در مواردی که راهبرد و برنامه‌ای نیز تعیین شده است اما در عمل بین اهداف تعیین‌شده با عملکرد برنامه‌ها تفاوت‌های زیادی وجود داشته و به‌جز سال‌های اندکی که رشد بخش کشاورزی به هدف تعیین‌شده رسیده است، در بقیه سال‌ها همواره رشد بخش کشاورزی از رشد تعیین‌شده کمتر بوده است که نشان از عدم درک صحیح مسوولان و برنامه‌ریزان کشاورزی از بخش کشاورزی دارد. بحث خودکفایی همواره در سیاست‌ها و برنامه‌ها تاکید شده است اما با نگاهی به تراز تجاری بخش کشاورزی و واردات محصولات اساسی کشاورزی مشخص می‌شود که در عمل چنین اتفاقی نیفتاده و کشور به واردات کالاهای اساسی وابسته‌تر شده است.  نکته مهم دیگر این است که اغلب برنامه‌های توسعه منفک از یکدیگر اجرا می‌شود. به بیان دیگر ارتباط افقی و عمودی بین هدف‌ها و سیاست‌ها و نیز طرح‌ها و پروژه‌ها در حد لازم دیده نمی‌شود. به‌دلیل نبود استراتژی و راهبردهای بلندمدت اقتصادی، اجتماعی و زیست‌محیطی، برنامه‌ریزی جامع توسعه کشاورزی با ضرورت پیوند هماهنگ آن با محیط‌زیست در فرآیند صنعتی‌شدن و خدمات تحقق نمی‌پذیرد و گاه این مهم به فراموشی سپرده می‌شود؛ در این صورت لازم و ملزوم بودن بخش‌ها در مسیر توسعه اجتماعی- اقتصادی ناشناخته مانده و شرایط هماهنگ موردنیاز را برای بهینه‌سازی پیشرفت اجتماعی-‌اقتصادی فراهم نمی‌کند. در مواردی که توسعه اجتماعی-‌اقتصادی پایدار کشاورزی نیاز به نگرش کامل به اقلیم و منابع در کنار سیاست‌های امنیتی داخلی و خارجی کشور دارد. از سویی چون توسعه همه‌جانبه و فعالیت‌های مترتب بر آن بر محیط‌زیست و انسان تاثیر می‌گذارد.  یکی دیگر از معضلات جدی سیاست‌های اتخاذ‌شده در بخش کشاورزی، عدم‌پایبندی به آنها است. برای نمونه در برهه‌ای از زمان، سیاست‌های خودکفایی شکر مدنظر قرار گرفت، سپس خودکفایی گندم مورد توجه یک وزارتخانه دیگر بود، خودکفایی گوشت و شیر در وزارتخانه‌ دیگری فارغ از ظرفیت‌ها، اولویت آنها تعیین شد. 

 میزان وابستگی غذایی به واردات 

امنیت غذایی یکی از وجوه امنیت ملی است و تامین امنیت ملی یکی از اصلی‌ترین اهداف حاکمیت‌های سیاسی محسوب می‌شود. تاریخ روابط بین کشورها نشان می‌دهد که کشورهای قدرتمند در بیشتر موارد از موادغذایی به‌عنوان سلاح به‌مثابه حربه‌ای سیاسی برای ایجاد فشار هر‌چه بیشتر علیه کشورهای دیگر استفاده می‌کنند و به همین جهت سعی کشورها بر این است که در تامین موادغذایی مهم و اساسی در حد شکنندگی قرار نگیرند و سهم قابل‌قبولی از آن را با تکیه بر تولیدات داخلی برای خود حفظ کنند. در قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران در اصل سوم (بندهای ۱۲ و ۱۳) و در اصل چهل و سوم (بندهای ۱و ۹) بر ضرورت ایجاد رفاه و رفع فقر و بر‌طرف ساختن هر نوع محرومیت در زمینه تغذیه و تامین نیازهای اساسی انسان از جمله خوراک و افزایش محصولات کشاورزی و دامی تا مرحله خودکفایی تاکید شده است و به‌تبع آن در سیاست‌های کلی و چشم‌انداز جمهوری اسلامی در افق ۱۴۰۴ و سیاست‌ها و قوانین برنامه‌های پنج ساله توسعه بر تامین امنیت غذایی و نیل به خودکفایی در محصولات کشاورزی تاکید شده و در برنامه ششم توسعه برای محصولات اساسی زراعی، دامی و آبزی خودکفایی به میزان ۹۵ درصد هدف‌گذاری شده است. 

 ناپایداری منابع کشاورزی

شرایط نامطلوب آب در شرایط کنونی معلول سیاست‌گذاری‌ها، تصمیمات و رویدادهای ۵ دهه گذشته کشور در عرصه توسعه اقتصادی و اجتماعی و از جمله منابع آب است به‌نحوی‌که ایجاد تعادل در عرضه و تقاضا آب برای کلیه مصارف و رفع نیازهای توسعه کشور را با چالش و مشکلات عمیقی در ابعاد مختلف مواجه کرده است. بدون‌تردید در آینده نه‌چندان دور، رقابت‌ها بر سر دسترسی به منابع آب محدود، موجب گسترش و شدت منازعات و تنش‌های اجتماعی بر سر تقسیم و تسهیم آب در نقاط مختلف خواهد شد و در صورت عدم چاره‌اندیشی به مناطق بیشتری تسری پیدا خواهد کرد. 

 عدم تعادل سفره‌های آب زیرزمینی 

در کشور ما آب‌های زیرزمینی اهمیت زیادی دارد، زیرا فیزیوگرافی کشور طوری است که در بسیاری از نقاط بارندگی‌ها نمی‌توانند منجر به جریان گسترده سطحی شوند لذا با نفوذ در پروفیل خاک موجب تقویت منابع آب زیرزمینی می‌شوند. در گذشته چشمه‌ها به‌طور طبیعی آب مازاد منابع آب زیرزمینی را تخلیه می‌کردند و سپس قنات‌ها ابداع شدند و از این طریق نیز مازاد ظرفیت منابع آب زیرزمینی تخلیه می‌شدند و مدیریت آنها بر عهده اجتماعات محلی بود. با ورود تکنولوژی و امکان حفر چاه برداشت از آب‌های زیرزمینی با سرعت بیشتری صورت گرفت. 

براساس نتایج سرشماری عمومی کشاورزی سال ۹۳ اراضی کشاورزی حدود ۵/ ۱۶میلیون هکتار بوده که نسبت به سرشماری سال ۸۲ حدود ۶/ ۹‌درصد کاهش و نسبت به سرشماری سال ۷۲ حدود ۵/ ۶درصد افزایش داشته است. درحالی‌که تعداد بهره‌برداران کشاورزی در سال ۹۳ حدود ۴/ ۳ میلیون بهره‌بردار بوده که نسبت به سال ۸۲ حدود ۸/ ۲ درصد کاهش و نسبت به سرشماری سال ۷۲ حدود ۵/ ۲۱درصد افزایش داشته است.