت انتقاد کردند. آنها آن روزها مدیریت فتح‌الله‌زاده را می‌خواستند پروژه‌ای که امسال نیزشاهد تکرارآن بودیم. وزیر ورزش فعلی اما در مقابل این اتهام‌ها بارها از خود دفاع کرده و منکر طرفداری از یکی از این تیم‌ها شده است؛ اتفاقی که دیروز هم رخ داد و وزیر ناچار به اعلام بی‌طرفی مجدد شد.

سلطانی‌فر در این خصوص به پایگاه خبری وزارت ورزش و جوانان گفت: «فکر می‌کنم دو باشگاه پرسپولیس و استقلال بنیان فوتبال ما هستند. می‌دانیم همیشه وقتی که حال فوتبال در باشگاه‌ها به ویژه این دو باشگاه پرسپولیس و استقلال خوب بوده، حال فوتبال تیم ملی ما خوب بوده است. بنده، مسوولیتم، ایده و گرایشم این است که به هر دو تیم کمک و پشتیبانی کنم. به این دلیل احساس دارم کمک به رشد این دو تیم، کمک به رشد و کمک به فوتبال ملی ماست. با توجه به اینکه دو تیم بیشترین هوادار را در سطح کشور دارند، برای من واقعا مهم است که مسائل و مشکلات آنها را ما بتوانیم به‌گونه‌ای حل کنیم که همیشه در وضعیت خوبی قرار داشته باشند. بنده نه گرایش خاصی به این رنگ دارم نه گرایش خاصی به آن رنگ دارم، وظیفه و مسوولیتم این است که از هر دو تیم حمایت و برای رشد و ارتقای هر دو تیم تلاش کنم.»