عدم جامعیت در پوشش عوامل موثر محیط کسب‌وکار: شاخص سهولت انجام کسب‌وکار بانک جهانی تنها محیط حقوقی و اداری کسب‌وکار را می‌سنجد و سایر عوامل محیط کسب‌وکار در آن لحاظ نمی‌شود؛ عواملی که براساس شاخص‌های جامع‌تر و با ابعاد متنوع‌تر خارجی و داخلی همچون شاخص رقابت‌پذیری جهانی و پایش ملی محیط کسب‌وکار ایران به‌عنوان اولویت کسب‌وکارها در ایران شناخته می‌شوند موضوع بررسی شاخص سهولت کسب‌وکار بانک جهانی نیستند. مسائل مهمی چون «بی‌ثباتی و نااطمینانی در محیط کسب‌وکار» شامل پیش‌بینی‌ناپذیری و نوسانات متغیرهای اقتصاد کلان همچون نرخ تورم، نرخ ارز و قیمت مواد اولیه و نیز بی‌ثباتی در سیاست‌ها، قوانین و مقررات و نیز «دشواری تامین مالی» شامل چالش‌های نظام بانکی و بازار سرمایه در تامین مالی کسب‌وکارها.

احتمال خطای زیاد در مرحله گردآوری اطلاعات: احتمال بالای خطا در اطلاعاتی که مبنای محاسبه شاخص سهولت انجام کسب‌وکار قرار می‌گیرند و عمدتا ناشی از نمونه محدود و روش غیرعلمی انتخاب پرسش‌شوندگان منتخب بانک جهانی است بارها مورد نقد قرار گرفته است، به‌نحوی که کارشناسان گروه انجام کسب‌وکار بانک جهانی مجبور به پذیرش و اصلاح برخی اشتباهات شده‌اند.

خطای گسترده در جمع‌آوری و ارسال اطلاعات ایران: در سال ۱۳۹۳ مرکز پژوهش‌های مجلس در پژوهش گسترده و میدانی به راستی‌آزمایی اطلاعات ثبت شده برای ایران در گزارش انجام کسب‌وکار پرداخت و با ورود اطلاعات واقعی مربوط به ایران در نرم‌افزار شبیه‌سازی که در سال ۲۰۱۴ در سایت بانک جهانی قرار داشت، نشان داد براساس اطلاعات واقعی، رتبه ایران در گزارش سال ۲۰۱۴ بانک جهانی باید حدود ۸۰ باشد، درحالی که رتبه ایران در آن سال ۱۵۲ اعلام شده بود. بررسی‌ها و راستی‌آزمایی اطلاعاتی که به‌عنوان داده اولیه از ایران به بانک‌جهانی اعلام می‌شود، نشان داد افرادی که از طرف بانک جهانی برای پُر کردن پرسشنامه گزارش سهولت انجام کسب‌وکار انتخاب می‌شدند، اشراف کاملی به سوالاتی که پاسخ می‌دهند ندارند، حتی در یک مورد، پاسخ‌دهنده سوالات، سال‌ها از ایران مهاجرت کرده بود. همین مساله باعث شده بود اطلاعات خطا به بانک جهانی ارسال و رتبه ایران بدتر از واقعیت محاسبه و اعلام شود.

تقلب و سوگیری‌های سیاسی: از ابتدای انتشار گزارش‌های انجام کسب‌وکار بانک جهانی، برخی کشورها به این رتبه‌بندی اعتراض داشته و داده‌های آن را متقلبانه و مخدوش دانسته‌اند؛ به‌طوری که بر اثر اعتراض نمایندگان برزیل در سال ۲۰۰۸، بانک جهانی گروهی حقیقت‌یاب را مامور بررسی این ادعا کرد که در نتیجه آن، در سال ۲۰۰۹ درخصوص تعاریف نماگرها و روش جمع‌آوری داده‌های این گزارش اصلاحاتی صورت گرفت.  امکان انجام اصلاحات صوری توسط کشورها و غفلت از بهبود واقعی محیط کسب‌وکار و خطر مقررات‌زدایی نامحدود از جمله محورهای دیگر مورد بررسی هستند.