در گزارش دیوان محاسبات کشور آمده است که طی سال‌های ۱۳۹۶ الی ۱۳۹۹ بالغ بر ۸۰‌درصد اعتبارات مربوط به توسعه و نوسازی ناوگان حمل‌ونقل عمومی کشور نسبت به اعتبارات اصلاحی، تخصیص داده شده است در حالی که سازمان حمل‌ونقل عمومی کشور فقط ۶‌درصد از آن را مصرف و ۹۴‌درصد دیگر را به شهرداری‌های سراسر کشور حواله کرده تا صرف موافقت‌نامه‌های مبادله‌ای سازمان برنامه و بودجه شود.  این گزارش نشان می‌دهد که از ۳۲‌هزار میلیارد تومان اعتبار پیش‌بینی شده از محل هدفمندی یارانه‌ها بین سال‌های ۱۳۹۱ الی ۱۳۹۹ سهم حمل‌ونقل عمومی پرداخت نشده است. ضمن اینکه عملکرد این سازمان در اعطای تسهیلات به سرمایه‌گذاران بخش‌های خصوصی و تعاونی و شهرداری‌ها برای انواع مختلف حمل‌ونقل درون و برون شهری فاقد عملکرد است.  دیوان محاسبات کشور همچنین در این گزارش اعلام کرده است: از محل پرداخت یارانه سود تسهیلات به نوسازی ناوگان مینی‌‌‌بوسرانی صرفا ۳۰‌درصد اهداف نوسازی ۱۰۰۰ دستگاه مینی بوس پیش‌بینی شده محقق شده است.  همچنین مصوبه شورای اقتصاد در خصوص جایگزینی و نوسازی ناوگان تجاری و مسافری دیزلی با هدف نوسازی ۱۹۰۰ اتوبوس شهری و ۶۴‌درصد از اهداف پیش‌بینی شده برای خرید اتوبوس از محل فروش اوراق مشارکت اجرایی نشده است.  این گزارش حکایت از آن دارد که بهره‌مندی از منابع صندوق توسعه ملی برای بازسازی ناوگان اتوبوسرانی شهری از طریق دریافت تسهیلات کم‌بهره به تازگی شروع شده است.  گزارش دیوان محاسبات کشور نشان می‌دهد که در خصوص نوسازی ۱۴۰‌هزار دستگاه تاکسی پایه گازسوز، تنها ۶۱ دستگاه وارد چرخه حمل‌ونقل شده یعنی حدود ۰۴/ ۰درصد از اهداف مصوبه شورای اقتصاد محقق شده است.  نوسازی خطوط مترو نیز وضعیت مطلوبی ندارد و از سال ۱۳۹۶ الی ۱۳۹۹ حدود ۱۱‌درصد از کل خطوط مصوب احداث و ۱۳‌درصد از تعداد واگن‌های پیش‌بینی شده وارد چرخه شده است.  گفتنی است ناوگان تاکسیرانی و اتوبوسرانی به ترتیب با ۲۵‌درصد و ۱۶‌درصد سهم قابل‌توجهی از حمل‌ونقل عمومی را دارند و گزارش دیوان محاسبات کشور حکایت از این دارد که ۶۳‌درصد ناوگان تاکسیرانی، ۸۳‌درصد ناوگان اتوبوسرانی و ۸۵‌درصد ناوگان مینی‌بوسرانی کشور فرسوده است. این در حالی است که تنها ۳۷‌درصد از طول خطوط مترویی مصوب قانونی، به مرحله بهره‌برداری رسیده است.